99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1042 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1042  citrate transporter  100 
 
 		 398 aa  810    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0898  putative di-/tri-carboxylate transporter  66.75 
 
 		 395 aa  524  1e-147  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.878085  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3129  citrate transporter  36.62 
 
 		 370 aa  238  1e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.246897  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13780  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  35.67 
 
 		 360 aa  200  5e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2935  transporter  29.18 
 
 		 383 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.070844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3157  transporter  29.18 
 
 		 383 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2909  transporter  30.17 
 
 		 383 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.204967  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3166  putative transporter  30.17 
 
 		 383 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2095  putative transporter  29.68 
 
 		 383 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3173  putative transporter  29.57 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.745852  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0236  Citrate transporter  30.47 
 
 		 377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2859  transporter  29.07 
 
 		 409 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.265572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3145  putative transporter  29.4 
 
 		 383 aa  163  6e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3520  Citrate transporter  31.32 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000961964  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0595  di- and tricarboxylate transporter  29.11 
 
 		 366 aa  137  4e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1874  citrate transporter  29.19 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.870467  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0077  di- and tricarboxylate transporter  27.04 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000154883  normal  0.998926 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0088  citrate transporter  28.15 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0648559  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0097  citrate transporter  27.6 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0098  citrate transporter  29.23 
 
 		 377 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0442697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3360  citrate transporter  28.69 
 
 		 370 aa  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0114  citrate transporter  26.91 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1305  citrate transporter  28.85 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3279  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  27.05 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.362717  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1949  di- or tricarboxylate transporter  28.37 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00031029  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2958  citrate transporter  26.83 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0097  citrate transporter  26.83 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01905  hypothetical protein  25.89 
 
 		 408 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.224952 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4619  Citrate transporter  26.35 
 
 		 385 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325279  normal  0.610654 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4486  Citrate transporter  26.35 
 
 		 385 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.333604  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0904  citrate transporter family protein  27.04 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0876  citrate transporter family protein  26.76 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0967  citrate transporter family protein  26.76 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0888  citrate transporter family protein  26.05 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0807768  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0875  citrate transporter family protein  26.05 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2825  citrate transporter  26.05 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2824  Citrate transporter  26.05 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00785  predicted transporter  26.05 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00802  hypothetical protein  26.05 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0934  citrate transporter family protein  26.76 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2530  citrate transporter family protein  26.33 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0842  citrate transporter family protein  26.05 
 
 		 372 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.917388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0967  citrate transporter family protein  25.77 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.276496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4885  Citrate transporter  27.6 
 
 		 378 aa  97.1  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3977  transporter, putative  26.18 
 
 		 377 aa  97.1  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3316  transporter, putative  26.33 
 
 		 377 aa  92  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.468261  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4051  transporter, putative  26.47 
 
 		 377 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1105  transmembrane protein  25.46 
 
 		 369 aa  91.3  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0186  transporter, putative  26.29 
 
 		 383 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0404913  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2948  transporter, putative  26.29 
 
 		 383 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3363  putative transporter  26.47 
 
 		 377 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431156  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1595  putative transporter  26.47 
 
 		 377 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.169606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3007  putative transporter  26.47 
 
 		 377 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3035  citrate transporter  28.23 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1354  Citrate transporter  28.79 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0783517  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0736  Citrate transporter  26.09 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000586642  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0890  citrate transporter  22.19 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3609  arsenical pump membrane protein  24.05 
 
 		 400 aa  63.2  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0517  Citrate transporter  21.78 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1155  Citrate transporter  23.87 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.52181  hitchhiker  0.00000561595 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  21.41 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  23.91 
 
 		 421 aa  55.8  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0305  citrate transporter  22.84 
 
 		 414 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.368215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2127  citrate transporter  23.93 
 
 		 418 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0956182  normal  0.0626222 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  22.99 
 
 		 408 aa  53.9  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1471  citrate transporter  21.08 
 
 		 424 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  22.79 
 
 		 425 aa  52.8  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1717  anion transporter  24.91 
 
 		 458 aa  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  23.53 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3167  Citrate transporter  23.08 
 
 		 401 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  23.61 
 
 		 447 aa  50.4  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04270  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  25 
 
 		 384 aa  50.1  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1990  citrate transporter  21.11 
 
 		 427 aa  49.7  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000159271  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0577  citrate transporter  22.03 
 
 		 437 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3623  citrate transporter  19.51 
 
 		 408 aa  49.7  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.893629  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  21.82 
 
 		 425 aa  49.7  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1987  citrate transporter  20.41 
 
 		 427 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0408883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1846  citrate transporter  25.97 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3351  citrate transporter  23.19 
 
 		 426 aa  49.7  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3119  Citrate transporter  22.62 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0395864  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1124  Citrate transporter  22.07 
 
 		 411 aa  47.8  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  20.28 
 
 		 440 aa  46.6  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0045  CitT protein  24.32 
 
 		 455 aa  46.6  0.0008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296324  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  21.96 
 
 		 423 aa  46.2  0.0009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1546  citrate transporter  28.57 
 
 		 429 aa  45.1  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0084311  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1706  citrate transporter  23.6 
 
 		 421 aa  45.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0221  anion transporter  22.78 
 
 		 460 aa  45.1  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  22.82 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0950  citrate transporter  23.1 
 
 		 404 aa  44.7  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  21.61 
 
 		 437 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2196  citrate transporter  24.04 
 
 		 451 aa  44.3  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.339032  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  21.61 
 
 		 437 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3834  anion transporter  30.63 
 
 		 466 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0427  anion transporter  30.63 
 
 		 466 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  25.47 
 
 		 429 aa  43.9  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1763  citrate transporter  24.16 
 
 		 421 aa  43.1  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3181  citrate transporter  22.31 
 
 		 441 aa  43.1  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2078  anion transporter  26.78 
 
 		 486 aa  42.7  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1020  citrate transporter  21.55 
 
 		 422 aa  42.7  0.01  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>