190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1114 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 
292 aa  593  1e-168  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  35.54 
 
 
335 aa  168  8e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  36.98 
 
 
318 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  32.57 
 
 
312 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  29.43 
 
 
271 aa  117  2e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.61801e-15  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  42.74 
 
 
333 aa  114  1e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  27.74 
 
 
278 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  28.47 
 
 
271 aa  110  2e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  5.23116e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 
275 aa  105  9e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  4.41439e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  27.89 
 
 
283 aa  98.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  27.01 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  24.56 
 
 
272 aa  96.3  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  1.66415e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  27.78 
 
 
275 aa  96.3  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  25.74 
 
 
283 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.2222e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 
264 aa  89.7  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  30.73 
 
 
248 aa  80.5  3e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  34.71 
 
 
325 aa  79.3  7e-14  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  27.83 
 
 
232 aa  77.8  2e-13  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  3.02592e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
285 aa  76.6  4e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  36.84 
 
 
321 aa  76.3  5e-13  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  28.36 
 
 
239 aa  75.9  7e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  27.64 
 
 
242 aa  75.9  7e-13  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  27.11 
 
 
255 aa  75.5  1e-12  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.17019e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  24.29 
 
 
258 aa  74.3  2e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  2.04373e-06  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  24.17 
 
 
287 aa  72.4  8e-12  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  27.19 
 
 
322 aa  72  1e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  31.9 
 
 
261 aa  70.1  4e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  34.48 
 
 
256 aa  70.1  5e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  30.77 
 
 
262 aa  68.9  9e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  35.94 
 
 
254 aa  68.6  1e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  35 
 
 
343 aa  67.8  2e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  24.28 
 
 
267 aa  66.6  4e-10  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  1.49068e-07  decreased coverage  7.15536e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  26.81 
 
 
257 aa  66.6  4e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  25.55 
 
 
262 aa  65.9  7e-10  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  36.11 
 
 
276 aa  65.9  8e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  24.67 
 
 
322 aa  65.1  1e-09  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 
257 aa  65.1  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  34.96 
 
 
272 aa  64.3  2e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  35.87 
 
 
301 aa  64.3  2e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  34.96 
 
 
272 aa  64.3  2e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  32.71 
 
 
268 aa  64.7  2e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  32.71 
 
 
279 aa  63.9  3e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  27.89 
 
 
307 aa  63.5  4e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  23.9 
 
 
293 aa  63.5  4e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  30.56 
 
 
267 aa  62.8  6e-09  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
269 aa  62.8  6e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.1862e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  21.38 
 
 
229 aa  62.8  7e-09  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  24.79 
 
 
243 aa  62.4  8e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
377 aa  62.4  8e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  24.59 
 
 
236 aa  62  1e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 
243 aa  61.6  1e-08  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  31.3 
 
 
272 aa  62  1e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  30.25 
 
 
258 aa  60.8  3e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  29.11 
 
 
300 aa  60.1  4e-08  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  31 
 
 
265 aa  60.5  4e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  29.11 
 
 
305 aa  60.1  4e-08  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 
255 aa  59.7  5e-08  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  24.46 
 
 
259 aa  60.1  5e-08  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  29.5 
 
 
243 aa  59.7  5e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  30.91 
 
 
350 aa  58.9  9e-08  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  37.5 
 
 
339 aa  58.9  9e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  25 
 
 
245 aa  58.9  1e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 
265 aa  58.5  1e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  30.77 
 
 
222 aa  57  3e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.96847e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1108  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.19 
 
 
272 aa  57  4e-07  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.866947  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  24.49 
 
 
294 aa  56.2  6e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  31.97 
 
 
304 aa  56.2  7e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  35.23 
 
 
341 aa  55.8  8e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  26.58 
 
 
254 aa  55.8  9e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  35.23 
 
 
341 aa  55.5  9e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  25.65 
 
 
284 aa  55.8  9e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  25.54 
 
 
260 aa  55.5  1e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  26.76 
 
 
242 aa  54.7  2e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  26.96 
 
 
271 aa  54.3  2e-06  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  23.84 
 
 
271 aa  54.3  2e-06  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  21.03 
 
 
265 aa  53.9  3e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  27.48 
 
 
261 aa  54.3  3e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  31.46 
 
 
321 aa  53.5  4e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  23.05 
 
 
274 aa  53.5  4e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  22.78 
 
 
252 aa  53.1  5e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  32.94 
 
 
395 aa  53.1  5e-06  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  23.74 
 
 
249 aa  52.8  7e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  23.74 
 
 
249 aa  52.8  7e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  23.74 
 
 
249 aa  52.8  7e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  29 
 
 
241 aa  52.8  7e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  27.93 
 
 
304 aa  52.8  7e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  27.73 
 
 
285 aa  52.8  8e-06  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  22.63 
 
 
261 aa  52.4  9e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  22.63 
 
 
261 aa  52.4  9e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  25.21 
 
 
263 aa  52.4  1e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  25.21 
 
 
263 aa  52.4  1e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 
269 aa  52.4  1e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 
269 aa  52.4  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  25.21 
 
 
263 aa  52.4  1e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  29.63 
 
 
329 aa  51.6  1e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  34.09 
 
 
313 aa  52  1e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  25.21 
 
 
263 aa  52.4  1e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  25.21 
 
 
263 aa  52.4  1e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  32.63 
 
 
348 aa  52  1e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  23.5 
 
 
268 aa  52  1e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.535167 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>