140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3666 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 356 aa  729    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  69.34 
 
 		 349 aa  495  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  68.97 
 
 		 356 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  68.57 
 
 		 373 aa  488  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  65 
 
 		 353 aa  461  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  58.7 
 
 		 350 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  55.03 
 
 		 353 aa  385  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  64.64 
 
 		 281 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  53.67 
 
 		 346 aa  362  8e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  52.27 
 
 		 375 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  52.27 
 
 		 375 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  51.1 
 
 		 359 aa  336  5e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  53.18 
 
 		 366 aa  335  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  50.79 
 
 		 359 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  52.16 
 
 		 375 aa  334  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  50.47 
 
 		 359 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  50.47 
 
 		 359 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  52.12 
 
 		 355 aa  332  5e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  48.68 
 
 		 355 aa  332  6e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  51.5 
 
 		 375 aa  331  9e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  47.45 
 
 		 358 aa  329  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  51.16 
 
 		 375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  51.16 
 
 		 375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  51.5 
 
 		 377 aa  326  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  50.75 
 
 		 359 aa  322  5e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  46.15 
 
 		 365 aa  319  5e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  46.55 
 
 		 352 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  45.27 
 
 		 353 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  44.44 
 
 		 352 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  47.95 
 
 		 371 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  44.18 
 
 		 353 aa  292  7e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  47.06 
 
 		 347 aa  285  7e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  48.21 
 
 		 350 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  48.21 
 
 		 350 aa  281  9e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  43.92 
 
 		 348 aa  276  5e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  47.75 
 
 		 353 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  43.2 
 
 		 353 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  49.67 
 
 		 365 aa  268  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  42.57 
 
 		 295 aa  237  3e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  41.14 
 
 		 345 aa  217  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  36.39 
 
 		 353 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  39.66 
 
 		 358 aa  200  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  38.69 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  35.55 
 
 		 346 aa  192  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  35.78 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  36.89 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  43.57 
 
 		 335 aa  189  9e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  35.31 
 
 		 356 aa  186  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  34.98 
 
 		 356 aa  185  9e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  35.78 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  35.84 
 
 		 349 aa  180  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  40.43 
 
 		 344 aa  179  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  36.09 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  36.45 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  35.14 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  32.82 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  34.05 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  36.12 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  33.53 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  32.57 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  40.48 
 
 		 346 aa  166  4e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  39.04 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  32.37 
 
 		 350 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  35.66 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  33.01 
 
 		 350 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  31.33 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  36.56 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  36.36 
 
 		 346 aa  159  9e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  35.71 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  33.21 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  37.35 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  34.15 
 
 		 366 aa  149  9e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  36.95 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  34.82 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  35.77 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  36.69 
 
 		 367 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  38.43 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  33.64 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  36.07 
 
 		 366 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  35.66 
 
 		 370 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  34.47 
 
 		 365 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  35.06 
 
 		 367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  35.57 
 
 		 365 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  34.91 
 
 		 366 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  35.04 
 
 		 350 aa  136  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  34.43 
 
 		 366 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  34.47 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  37.4 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  33.61 
 
 		 364 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  32.57 
 
 		 370 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 368 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  32.9 
 
 		 370 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  36.07 
 
 		 373 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  35.92 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  34.6 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  32.52 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  32.54 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  35.92 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  31.08 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>