More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_0656 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  52.78 
 
 		 288 aa  285  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  49.48 
 
 		 291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  41.4 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  44.28 
 
 		 284 aa  235  7e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  43.91 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 277 aa  229  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 277 aa  229  6e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 277 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 277 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  43.62 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  43.62 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  50.68 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  43.82 
 
 		 277 aa  222  8e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  43.82 
 
 		 277 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 290 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 277 aa  220  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 289 aa  218  7.999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  41.49 
 
 		 277 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 279 aa  212  7e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.19 
 
 		 278 aa  211  2e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 286 aa  210  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  40.57 
 
 		 277 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 279 aa  211  2e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  37.06 
 
 		 280 aa  210  3e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 273 aa  204  1e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 286 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  44.25 
 
 		 280 aa  203  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 		 283 aa  203  3e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 288 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.77 
 
 		 280 aa  202  5e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 		 285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  43.62 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  37.06 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  44.03 
 
 		 286 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  44.21 
 
 		 290 aa  196  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  39.12 
 
 		 298 aa  193  2e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 286 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  41.72 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 288 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 290 aa  193  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  37.41 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  37.41 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  37.06 
 
 		 288 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  37.06 
 
 		 288 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 286 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.31 
 
 		 275 aa  189  5e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  41.5 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  40.57 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  43.4 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  46.48 
 
 		 284 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  38.54 
 
 		 286 aa  181  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.34 
 
 		 301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 283 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 283 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 311 aa  178  8e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 288 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 288 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  41.4 
 
 		 279 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.49 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  41.9 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  41.33 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41.33 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  36.52 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  39.07 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  43.46 
 
 		 269 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  43.51 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  37.14 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.93 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.96 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 279 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.08 
 
 		 289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  38.65 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>