181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0088 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0088  citrate transporter  100 
 
 		 377 aa  716    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0648559  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0098  citrate transporter  98.67 
 
 		 377 aa  707    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0442697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3279  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  88.03 
 
 		 376 aa  626  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.362717  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0114  citrate transporter  87.5 
 
 		 376 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0097  citrate transporter  86.13 
 
 		 378 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2958  citrate transporter  87.23 
 
 		 376 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0097  citrate transporter  87.23 
 
 		 376 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3316  transporter, putative  70.59 
 
 		 377 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.468261  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3977  transporter, putative  70.32 
 
 		 377 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2948  transporter, putative  71.31 
 
 		 383 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0186  transporter, putative  71.58 
 
 		 383 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0404913  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3363  putative transporter  70.05 
 
 		 377 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431156  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1595  putative transporter  70.05 
 
 		 377 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.169606  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4051  transporter, putative  70.32 
 
 		 377 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3007  putative transporter  70.05 
 
 		 377 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3035  citrate transporter  64.54 
 
 		 382 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01905  hypothetical protein  51.8 
 
 		 408 aa  291  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.224952 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4619  Citrate transporter  49.11 
 
 		 385 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325279  normal  0.610654 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4486  Citrate transporter  49.11 
 
 		 385 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.333604  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3360  citrate transporter  43.02 
 
 		 370 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1105  transmembrane protein  42.5 
 
 		 369 aa  246  6e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1305  citrate transporter  43.69 
 
 		 366 aa  222  8e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4885  Citrate transporter  48.14 
 
 		 378 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0934  citrate transporter family protein  39.82 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0967  citrate transporter family protein  39.82 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0876  citrate transporter family protein  39.82 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0842  citrate transporter family protein  41.03 
 
 		 372 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0967  citrate transporter family protein  41.03 
 
 		 372 aa  212  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276496  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00785  predicted transporter  40.73 
 
 		 372 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2824  Citrate transporter  40.73 
 
 		 372 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0904  citrate transporter family protein  40.06 
 
 		 370 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00802  hypothetical protein  40.73 
 
 		 372 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2825  citrate transporter  41.03 
 
 		 372 aa  212  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0875  citrate transporter family protein  41.03 
 
 		 372 aa  212  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0888  citrate transporter family protein  41.03 
 
 		 372 aa  212  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0807768  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2530  citrate transporter family protein  41.03 
 
 		 372 aa  210  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1354  Citrate transporter  40.12 
 
 		 367 aa  172  1e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0783517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2935  transporter  28.92 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.070844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3157  transporter  28.92 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3145  putative transporter  28.69 
 
 		 383 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2095  putative transporter  29.02 
 
 		 383 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3173  putative transporter  28.46 
 
 		 383 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.745852  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2909  transporter  29.24 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.204967  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3166  putative transporter  29.24 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2859  transporter  28.46 
 
 		 409 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.265572  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13780  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  35.05 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3520  Citrate transporter  30.19 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000961964  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3129  citrate transporter  30.95 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.246897  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0236  Citrate transporter  34.33 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1042  citrate transporter  28.73 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0898  putative di-/tri-carboxylate transporter  28.69 
 
 		 395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.878085  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1874  citrate transporter  29.81 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.870467  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0595  di- and tricarboxylate transporter  30.07 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0077  di- and tricarboxylate transporter  26.49 
 
 		 368 aa  106  8e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000154883  normal  0.998926 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0517  Citrate transporter  27.95 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3623  citrate transporter  29.18 
 
 		 408 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.893629  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1949  di- or tricarboxylate transporter  28.32 
 
 		 392 aa  91.3  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00031029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3351  citrate transporter  30.11 
 
 		 426 aa  90.5  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0736  Citrate transporter  29.78 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000586642  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0950  citrate transporter  30.25 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3609  arsenical pump membrane protein  28.88 
 
 		 400 aa  87  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0890  citrate transporter  30.68 
 
 		 405 aa  85.9  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1677  arsenical pump membrane protein  32.52 
 
 		 413 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0791  transporter, putative  30.68 
 
 		 413 aa  81.6  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0000900832  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2179  Citrate transporter  32.72 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.365057  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2268  Citrate transporter  32.41 
 
 		 429 aa  80.5  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153576  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3167  Citrate transporter  26.52 
 
 		 401 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1014  citrate transporter  28.61 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.460106  normal  0.615622 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0377  putative membrane anion transport protein  29.09 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0305  citrate transporter  28.45 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.368215  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1155  Citrate transporter  30.3 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.52181  hitchhiker  0.00000561595 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  24.46 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3536  citrate transporter  30.38 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.164085 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1466  citrate transporter  21.81 
 
 		 436 aa  73.2  0.000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.406025  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  23.01 
 
 		 419 aa  72.8  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0015  citrate transporter  26.86 
 
 		 431 aa  72.8  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  22.89 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2127  citrate transporter  30.54 
 
 		 418 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0956182  normal  0.0626222 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  27.43 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3589  citrate transporter  29.02 
 
 		 404 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.453935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1471  citrate transporter  22.79 
 
 		 424 aa  71.2  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  25.93 
 
 		 431 aa  70.5  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0573  arsenite permease  29.14 
 
 		 422 aa  70.1  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.77742  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1124  Citrate transporter  26.07 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26370  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  21.83 
 
 		 422 aa  68.9  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1987  citrate transporter  24.68 
 
 		 427 aa  67.8  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0408883  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0803  citrate transporter  26.98 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.324785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1426  citrate transporter  29.94 
 
 		 417 aa  66.6  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1423  citrate transporter  24.57 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.418451  normal  0.0399282 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  23.53 
 
 		 440 aa  66.2  0.0000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1347  citrate transporter  25.52 
 
 		 414 aa  66.2  0.0000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  24.94 
 
 		 425 aa  65.1  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  20.11 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0101  Citrate transporter  28.75 
 
 		 396 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.243285 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2789  arsenite efflux membrane component-like protein  23.67 
 
 		 413 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  24.78 
 
 		 423 aa  64.7  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0292  citrate transporter  24.13 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  23.9 
 
 		 577 aa  64.3  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2935  arsenite efflux membrane component-like protein  23.67 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  20.88 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>