More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3497 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  644    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  49.33 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  46.67 
 
 		 302 aa  294  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 299 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 305 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 306 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 298 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 298 aa  258  7e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 296 aa  258  7e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 306 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 298 aa  255  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  252  5.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  252  6e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.47 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 306 aa  245  9e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.85 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 322 aa  235  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  231  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.1 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.44 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  40.27 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 316 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 310 aa  226  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.76 
 
 		 309 aa  225  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  221  8e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 308 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 293 aa  219  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 294 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 337 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  38.24 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  37.38 
 
 		 313 aa  216  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  215  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 313 aa  215  9e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  36.36 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>