More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0606 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
390 aa  803    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  62.27 
 
 
389 aa  501  1e-140  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  60.67 
 
 
388 aa  497  1e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  55.64 
 
 
389 aa  458  9.999999999999999e-129  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  57.11 
 
 
390 aa  455  1e-127  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  54.36 
 
 
388 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  55.64 
 
 
391 aa  432  1e-120  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.33 
 
 
391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  31.15 
 
 
416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  35.22 
 
 
321 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  27.35 
 
 
326 aa  139  8.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.2 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 
358 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.13 
 
 
327 aa  133  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.52 
 
 
329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.37 
 
 
323 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.1 
 
 
383 aa  125  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.89 
 
 
335 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.83 
 
 
331 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30 
 
 
737 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.79 
 
 
540 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.6 
 
 
363 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.27 
 
 
326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.6 
 
 
363 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.34 
 
 
796 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.21 
 
 
447 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  25.74 
 
 
375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.4 
 
 
550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  31.75 
 
 
365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.57 
 
 
641 aa  116  7.999999999999999e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.29 
 
 
338 aa  115  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.58 
 
 
567 aa  115  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28470  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  32.74 
 
 
1122 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  28.52 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  31.25 
 
 
625 aa  114  3e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.2 
 
 
354 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2215  AAA ATPase, central region  29.62 
 
 
650 aa  113  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.94 
 
 
318 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0075  DNA polymerase III gamma/tau subunit  27.57 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.88 
 
 
588 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  30 
 
 
578 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  26.39 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  29.93 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.19 
 
 
485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1399  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.23 
 
 
716 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289832  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4439  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.97 
 
 
730 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0126  DNA polymerase III, subunit gamma and tau  28.21 
 
 
801 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.63 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1256  DNA polymerase III, tau subunit  29.23 
 
 
565 aa  111  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303373  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21271  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.23 
 
 
565 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.34 
 
 
518 aa  111  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  30.08 
 
 
652 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.71 
 
 
320 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.81 
 
 
589 aa  110  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.57 
 
 
570 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  33.46 
 
 
371 aa  110  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.85 
 
 
427 aa  109  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0331  hypothetical protein  29.17 
 
 
629 aa  109  7.000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.517311 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.15 
 
 
755 aa  109  8.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4353  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.85 
 
 
663 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.695185  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0466  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.57 
 
 
712 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.957153  normal  0.287442 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1289  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.83 
 
 
960 aa  108  2e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2118  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.37 
 
 
650 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000251378  normal  0.316515 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  29.69 
 
 
614 aa  108  2e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.86 
 
 
370 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  32.86 
 
 
330 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1418  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  26.89 
 
 
602 aa  107  3e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.733892 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2074  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.37 
 
 
648 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.32 
 
 
340 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.04 
 
 
320 aa  107  3e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.2 
 
 
324 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0505  DNA-directed DNA polymerase  26.22 
 
 
308 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0518  DNA-directed DNA polymerase  26.22 
 
 
308 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0375901  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18671  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.76 
 
 
584 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.181287  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  31.52 
 
 
605 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36570  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.02 
 
 
690 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.429514  normal  0.480255 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.27 
 
 
421 aa  107  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0736  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.43 
 
 
602 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.536606  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.65 
 
 
496 aa  107  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.76 
 
 
586 aa  107  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.8 
 
 
690 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.36 
 
 
347 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  30.86 
 
 
282 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.18 
 
 
586 aa  106  7e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.63 
 
 
518 aa  106  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  29.37 
 
 
579 aa  106  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2244  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.24 
 
 
825 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748475  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.98 
 
 
562 aa  105  9e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  28.91 
 
 
604 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.42 
 
 
550 aa  105  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.25 
 
 
343 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4819  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.2 
 
 
732 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14657  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  28.12 
 
 
559 aa  104  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  28.23 
 
 
372 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0023  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.33 
 
 
664 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0608754  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.91 
 
 
517 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0634  hypothetical protein  34.87 
 
 
381 aa  105  2e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.27 
 
 
616 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332565  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  29.41 
 
 
499 aa  105  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.75 
 
 
337 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>