More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0681 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0681  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000325091  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 293 aa  92.4  8e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 320 aa  89  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  24.91 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 301 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 290 aa  85.5  9e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.35 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  21.94 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2231  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.392595  normal  0.0608782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  27.35 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2202  transcriptional regulator, LysR family  29.65 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 317 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 317 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  29.59 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4621  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0988877  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2476  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.942555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  28.87 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.32 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  25.44 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  21.95 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  21.95 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  21.95 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  21.95 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  21.95 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  30.63 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  27.57 
 
 		 311 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2737  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.093098  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.34 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2953  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.09 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2778  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>