More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1106 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 306 aa  627  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 286 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 315 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 288 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  39.93 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 312 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  33.9 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 288 aa  169  6e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  38.78 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  38.37 
 
 		 295 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 295 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 305 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  35.96 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  34.13 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.13 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.47 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.47 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.18 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>