More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_03680 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_03680  nitrogen regulation protein ntrY  100 
 
 
470 aa  957    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.177814  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0937  histidine kinase  59.49 
 
 
471 aa  541  1e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1190  histidine kinase  48.82 
 
 
484 aa  432  1e-120  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.496715  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4147  ATP-binding region ATPase domain protein  36.1 
 
 
1230 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.175374 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6300  histidine kinase  34.03 
 
 
1255 aa  258  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.396058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3020  histidine kinase  36.87 
 
 
1282 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883771  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0733  histidine kinase  30.77 
 
 
1347 aa  219  7e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2197  two-component sensor histidine kinase (sensor protein AtoS)  34.7 
 
 
1234 aa  210  5e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.993549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  32.5 
 
 
573 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  33.6 
 
 
748 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
734 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
752 aa  158  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
738 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1733  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 
594 aa  155  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.756975 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  31.79 
 
 
581 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
581 aa  153  8e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
746 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  34.67 
 
 
705 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
748 aa  150  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
752 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.93 
 
 
710 aa  148  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 
756 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
759 aa  147  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 
756 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
763 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
753 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
708 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
753 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  34.48 
 
 
734 aa  143  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
769 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  35.02 
 
 
767 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
737 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
581 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
762 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
736 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
749 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
756 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4438  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 
610 aa  140  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
753 aa  140  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
742 aa  139  8.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
756 aa  139  8.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
733 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
731 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2607  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
747 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.515354  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 
725 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1679  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
760 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.859765  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
761 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1838  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
764 aa  137  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
733 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 
756 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
753 aa  135  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  33.33 
 
 
712 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
755 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
784 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 
741 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4398  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
745 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13461  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  28.52 
 
 
774 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
779 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1927  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
596 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 
768 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.513538  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
744 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1110  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
508 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230539  normal  0.126752 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 
756 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
762 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  28.15 
 
 
774 aa  130  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1446  nitrogen regulatory signal transduction histidine kinase NtrY  30.77 
 
 
766 aa  130  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263583  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 
756 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
718 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 
799 aa  128  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
814 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 
771 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
763 aa  126  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  30.45 
 
 
759 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
757 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414611  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  32.03 
 
 
714 aa  124  3e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
736 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
757 aa  124  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2822  PAS sensor protein  27.54 
 
 
799 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.354635 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  29.28 
 
 
487 aa  123  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
770 aa  123  7e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
729 aa  123  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
799 aa  123  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.70723  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 
736 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  30.93 
 
 
710 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.02 
 
 
779 aa  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1583  sensor histidine kinase, putative  32.82 
 
 
423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.280977  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1619  sensor histidine kinase  32.17 
 
 
423 aa  120  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
773 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.18473  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
800 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  28.39 
 
 
742 aa  119  9e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1340  sporulation kinase  32.43 
 
 
420 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1339  sensor histidine kinase, C-terminal region; sporulation kinase  32.43 
 
 
420 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  30.04 
 
 
713 aa  119  9.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
754 aa  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1130  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 
525 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.351901  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
765 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1182  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.28 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000499107  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2677  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971959  normal  0.344308 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1199  histidine kinase  27.87 
 
 
525 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.893151  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
781 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276593  decreased coverage  0.00464659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>