More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1878 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 292 aa  588  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  95.21 
 
 		 292 aa  559  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  69.83 
 
 		 295 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  70.17 
 
 		 295 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  68.14 
 
 		 295 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  66.78 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  63.39 
 
 		 295 aa  373  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  59.32 
 
 		 295 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 296 aa  301  1e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  51.7 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.19 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  51.7 
 
 		 296 aa  286  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  48.66 
 
 		 295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.66 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  45.42 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  44.75 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  44.75 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  45.42 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  49.49 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  54.3 
 
 		 314 aa  275  6e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  51.68 
 
 		 304 aa  275  8e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  47.55 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  51.71 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  53.61 
 
 		 298 aa  271  7e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  47.97 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  49.49 
 
 		 309 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  49.49 
 
 		 300 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  49.15 
 
 		 309 aa  268  5e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  49.15 
 
 		 309 aa  269  5e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  47.64 
 
 		 296 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  48.47 
 
 		 294 aa  268  1e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  49.46 
 
 		 277 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  49.48 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  48.81 
 
 		 303 aa  266  4e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  49.14 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.64 
 
 		 297 aa  265  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  48.81 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  50.52 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  48.46 
 
 		 298 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.69 
 
 		 298 aa  262  4e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 300 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.11 
 
 		 302 aa  262  4.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  51.02 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  44.93 
 
 		 296 aa  261  8e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  49.15 
 
 		 303 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  45.24 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.17 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 300 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  46.42 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.14 
 
 		 316 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  50.18 
 
 		 312 aa  259  3e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  51.03 
 
 		 321 aa  259  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  51.19 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  47.62 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  47.42 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  49.49 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 308 aa  258  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.34 
 
 		 298 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.03 
 
 		 298 aa  258  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  45.89 
 
 		 301 aa  258  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  48.99 
 
 		 300 aa  258  8e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 316 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  50 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  49.83 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 329 aa  257  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 305 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.97 
 
 		 333 aa  257  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.3 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  48.3 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.3 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.3 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.45 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  44.6 
 
 		 297 aa  256  2e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.46 
 
 		 298 aa  256  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  48.99 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>