More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0060 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0060  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
204 aa  409  1e-113  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  3.0492e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1703  50S ribosomal protein L4  91.67 
 
 
204 aa  380  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  6.03664e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2080  50S ribosomal protein L4  91.18 
 
 
204 aa  379  1e-104  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  3.75647e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1874  50S ribosomal protein L4  90.69 
 
 
204 aa  378  1e-104  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00023713  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0035  50S ribosomal protein L4  79.9 
 
 
204 aa  338  2e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  5.01134e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1031  50S ribosomal protein L4  78.43 
 
 
204 aa  335  3e-91  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  5.85543e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0354  50S ribosomal protein L4  79.9 
 
 
204 aa  334  5e-91  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  5.23614e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0085  50S ribosomal protein L4  78.92 
 
 
204 aa  332  2e-90  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000177628  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1967  ribosomal protein L4/L1e  69.12 
 
 
204 aa  291  3e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  1.3321e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0287  50S ribosomal protein L4  59.61 
 
 
204 aa  236  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000945828  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  38.61 
 
 
206 aa  136  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3523  50S ribosomal protein L4  42.61 
 
 
201 aa  135  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  8.76425e-08  hitchhiker  7.26358e-06 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  132  3e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  40.39 
 
 
207 aa  132  4e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  38.12 
 
 
207 aa  131  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
207 aa  131  9e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
207 aa  130  2e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0296  ribosomal protein L4/L1e  39.55 
 
 
206 aa  128  4e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  4.10441e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 
206 aa  128  5e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.29639e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
207 aa  127  8e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  38.12 
 
 
206 aa  127  9e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  3.84651e-12  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  38.12 
 
 
206 aa  127  1e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  41.04 
 
 
206 aa  126  2e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  36.63 
 
 
206 aa  125  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0427  50S ribosomal protein L4  41.34 
 
 
200 aa  125  4e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.54423e-10  decreased coverage  6.14317e-06 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  37.93 
 
 
207 aa  125  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  37.8 
 
 
207 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3908  50S ribosomal protein L4  41.14 
 
 
200 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0610127  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0488  50S ribosomal protein L4  39.25 
 
 
200 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  1.14619e-09  normal  0.070368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0485  50S ribosomal protein L4  39.25 
 
 
200 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00632251  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0857  50S ribosomal protein L4  40.84 
 
 
205 aa  123  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  38.97 
 
 
207 aa  123  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  3.92239e-05  decreased coverage  1.22182e-05 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0455  50S ribosomal protein L4  39.25 
 
 
200 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.035261  unclonable  1.91468e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4748  50S ribosomal protein L4  39.25 
 
 
200 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  7.4471e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  36.63 
 
 
206 aa  122  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  38.92 
 
 
207 aa  122  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0232  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  121  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0200  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  121  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.34413e-09  hitchhiker  1.66621e-09 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 
206 aa  121  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2173  50S ribosomal protein L4  40.91 
 
 
200 aa  121  8e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.74601e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  40.45 
 
 
208 aa  121  8e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0200  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  121  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.25276e-06  unclonable  2.11023e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0195  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  121  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202265  decreased coverage  0.000317476 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0321  50S ribosomal protein L4  41.48 
 
 
200 aa  120  1e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0789186  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0201  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  120  1e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.83773e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08860  50S ribosomal protein L4  41.14 
 
 
200 aa  120  1e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00776029  normal  0.0237616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4055  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  120  1e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.89198e-07  unclonable  6.65609e-12 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  38.28 
 
 
221 aa  120  1e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4169  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  120  1e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.70676e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0171  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  120  1e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.51e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3758  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  120  1e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  8.15073e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0197  50S ribosomal protein L4  40.34 
 
 
201 aa  120  1e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.74855e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0838  50S ribosomal protein L4  41.14 
 
 
200 aa  120  1e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33315  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0406  50S ribosomal protein L4  36.14 
 
 
205 aa  120  2e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.59199e-08  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  39.8 
 
 
207 aa  120  2e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  38.54 
 
 
215 aa  120  2e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4547  50S ribosomal protein L4  37.63 
 
 
200 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0714588  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001741  LSU ribosomal protein L4p (L1e)  39.77 
 
 
200 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.16803e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  39.33 
 
 
208 aa  119  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0627  ribosomal protein L4  37.63 
 
 
200 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  6.98865e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0185  50S ribosomal protein L4  38.64 
 
 
201 aa  119  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.78875e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0159  50S ribosomal protein L4  39.2 
 
 
201 aa  119  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.07057e-05  decreased coverage  4.48668e-05 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06260  50S ribosomal protein L4  40 
 
 
200 aa  119  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00260309  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0872  50S ribosomal protein L4  41.48 
 
 
201 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.299152  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  35.15 
 
 
206 aa  119  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00731  50S ribosomal protein L4  39.2 
 
 
200 aa  119  4e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0149  50S ribosomal protein L4  39.77 
 
 
201 aa  119  4e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  5.10494e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  36.13 
 
 
210 aa  119  4e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0490  50S ribosomal protein L4  40.22 
 
 
200 aa  118  5e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.09229e-10  normal  0.0102301 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1417  ribosomal protein L4/L1e  38.55 
 
 
211 aa  118  5e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.977567  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  36.41 
 
 
221 aa  118  6e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  36.45 
 
 
208 aa  118  6e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  41.01 
 
 
208 aa  118  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4316  50S ribosomal protein L4  39.2 
 
 
201 aa  118  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.85754e-06  unclonable  6.69948e-11 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  39.11 
 
 
208 aa  118  8e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.69782e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  36.95 
 
 
207 aa  117  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  36.41 
 
 
210 aa  117  1e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  43.41 
 
 
209 aa  117  1e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  6.71055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5078  50S ribosomal protein L4  36.56 
 
 
200 aa  117  1e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  6.47229e-08  normal  0.290105 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  39.2 
 
 
207 aa  117  2e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4689  50S ribosomal protein L4  38.64 
 
 
201 aa  116  2e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.12006e-07  unclonable  2.21603e-08 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  38.24 
 
 
216 aa  116  2e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  40 
 
 
217 aa  115  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3442  50S ribosomal protein L4  35.47 
 
 
206 aa  115  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000201119  normal  0.358981 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  37.13 
 
 
206 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  33.99 
 
 
207 aa  116  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  35.15 
 
 
210 aa  115  4e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  5.86581e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  38.5 
 
 
207 aa  115  4e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0485  50S ribosomal protein L4  39.66 
 
 
200 aa  115  4e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  2.38586e-06  normal  0.0299035 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0338  50S ribosomal protein L4  43.21 
 
 
205 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.9568e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0459  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
205 aa  115  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>