116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0892 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0892  hypothetical protein  100 
 
 
195 aa  382  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2536  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  63.74 
 
 
199 aa  213  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2892  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  42.94 
 
 
202 aa  116  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7826  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  43.09 
 
 
152 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2634  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.79 
 
 
227 aa  98.6  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0400  putative signal transduction histidine kinase  39.89 
 
 
203 aa  98.2  7e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2700  putative signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 
207 aa  97.8  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.738661  normal  0.546363 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1327  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.3 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.42 
 
 
356 aa  95.9  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.65443  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2379  putative serine/threonine kinaseanti-sigma factor  40.46 
 
 
197 aa  95.1  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.084958 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1779  putative signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 
214 aa  94  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.144417 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1833  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  35.15 
 
 
234 aa  81.6  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0034  hypothetical protein  46.43 
 
 
236 aa  81.3  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  45.22 
 
 
722 aa  75.1  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  41.96 
 
 
591 aa  74.3  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2307  putative regulator  38.33 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  44.54 
 
 
855 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  41.3 
 
 
697 aa  73.2  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  41.18 
 
 
713 aa  71.6  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  43.59 
 
 
817 aa  69.3  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.63 
 
 
1045 aa  69.3  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0164  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.1 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5629  putative signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 
167 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.56187 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0192  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.44 
 
 
177 aa  67  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.513716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0519  putative signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0489  putative signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3782  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.19 
 
 
146 aa  64.7  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.5 
 
 
155 aa  64.3  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1570  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.32 
 
 
135 aa  63.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.196284  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  43.86 
 
 
579 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1968  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.07 
 
 
216 aa  61.6  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.075139  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.7 
 
 
573 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4151  putative signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
183 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2499  hypothetical protein  40.2 
 
 
105 aa  60.1  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.139132 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
135 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.66 
 
 
1039 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2543  hypothetical protein  32.79 
 
 
155 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143777  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7294  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.62 
 
 
161 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8758  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.64 
 
 
192 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0104  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.1 
 
 
141 aa  58.9  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.141556  normal  0.0323603 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.26 
 
 
143 aa  58.9  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000415643  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2641  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.36 
 
 
122 aa  58.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000159202  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  46.9 
 
 
616 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.59 
 
 
549 aa  57.8  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0918  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  40 
 
 
142 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.09 
 
 
738 aa  57.4  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.93 
 
 
135 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0025  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.71 
 
 
226 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2880  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.34 
 
 
142 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0493061  normal  0.177095 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.26 
 
 
122 aa  55.8  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2086  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.52 
 
 
134 aa  55.8  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.019454  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1173  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.93 
 
 
180 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2138  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  39.29 
 
 
155 aa  55.5  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0220396  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4085  putative signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
160 aa  55.5  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1228  putative signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
169 aa  55.1  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.84 
 
 
952 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  37.5 
 
 
771 aa  54.7  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6631  putative signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
135 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0674873 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.92 
 
 
743 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2511  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.71 
 
 
130 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.653712 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.1 
 
 
159 aa  53.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.252056 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3435  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.57 
 
 
164 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0121254  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0156  putative signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
132 aa  52.8  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.888783  normal  0.296506 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  29.3 
 
 
744 aa  52.4  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0874  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.59 
 
 
205 aa  51.6  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0097  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  41.76 
 
 
155 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0115417  normal  0.062689 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01960  Protein of unknown function (DUF742)  34.15 
 
 
174 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.505418 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2967  hypothetical protein  36.15 
 
 
166 aa  50.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  37.37 
 
 
1225 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.45 
 
 
134 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.903724  normal  0.217215 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  36.61 
 
 
716 aa  50.1  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2295  hypothetical protein  36.84 
 
 
200 aa  49.7  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.147419  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  37.04 
 
 
528 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37 
 
 
137 aa  49.3  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.5414  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  30.49 
 
 
754 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  36.45 
 
 
745 aa  49.3  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4605  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.95 
 
 
155 aa  48.5  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1581  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.62 
 
 
149 aa  48.1  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0308365  normal  0.151358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1919  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.96 
 
 
150 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4051  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  35.81 
 
 
281 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.932154  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.97 
 
 
613 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  37.61 
 
 
776 aa  47.4  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4499  ATP-binding region ATPase domain protein  35.85 
 
 
365 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000991404  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  34.78 
 
 
693 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  42.19 
 
 
765 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4779  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.21 
 
 
141 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0586  signal transduction histidine kinase, LytS  39.08 
 
 
123 aa  47  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0183303  hitchhiker  0.00998812 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0233  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.01 
 
 
347 aa  46.2  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211721  hitchhiker  0.0066599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.56 
 
 
119 aa  46.6  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8367  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.52 
 
 
251 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  34.48 
 
 
753 aa  45.8  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32040  histidine kinase  33.06 
 
 
156 aa  45.8  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3856  normal  0.302354 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.3 
 
 
207 aa  45.4  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.111836  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3955  ATP-binding region ATPase domain protein  37.61 
 
 
135 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  31.4 
 
 
746 aa  45.1  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4139  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  39.6 
 
 
160 aa  45.1  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0664  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.77 
 
 
147 aa  45.1  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.535186 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1805  hypothetical protein  35.58 
 
 
145 aa  43.9  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0121  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 
470 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.660456  normal  0.370084 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4668  ATP-binding region ATPase domain protein  34.86 
 
 
148 aa  44.3  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>