More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0632 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0632  SsrA-binding protein  100 
 
 		 156 aa  316  7.999999999999999e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.160357  normal  0.270611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0031  SsrA-binding protein  78.85 
 
 		 158 aa  253  9e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.891709 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2543  SsrA-binding protein  77.42 
 
 		 157 aa  248  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.829865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0883  SsrA-binding protein  77.42 
 
 		 157 aa  248  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2482  SsrA-binding protein  77.48 
 
 		 158 aa  242  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.082086 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0147  SsrA-binding protein  77.27 
 
 		 160 aa  241  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.972615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0123  SsrA-binding protein  76.77 
 
 		 157 aa  230  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.357206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0647  SsrA-binding protein  62.91 
 
 		 158 aa  203  6e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2640  SsrA-binding protein  62.25 
 
 		 158 aa  203  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.506414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0641  SsrA-binding protein  62.91 
 
 		 158 aa  201  4e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0465  SsrA-binding protein  63.01 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.174489  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1143  SsrA-binding protein  64.83 
 
 		 159 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1434  SsrA-binding protein  63.27 
 
 		 158 aa  192  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0990  SsrA-binding protein  62.76 
 
 		 159 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.910775  normal  0.605905 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2631  SsrA-binding protein  58.44 
 
 		 157 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0750238  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4692  SsrA-binding protein  58.44 
 
 		 157 aa  188  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948548 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2260  SsrA-binding protein  58.44 
 
 		 157 aa  187  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0942  SsrA-binding protein  58 
 
 		 155 aa  186  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0373189  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1927  SsrA-binding protein  57.14 
 
 		 157 aa  185  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2963  SsrA-binding protein  57.14 
 
 		 157 aa  185  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2642  SsrA-binding protein  56.49 
 
 		 157 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122546  hitchhiker  0.0029074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0847  SsrA-binding protein  57.05 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.744704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2604  SsrA-binding protein  57.14 
 
 		 157 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1869  SsrA-binding protein  54.84 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3085  SsrA-binding protein  60 
 
 		 152 aa  174  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0708876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1444  SsrA-binding protein  51.59 
 
 		 160 aa  174  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0674  SsrA-binding protein  62.33 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1730  SsrA-binding protein  57.24 
 
 		 161 aa  172  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.890336  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3832  SsrA-binding protein  53.64 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0516  SsrA-binding protein  52.41 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.760363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2863  SsrA-binding protein  55.56 
 
 		 165 aa  170  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.643018  normal  0.0844663 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1864  SsrA-binding protein  57.64 
 
 		 160 aa  170  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1582  SsrA-binding protein  58.04 
 
 		 156 aa  162  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0563704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0275  SsrA-binding protein  51.37 
 
 		 155 aa  157  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000343962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1485  SsrA-binding protein  49.68 
 
 		 157 aa  153  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0696  SsrA-binding protein  49.35 
 
 		 157 aa  153  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.311551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3516  SsrA-binding protein  48.7 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.830489  normal  0.0847481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3192  SsrA-binding protein  48.7 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393321  normal  0.919701 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0795  SsrA-binding protein  52.08 
 
 		 160 aa  150  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.387755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3388  SsrA-binding protein  48.05 
 
 		 157 aa  150  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2748  SsrA-binding protein  50 
 
 		 154 aa  149  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000119247  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0086  SsrA-binding protein  49.31 
 
 		 148 aa  149  1e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0767  SsrA-binding protein  50 
 
 		 149 aa  149  2e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2984  SsrA-binding protein  44.59 
 
 		 161 aa  147  6e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000114855  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1891  SsrA-binding protein  48.05 
 
 		 157 aa  147  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340867  hitchhiker  0.000798962 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1443  SsrA-binding protein  47.44 
 
 		 158 aa  146  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000666048  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2342  SsrA-binding protein  48.72 
 
 		 156 aa  146  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0903697 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0694  SsrA-binding protein  48.28 
 
