212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2672 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00975  hydrogenase 1, small subunit  100 
 
 
372 aa  780  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0863695  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00982  hypothetical protein  100 
 
 
372 aa  780  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.111727  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1928  hydrogenase-1 small chain  92.2 
 
 
400 aa  711  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1984  hydrogenase-1 small chain  92.2 
 
 
400 aa  711  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.286053  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1532  hydrogenase-1 small chain  91.67 
 
 
400 aa  706  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.917812  normal  0.164439 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1924  hydrogenase-1 small chain  92.2 
 
 
381 aa  711  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1348  hydrogenase-1 small chain  91.94 
 
 
381 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2343  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  100 
 
 
372 aa  780  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0233788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2625  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
372 aa  780  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.245904  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1087  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  99.73 
 
 
372 aa  778  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.20987e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1208  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  99.73 
 
 
372 aa  777  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.428667  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2145  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  100 
 
 
372 aa  780  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.191691  normal  0.521589 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1080  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  100 
 
 
372 aa  780  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.028623  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2672  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
372 aa  780  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.45248e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1632  uptake hydrogenase small subunit  72.51 
 
 
367 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1643  uptake hydrogenase small subunit  72.51 
 
 
367 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1797  uptake hydrogenase small subunit  72.51 
 
 
367 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.899468  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1710  uptake hydrogenase small subunit  72.51 
 
 
367 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1651  uptake hydrogenase small subunit  72.51 
 
 
367 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  74.3 
 
 
364 aa  548  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  68.55 
 
 
368 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  69.66 
 
 
369 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  67.61 
 
 
370 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  69.94 
 
 
369 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  74.77 
 
 
386 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  67.12 
 
 
374 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  67.89 
 
 
358 aa  542  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  67.86 
 
 
363 aa  540  1e-152  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  73.21 
 
 
364 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  73.21 
 
 
364 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  73.23 
 
 
363 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  72.45 
 
 
377 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  71.56 
 
 
370 aa  528  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  68.89 
 
 
361 aa  524  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  72.62 
 
 
358 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72.31 
 
 
373 aa  512  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  7.09279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0166  nickel-iron hydrogenase, small subunit  71.96 
 
 
362 aa  506  1e-142  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.410491  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2029  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  71.47 
 
 
371 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.98 
 
 
367 aa  493  1e-138  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  67.69 
 
 
361 aa  486  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0054  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.6 
 
 
356 aa  469  1e-131  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  2.50606e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  55.04 
 
 
375 aa  439  1e-122  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  57.8 
 
 
364 aa  433  1e-120  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  59.57 
 
 
362 aa  429  1e-119  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  60 
 
 
362 aa  422  1e-117  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.72 
 
 
363 aa  417  1e-115  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0855  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.02 
 
 
361 aa  413  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.38 
 
 
360 aa  407  1e-112  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.73 
 
 
359 aa  388  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1426  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.8 
 
 
320 aa  352  7e-96  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.719549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.57 
 
 
373 aa  331  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  45.3 
 
 
355 aa  325  5e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  44.38 
 
 
379 aa  323  4e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  44.79 
 
 
381 aa  321  1e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  43.79 
 
 
378 aa  313  3e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  46.05 
 
 
340 aa  312  6e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.05 
 
 
377 aa  312  6e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.36 
 
 
373 aa  312  6e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  43.29 
 
 
383 aa  311  1e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.75 
 
 
378 aa  311  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.64 
 
 
378 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  44.92 
 
 
360 aa  310  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.09 
 
 
378 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  44.04 
 
 
360 aa  310  3e-83  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  43.77 
 
 
379 aa  310  3e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  4.04232e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  43.77 
 
 
360 aa  308  8e-83  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.8 
 
 
378 aa  308  9e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  43.52 
 
 
378 aa  308  9e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.23 
 
 
378 aa  308  1e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.8 
 
 
378 aa  308  1e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.94 
 
 
400 aa  307  2e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  43.77 
 
 
378 aa  305  1e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.71 
 
 
368 aa  302  7e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2128  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.59 
 
 
398 aa  301  1e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.05 
 
 
368 aa  301  1e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  47.08 
 
 
367 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.32 
 
 
376 aa  297  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.59 
 
 
312 aa  294  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  41.76 
 
 
401 aa  294  2e-78  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1369  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.05 
 
 
391 aa  294  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  42.9 
 
 
361 aa  293  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  44.21 
 
 
381 aa  293  3e-78  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2914  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.51 
 
 
394 aa  292  7e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.188453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.06 
 
 
378 aa  291  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3283  [Ni/Fe] hydrogenase, small subunit  49.67 
 
 
366 aa  289  4e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2881  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.67 
 
 
366 aa  289  4e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.27 
 
 
415 aa  288  1e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  41.94 
 
 
379 aa  287  2e-76  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.31 
 
 
378 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.49 
 
 
378 aa  287  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  44.3 
 
 
325 aa  286  6e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.45 
 
 
385 aa  280  3e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.67 
 
 
319 aa  278  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  41.71 
 
 
383 aa  277  2e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.04 
 
 
417 aa  277  2e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  39.73 
 
 
375 aa  269  7e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  44.88 
 
 
394 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>