More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0693 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 239 aa  488  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  63.2 
 
 		 235 aa  300  1e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  63.2 
 
 		 236 aa  293  1e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  58.08 
 
 		 230 aa  268  4e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.55 
 
 		 237 aa  261  4.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.68 
 
 		 258 aa  237  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  52.38 
 
 		 273 aa  237  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 251 aa  236  2e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  54.15 
 
 		 243 aa  235  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.93 
 
 		 247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  48.48 
 
 		 264 aa  231  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  50.86 
 
 		 243 aa  229  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.27 
 
 		 239 aa  228  6e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  48.71 
 
 		 238 aa  227  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 249 aa  227  1e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  48.48 
 
 		 241 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 271 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.94 
 
 		 255 aa  221  4.9999999999999996e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.07 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 242 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.35 
 
 		 236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  46.32 
 
 		 239 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.68 
 
 		 251 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  49.35 
 
 		 236 aa  218  5e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 238 aa  218  7.999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 244 aa  215  5e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 266 aa  214  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 255 aa  214  7e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  44.83 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  50.43 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.69 
 
 		 249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 266 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 274 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  46.78 
 
 		 242 aa  209  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.78 
 
 		 242 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.78 
 
 		 242 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.05 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  46.78 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  46.78 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.78 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.78 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.78 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  46.35 
 
 		 242 aa  207  8e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.91 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  47.6 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.91 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.3 
 
 		 269 aa  205  6e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 243 aa  204  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.93 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 567 aa  202  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 233 aa  202  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 250 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.16 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  45.15 
 
 		 369 aa  195  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 556 aa  195  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  41.56 
 
 		 296 aa  194  9e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  41.88 
 
 		 406 aa  193  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 282 aa  192  3e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  44.64 
 
 		 256 aa  190  1e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  42.98 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 329 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 247 aa  189  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  43.53 
 
 		 249 aa  188  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 403 aa  188  5.999999999999999e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 306 aa  188  7e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  42.55 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  43.46 
 
 		 254 aa  186  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 288 aa  186  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  41 
 
 		 247 aa  186  2e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  40 
 
 		 329 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  42.42 
 
 		 426 aa  186  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 328 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  40 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 624 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  43.48 
 
 		 621 aa  185  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 279 aa  184  8e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 259 aa  184  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  43.91 
 
 		 387 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  43.91 
 
 		 555 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  44.35 
 
 		 472 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  42.55 
 
 		 247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  42.54 
 
 		 284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  40.6 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 254 aa  182  5.0000000000000004e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  42.55 
 
 		 375 aa  181  6e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>