 		 150 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000543524  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0670  SsrA-binding protein  48.28 
 
 		 150 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000585556  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0104  SsrA-binding protein  51.03 
 
 		 162 aa  144  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283448  normal  0.241767 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4350  SsrA-binding protein  48.3 
 
 		 158 aa  142  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3929  SsrA-binding protein  48.28 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000169272  normal  0.790907 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0256  SsrA-binding protein  46.76 
 
 		 153 aa  142  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00851918  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3476  SsrA-binding protein  48.3 
 
 		 150 aa  142  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0920584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0189  SsrA-binding protein  47.62 
 
 		 158 aa  140  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000399646  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1907  SsrA-binding protein  47.97 
 
 		 159 aa  141  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.45258  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4712  SsrA-binding protein  45.07 
 
 		 156 aa  140  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000106723  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0655  SsrA-binding protein  48.08 
 
 		 158 aa  140  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271498 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1493  SsrA-binding protein  46.58 
 
 		 150 aa  140  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0661081  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0820  SsrA-binding protein  50.33 
 
 		 155 aa  140  7e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2325  SsrA-binding protein  48.39 
 
 		 155 aa  140  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.595693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  48.68 
 
 		 158 aa  140  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2045  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 155 aa  139  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.524843 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0135  SsrA-binding protein  50 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.554782  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1351  SsrA-binding protein  48.48 
 
 		 153 aa  138  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0748  SsrA-binding protein  46.21 
 
 		 157 aa  138  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.107528  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1508  SsrA-binding protein  43.45 
 
 		 149 aa  138  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1092  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 152 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1354  SsrA-binding protein  45.89 
 
 		 156 aa  137  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000258997  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0463  SsrA-binding protein  45.51 
 
 		 158 aa  136  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000143287  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2865  SsrA-binding protein  44.83 
 
 		 154 aa  136  8.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000473081  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1807  SsrA-binding protein  46.31 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3807  SsrA-binding protein  50.7 
 
 		 165 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0298581 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1280  ssrA binding protein (smpB)  46.62 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000661775  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0281  SsrA-binding protein  45.21 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000135529  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0815  SsrA-binding protein  45.81 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0017945  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1501  SsrA-binding protein  41.29 
 
 		 156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046727  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1291  SsrA-binding protein  41.29 
 
 		 156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00149026  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0806  SsrA-binding protein  44.83 
 
 		 151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.747303  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1506  SsrA-binding protein  45.58 
 
 		 172 aa  134  4e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000124278  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  45.51 
 
 		 157 aa  134  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0819  SsrA-binding protein  46.58 
 
 		 154 aa  134  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.796399  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2083  SsrA-binding protein  46.58 
 
 		 151 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1296  SsrA-binding protein  44.9 
 
 		 182 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000870079  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2697  SsrA-binding protein  45.77 
 
 		 162 aa  134  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3721  SsrA-binding protein  45.21 
 
 		 154 aa  133  7.000000000000001e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.516097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0395  SsrA-binding protein  42.68 
 
 		 157 aa  133  8e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2476  SsrA-binding protein  45.89 
 
 		 160 aa  132  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1869  SsrA-binding protein  47.62 
 
 		 159 aa  132  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315571  normal  0.12343 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1909  SsrA-binding protein  48.63 
 
 		 160 aa  132  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1314  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 152 aa  132  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00672101  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10450  SsrA-binding protein  46.26 
 
 		 167 aa  132  9.999999999999999e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.668094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2689  SsrA-binding protein  46.9 
 
 		 151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.322401  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1455  SmpB protein  47.59 
 
 		 155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1728  SsrA-binding protein  45.83 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  47.95 
 
 		 157 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0441  SsrA-binding protein  43.06 
 
 		 150 aa  131  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.634743  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2627  SsrA-binding protein  49.31 
 
 		 148 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3124  SsrA-binding protein  43.84 
 
 		 155 aa  130  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1485  SsrA-binding protein  47.95 
 
 		 165 aa  130  5e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>