More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0147 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0147  SsrA-binding protein  100 
 
 		 160 aa  323  4.0000000000000003e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.972615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0031  SsrA-binding protein  81.29 
 
 		 158 aa  263  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.891709 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2482  SsrA-binding protein  77.99 
 
 		 158 aa  254  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.082086 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0883  SsrA-binding protein  74.21 
 
 		 157 aa  244  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2543  SsrA-binding protein  74.21 
 
 		 157 aa  244  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.829865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0632  SsrA-binding protein  77.27 
 
 		 156 aa  241  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.160357  normal  0.270611 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0123  SsrA-binding protein  73.58 
 
 		 157 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.357206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0647  SsrA-binding protein  58.6 
 
 		 158 aa  188  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2640  SsrA-binding protein  56.69 
 
 		 158 aa  184  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.506414  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0990  SsrA-binding protein  58.33 
 
 		 159 aa  184  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.910775  normal  0.605905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0641  SsrA-binding protein  57.96 
 
 		 158 aa  184  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0465  SsrA-binding protein  59.59 
 
 		 158 aa  184  6e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.174489  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1143  SsrA-binding protein  58.44 
 
 		 159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2631  SsrA-binding protein  58.39 
 
 		 157 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0750238  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1434  SsrA-binding protein  56.49 
 
 		 158 aa  177  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0942  SsrA-binding protein  54.73 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0373189  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1927  SsrA-binding protein  55.03 
 
 		 157 aa  171  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4692  SsrA-binding protein  54.78 
 
 		 157 aa  171  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948548 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2642  SsrA-binding protein  55.03 
 
 		 157 aa  170  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122546  hitchhiker  0.0029074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2260  SsrA-binding protein  55.03 
 
 		 157 aa  170  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2963  SsrA-binding protein  54.36 
 
 		 157 aa  170  9e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0516  SsrA-binding protein  51.59 
 
 		 160 aa  169  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.760363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1444  SsrA-binding protein  52.2 
 
 		 160 aa  169  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2604  SsrA-binding protein  55.03 
 
 		 157 aa  168  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0674  SsrA-binding protein  60 
 
 		 159 aa  166  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1730  SsrA-binding protein  53.16 
 
 		 161 aa  166  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.890336  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1582  SsrA-binding protein  53.5 
 
 		 156 aa  164  4e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0563704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3085  SsrA-binding protein  55.1 
 
 		 152 aa  162  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0708876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1864  SsrA-binding protein  56.25 
 
 		 160 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0847  SsrA-binding protein  52.98 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.744704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1869  SsrA-binding protein  53.06 
 
 		 158 aa  161  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2863  SsrA-binding protein  55.78 
 
 		 165 aa  160  8.000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.643018  normal  0.0844663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3832  SsrA-binding protein  47.77 
 
 		 158 aa  150  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0275  SsrA-binding protein  50 
 
 		 155 aa  150  8.999999999999999e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000343962  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0767  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 149 aa  145  3e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2984  SsrA-binding protein  44.16 
 
 		 161 aa  144  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000114855  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0104  SsrA-binding protein  47.77 
 
 		 162 aa  143  8.000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283448  normal  0.241767 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1907  SsrA-binding protein  45.22 
 
 		 159 aa  143  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.45258  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1493  SsrA-binding protein  48.65 
 
 		 150 aa  142  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0661081  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2748  SsrA-binding protein  48.37 
 
 		 154 aa  142  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000119247  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0086  SsrA-binding protein  48.63 
 
 		 148 aa  141  3e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0795  SsrA-binding protein  47.4 
 
 		 160 aa  140  9e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.387755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3516  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 157 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.830489  normal  0.0847481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3388  SsrA-binding protein  48.7 
 
 		 157 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3192  SsrA-binding protein  49.66 
 
 		 157 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393321  normal  0.919701 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0819  SsrA-binding protein  46.62 
 
 		 154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.796399  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2325  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.595693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0670  SsrA-binding protein  46.21 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000585556  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0694  SsrA-binding protein  46.21 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000543524  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  48.73 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0374  SsrA-binding protein  49.08 
 
 		 161 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0281  SsrA-binding protein  47.65 
 
 		 157 aa  137  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000135529  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3476  SsrA-binding protein  48.32 
 
 		 150 aa  137  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0920584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004300  tmRNA-binding protein SmpB  48.47 
 
 		 161 aa  137  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4712  SsrA-binding protein  45.77 
 
 		 156 aa  137  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000106723  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0256  SsrA-binding protein  47.18 
 
 		 153 aa  137  7e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00851918  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2342  SsrA-binding protein  48.3 
 
 		 156 aa  137  8.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0903697 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1916  SsrA-binding protein  46.75 
 
 		 165 aa  137  8.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0329726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2627  SsrA-binding protein  49.31 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2479  SsrA-binding protein  47.85 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0209136  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0696  SsrA-binding protein  47.59 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.311551 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1508  SsrA-binding protein  42.18 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4446  SsrA-binding protein  46.1 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0655  SsrA-binding protein  48.65 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271498 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1351  SsrA-binding protein  48.48 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3124  SsrA-binding protein  45.21 
 
 		 155 aa  135  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1485  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1909  SsrA-binding protein  48.43 
 
 		 160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1092  SsrA-binding protein  43.92 
 
 		 152 aa  134  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  47.44 
 
 		 157 aa  134  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0189  SsrA-binding protein  48.98 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000399646  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0748  SsrA-binding protein  43.24 
 
 		 157 aa  133  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.107528  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3929  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 152 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000169272  normal  0.790907 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07720  SsrA-binding protein  46.31 
 
 		 160 aa  132  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2954  SsrA-binding protein  44.52 
 
 		 155 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000670079  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0806  SsrA-binding protein  46.48 
 
 		 154 aa  133  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4350  SsrA-binding protein  49.32 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01124  SsrA-binding protein  47.24 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1314  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 152 aa  132  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00672101  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0822  SsrA-binding protein  46.48 
 
 		 154 aa  133  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09100  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.971292  normal  0.0787138 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0920  SsrA-binding protein  48.65 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1236  SsrA-binding protein  46 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114649  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0820  SsrA-binding protein  45.75 
 
 		 155 aa  132  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0947  SsrA-binding protein  48.97 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1272  SsrA-binding protein  45.21 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0815  SsrA-binding protein  45.22 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0017945  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1455  SmpB protein  46.36 
 
 		 155 aa  132  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1584  SsrA-binding protein  46.98 
 
 		 168 aa  132  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1443  SsrA-binding protein  47.26 
 
 		 158 aa  132  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000666048  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0691  SsrA-binding protein  42.86 
 
 		 161 aa  131  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15720  SsrA-binding protein  43.92 
 
 		 155 aa  131  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000205152  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1613  SsrA-binding protein  46.98 
 
 		 168 aa  132  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1891  SsrA-binding protein  46.31 
 
 		 157 aa  131  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340867  hitchhiker  0.000798962 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3721  SsrA-binding protein  45.33 
 
 		 154 aa  132  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.516097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1638  SsrA-binding protein  46.98 
 
 		 168 aa  132  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.223466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3451  SsrA-binding protein  46 
 
 		 157 aa  131  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1592  SsrA-binding protein  46.53 
 
 		 159 aa  130  5e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  47.95 
 
 		 157 aa  131  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1409  SsrA-binding protein  48.57 
 
 		 161 aa  130  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000709702  normal  0.191273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>