More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4256 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  63.38 
 
 		 524 aa  683    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  83.8 
 
 		 552 aa  914    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  64.9 
 
 		 530 aa  678    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  64.71 
 
 		 530 aa  679    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  100 
 
 		 536 aa  1101    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  54.53 
 
 		 504 aa  567  1e-160  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  50 
 
 		 551 aa  544  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  45.28 
 
 		 505 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  41.77 
 
 		 502 aa  422  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  41.82 
 
 		 504 aa  419  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  32.29 
 
 		 590 aa  248  3e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  34.35 
 
 		 590 aa  246  9e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  32.04 
 
 		 581 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  32.37 
 
 		 583 aa  240  5e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  32.26 
 
 		 559 aa  234  3e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  32.65 
 
 		 559 aa  234  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 575 aa  230  4e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  32.9 
 
 		 656 aa  227  4e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  33.55 
 
 		 600 aa  226  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  33.79 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  33.56 
 
 		 557 aa  224  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  31.09 
 
 		 569 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  31.63 
 
 		 535 aa  219  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 562 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.85 
 
 		 583 aa  209  7e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  28.38 
 
 		 584 aa  205  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 570 aa  202  9e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  25.93 
 
 		 622 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  28.03 
 
 		 609 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  27.09 
 
 		 624 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 623 aa  126  9e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 		 625 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  23.74 
 
 		 589 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  23.79 
 
 		 490 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  23.4 
 
 		 616 aa  101  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 646 aa  95.5  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  24.7 
 
 		 625 aa  85.1  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 		 468 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 		 651 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 459 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  21.87 
 
 		 470 aa  73.6  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.7 
 
 		 472 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 520 aa  69.7  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 		 540 aa  69.3  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  25.28 
 
 		 541 aa  68.2  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  23.57 
 
 		 459 aa  68.2  0.0000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  22.46 
 
 		 529 aa  68.2  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 		 451 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  21.84 
 
 		 426 aa  66.6  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 564 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  23.63 
 
 		 444 aa  65.5  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.02 
 
 		 489 aa  66.2  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 503 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  22.64 
 
 		 669 aa  65.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.53 
 
 		 472 aa  65.1  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  23.33 
 
 		 437 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  24.13 
 
 		 448 aa  64.3  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  22.59 
 
 		 563 aa  64.3  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  23.29 
 
 		 539 aa  63.5  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 		 634 aa  63.2  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  24.71 
 
 		 462 aa  62.4  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  23.85 
 
 		 501 aa  61.6  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  23.92 
 
 		 495 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 501 aa  61.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  23.89 
 
 		 564 aa  61.2  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2110  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.03 
 
 		 456 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.418405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  25.55 
 
 		 620 aa  60.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.32 
 
 		 459 aa  60.8  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  28.72 
 
 		 531 aa  60.5  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.72 
 
 		 554 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  23.76 
 
 		 556 aa  59.3  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  23.31 
 
 		 1250 aa  58.9  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1457  Radical SAM domain protein  20.39 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0781401  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1044  radical SAM domain-containing protein  29.85 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.877972 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16781  Fe-S oxidoreductase  25.63 
 
 		 539 aa  57.8  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1633  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.806615  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  30.15 
 
 		 552 aa  57.4  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 		 521 aa  57.4  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 		 525 aa  57  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0902  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.981157  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1464  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.71 
 
 		 462 aa  57  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000299867  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 554 aa  57  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0384  coproporphyrinogen III oxidase  32.63 
 
 		 452 aa  57  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.85 
 
 		 647 aa  57  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  34.78 
 
 		 512 aa  57  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 		 424 aa  56.2  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.06 
 
 		 548 aa  55.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3122  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 		 464 aa  55.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.37 
 
 		 677 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  23.27 
 
 		 424 aa  55.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1509  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 		 464 aa  55.5  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0230115  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1101  coproporphyrinogen III oxidase  25.41 
 
 		 450 aa  56.2  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00147181  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3061  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 		 464 aa  55.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  23.7 
 
 		 471 aa  55.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3096  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 		 464 aa  55.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.46 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 1288 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16891  Fe-S oxidoreductase  25.54 
 
 		 539 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.779533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 527 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>