67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5755 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5356  extracellular solute-binding protein family 1  79.76 
 
 		 428 aa  711    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0798754  normal  0.176605 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5755  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  100 
 
 		 425 aa  878    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428536  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5076  extracellular solute-binding protein family 1  79.39 
 
 		 427 aa  707    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340965  normal  0.383073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3526  extracellular solute-binding protein family 1  45.2 
 
 		 435 aa  382  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.077506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3675  extracellular solute-binding protein family 1  45.73 
 
 		 435 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616273  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0711  extracellular solute-binding protein family 1  45.24 
 
 		 436 aa  372  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0659  extracellular solute-binding protein family 1  45.48 
 
 		 435 aa  375  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1885  extracellular solute-binding protein family 1  35 
 
 		 419 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.35457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1699  extracellular solute-binding protein family 1  34.52 
 
 		 419 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3944  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 		 422 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.282645 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3075  extracellular solute-binding protein family 1  29.59 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0067  extracellular solute-binding protein family 1  21.41 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.469085  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0284  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 		 414 aa  60.8  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 416 aa  59.7  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  22.02 
 
 		 446 aa  58.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0512  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00024476  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 413 aa  57  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 504 aa  57  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  24.2 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  21.86 
 
 		 440 aa  55.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  22.83 
 
 		 433 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  21.56 
 
 		 446 aa  53.5  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  22.46 
 
 		 454 aa  53.1  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0310  extracellular solute-binding protein family 1  25.64 
 
 		 443 aa  53.1  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  21.59 
 
 		 430 aa  51.6  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 470 aa  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  21.59 
 
 		 430 aa  51.2  0.00003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0375  extracellular solute-binding protein family 1  20.73 
 
 		 421 aa  50.8  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.25 
 
 		 410 aa  51.2  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 429 aa  50.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 		 413 aa  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  23.23 
 
 		 414 aa  49.7  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4871  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 434 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.377624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.02 
 
 		 426 aa  49.7  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0263  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 439 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.962251  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 410 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0274  extracellular solute-binding protein  21.22 
 
 		 439 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.285114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 419 aa  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3430  extracellular solute-binding protein family 1  21.94 
 
 		 415 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  22.19 
 
 		 427 aa  47.8  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0777  extracellular solute-binding protein  21 
 
 		 428 aa  47.8  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0378  extracellular solute-binding protein family 1  20.17 
 
 		 420 aa  47.4  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 419 aa  47.4  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 419 aa  47.4  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  47.62 
 
 		 425 aa  47  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.24 
 
 		 411 aa  46.2  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.62 
 
 		 366 aa  45.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1604  extracellular solute-binding protein  20.18 
 
 		 425 aa  45.1  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 		 430 aa  45.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.43 
 
 		 410 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 		 448 aa  44.7  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0942  extracellular solute-binding protein  20.68 
 
 		 418 aa  44.7  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.254009  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 432 aa  43.9  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 		 411 aa  43.9  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 457 aa  43.9  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.21 
 
 		 441 aa  43.9  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 415 aa  43.9  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  22.38 
 
 		 426 aa  43.5  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2420  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 420 aa  43.1  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228974 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 415 aa  43.5  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  20.94 
 
 		 431 aa  43.5  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  24.12 
 
 		 421 aa  43.1  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.411366 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>