193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4885 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4885  Citrate transporter  100 
 
 		 378 aa  728    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01905  hypothetical protein  47.03 
 
 		 408 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.224952 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4486  Citrate transporter  45.16 
 
 		 385 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.333604  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4619  Citrate transporter  45.16 
 
 		 385 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325279  normal  0.610654 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3035  citrate transporter  49.38 
 
 		 382 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0114  citrate transporter  48.76 
 
 		 376 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1105  transmembrane protein  41.81 
 
 		 369 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2958  citrate transporter  48.45 
 
 		 376 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0097  citrate transporter  48.45 
 
 		 376 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3279  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  46.75 
 
 		 376 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.362717  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0088  citrate transporter  48.14 
 
 		 377 aa  226  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0648559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1305  citrate transporter  39.47 
 
 		 366 aa  226  6e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0904  citrate transporter family protein  41.3 
 
 		 370 aa  225  9e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3360  citrate transporter  44.16 
 
 		 370 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0934  citrate transporter family protein  41 
 
 		 370 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0876  citrate transporter family protein  41 
 
 		 370 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0967  citrate transporter family protein  41 
 
 		 370 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3316  transporter, putative  44.78 
 
 		 377 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.468261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0967  citrate transporter family protein  41.26 
 
 		 372 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0842  citrate transporter family protein  41.26 
 
 		 372 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00785  predicted transporter  40.97 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2824  Citrate transporter  40.97 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0875  citrate transporter family protein  40.97 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0888  citrate transporter family protein  40.97 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0807768  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00802  hypothetical protein  40.97 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0097  citrate transporter  45.1 
 
 		 378 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2825  citrate transporter  40.97 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0098  citrate transporter  47.2 
 
 		 377 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0442697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2530  citrate transporter family protein  40.97 
 
 		 372 aa  219  8.999999999999998e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3977  transporter, putative  47.65 
 
 		 377 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0186  transporter, putative  47.65 
 
 		 383 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0404913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4051  transporter, putative  47.65 
 
 		 377 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2948  transporter, putative  47.34 
 
 		 383 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3363  putative transporter  47.34 
 
 		 377 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431156  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1595  putative transporter  47.34 
 
 		 377 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.169606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3007  putative transporter  47.34 
 
 		 377 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1354  Citrate transporter  39.94 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0783517  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3520  Citrate transporter  30.62 
 
 		 374 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000961964  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3129  citrate transporter  32.34 
 
 		 370 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.246897  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13780  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  33.03 
 
 		 360 aa  129  9.000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0077  di- and tricarboxylate transporter  28.88 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000154883  normal  0.998926 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2095  putative transporter  27.78 
 
 		 383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2935  transporter  26.63 
 
 		 383 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.070844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3157  transporter  26.63 
 
 		 383 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2909  transporter  26.71 
 
 		 383 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.204967  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3173  putative transporter  26.73 
 
 		 383 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.745852  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3166  putative transporter  26.71 
 
 		 383 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3145  putative transporter  27.96 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2859  transporter  26.81 
 
 		 409 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.265572  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0595  di- and tricarboxylate transporter  30.13 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1874  citrate transporter  26.65 
 
 		 377 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.870467  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0236  Citrate transporter  29.79 
 
 		 377 aa  106  6e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1042  citrate transporter  27.51 
 
 		 398 aa  105  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0898  putative di-/tri-carboxylate transporter  27.95 
 
 		 395 aa  103  6e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.878085  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1949  di- or tricarboxylate transporter  27.1 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00031029  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0803  citrate transporter  29.36 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.324785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1466  citrate transporter  24.34 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.406025  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3034  arsenite permease  24.93 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3609  arsenical pump membrane protein  29.07 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0890  citrate transporter  29.23 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0791  transporter, putative  30.75 
 
 		 413 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0000900832  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  24.66 
 
 		 440 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1426  citrate transporter  29.41 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0015  citrate transporter  25.94 
 
 		 431 aa  75.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0714  hypothetical protein  25.57 
 
 		 410 aa  73.2  0.000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.318283  normal  0.343566 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  24.51 
 
 		 424 aa  73.2  0.000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  24.49 
 
 		 431 aa  72.8  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1347  citrate transporter  26.63 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3351  citrate transporter  29.46 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1155  Citrate transporter  27.47 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.52181  hitchhiker  0.00000561595 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1699  citrate transporter  26.23 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.346911  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0573  arsenite permease  26.37 
 
 		 422 aa  70.9  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.77742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3623  citrate transporter  25.07 
 
 		 408 aa  70.5  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.893629  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3167  Citrate transporter  28.61 
 
 		 401 aa  70.5  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0950  citrate transporter  31.48 
 
 		 404 aa  69.3  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1471  citrate transporter  23.39 
 
 		 424 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1846  citrate transporter  26.29 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  25.07 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44788  predicted protein  26.2 
 
 		 967 aa  68.9  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1014  citrate transporter  28.1 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.460106  normal  0.615622 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0719  Citrate transporter  23.77 
 
 		 451 aa  68.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4163  Citrate transporter  27.98 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  21.55 
 
 		 408 aa  67.4  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1990  citrate transporter  24.46 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000159271  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  24.41 
 
 		 437 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  24.41 
 
 		 437 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1423  citrate transporter  25.97 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.418451  normal  0.0399282 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1911  citrate transporter  26.56 
 
 		 433 aa  66.6  0.0000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0488105  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1124  Citrate transporter  25.77 
 
 		 411 aa  66.2  0.0000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1677  arsenical pump membrane protein  28.44 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  25.95 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26370  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  24.39 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2789  arsenite efflux membrane component-like protein  26.07 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  30.88 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0736  Citrate transporter  26.29 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000586642  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  24.86 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2179  Citrate transporter  27.89 
 
 		 429 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.365057  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0305  citrate transporter  27.35 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.368215  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2935  arsenite efflux membrane component-like protein  26.36 
 
 		 413 aa  64.3  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1533  citrate transporter  25.27 
 
 		 452 aa  63.2  0.000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.232848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>