More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0035 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  493  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.51 
 
 
269 aa  217  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.14599 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
269 aa  207  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
267 aa  186  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.229091  hitchhiker  0.0024535 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
265 aa  126  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 
264 aa  124  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
264 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.61 
 
 
264 aa  122  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
264 aa  122  7e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  32.61 
 
 
264 aa  122  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
264 aa  120  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.200417  normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.17 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.17 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.17 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.17 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.17 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.17 
 
 
264 aa  118  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
247 aa  118  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.74 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 
279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
287 aa  112  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
286 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
339 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
272 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
258 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.358068  hitchhiker  0.00171141 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
266 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
262 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
286 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3021  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
268 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
281 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
305 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 
278 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
346 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
286 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
257 aa  103  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
272 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
259 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
249 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3311  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
268 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0701949  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
251 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
248 aa  102  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.31881  normal  0.311726 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
290 aa  102  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
267 aa  102  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  37.82 
 
 
301 aa  102  8e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.44 
 
 
238 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
273 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.71 
 
 
261 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
286 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.930868  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
251 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
251 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2711  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
268 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
275 aa  100  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
366 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3041  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
268 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.631041  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
258 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.703839 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
249 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 
258 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
274 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
233 aa  99.8  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  28.7 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
288 aa  99.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.95482  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18610  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
263 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.56588  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
343 aa  99  6e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.019294  hitchhiker  0.000464867 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
249 aa  99.4  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.012898 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
441 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 
287 aa  99  7e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  34.09 
 
 
1270 aa  98.2  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  36.2 
 
 
335 aa  97.8  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  31.37 
 
 
269 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
263 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
255 aa  97.1  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
309 aa  97.1  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
240 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
274 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 
257 aa  97.1  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
255 aa  97.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0597317 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
263 aa  97.1  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.52 
 
 
296 aa  95.9  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
244 aa  96.3  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
266 aa  96.3  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 
238 aa  96.3  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
254 aa  95.9  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16295  predicted protein  29.33 
 
 
237 aa  95.5  6e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0303319  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
269 aa  95.9  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
302 aa  95.5  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
267 aa  95.5  8e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000709968  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  95.5  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5585  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
265 aa  95.5  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.892025  normal  0.853623 
 
 
-
 
NC_003296  RS05398  oxidoreductase protein  37.43 
 
 
250 aa  95.1  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.979699 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
336 aa  95.1  9e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.53 
 
 
248 aa  95.1  9e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 
441 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  38.5 
 
 
251 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3172  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.18 
 
 
251 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
266 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>