More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0837 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
110 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  86.73 
 
 
109 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  82.65 
 
 
129 aa  169  7.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  75.73 
 
 
123 aa  165  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  79.38 
 
 
118 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  72.9 
 
 
152 aa  161  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  76.77 
 
 
133 aa  155  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.7 
 
 
125 aa  154  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  67.65 
 
 
134 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  72.55 
 
 
132 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  71.57 
 
 
138 aa  150  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  69.44 
 
 
148 aa  150  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  65.35 
 
 
128 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  63.46 
 
 
128 aa  149  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  70.59 
 
 
132 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  65.69 
 
 
125 aa  149  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  65.35 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.35 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  65.35 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  64.65 
 
 
128 aa  147  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  67.68 
 
 
132 aa  146  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  66.06 
 
 
152 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  76.92 
 
 
132 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  76.24 
 
 
145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  74.26 
 
 
144 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  73.27 
 
 
144 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  70 
 
 
144 aa  134  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  64.65 
 
 
130 aa  133  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  72.12 
 
 
144 aa  133  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  72.12 
 
 
144 aa  133  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  72.12 
 
 
144 aa  133  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.66 
 
 
299 aa  132  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  60.82 
 
 
138 aa  128  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  60.82 
 
 
131 aa  128  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  58.59 
 
 
295 aa  123  8.000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  59.6 
 
 
275 aa  122  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  55.45 
 
 
150 aa  118  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  54.9 
 
 
127 aa  117  4.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
136 aa  113  6.9999999999999995e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  56.84 
 
 
261 aa  113  7.999999999999999e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  54.74 
 
 
260 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  48.96 
 
 
122 aa  102  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  49.46 
 
 
128 aa  90.9  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.35 
 
 
129 aa  90.9  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
132 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  41.18 
 
 
131 aa  87  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  43.75 
 
 
268 aa  86.3  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.88 
 
 
123 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  51.96 
 
 
127 aa  86.3  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.98 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.6 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.24 
 
 
132 aa  83.6  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
129 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  40.82 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  41.57 
 
 
129 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
133 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.8 
 
 
132 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  42.05 
 
 
129 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  42.05 
 
 
129 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
393 aa  80.9  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.27 
 
 
402 aa  80.5  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.37 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  41.24 
 
 
392 aa  80.5  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.89 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
130 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.1 
 
 
130 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
128 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  38.24 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.63 
 
 
128 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  40 
 
 
396 aa  78.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.71 
 
 
128 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.76 
 
 
135 aa  79  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.65 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
393 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
393 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  35.64 
 
 
130 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
393 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.21 
 
 
122 aa  78.6  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
393 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.25 
 
 
128 aa  78.6  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  38.14 
 
 
373 aa  78.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
135 aa  78.2  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
393 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>