More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5421 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5421  iron-containing alcohol dehydrogenase  100 
 
 
372 aa  763    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5982  Iron-containing alcohol dehydrogenase  67.47 
 
 
372 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306668  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1051  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.86 
 
 
340 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6463  Iron-containing alcohol dehydrogenase  27.22 
 
 
354 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4409  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.47 
 
 
417 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.417322  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5309  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.49 
 
 
379 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1126  maleylacetate reductase  27.07 
 
 
352 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499369  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4699  Iron-containing alcohol dehydrogenase  28.25 
 
 
380 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1589  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.93 
 
 
355 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  31.76 
 
 
848 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2455  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.8 
 
 
392 aa  99.8  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1062  iron-containing alcohol dehydrogenase  33 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6071  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.03 
 
 
355 aa  94  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4085  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.09 
 
 
355 aa  93.2  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0871083  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4129  Iron-containing alcohol dehydrogenase  31.7 
 
 
357 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.323723  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4694  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.66 
 
 
352 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3908  maleylacetate reductase  28.41 
 
 
355 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5309  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
353 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.203818  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3432  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.09 
 
 
355 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4484  Iron-containing alcohol dehydrogenase  27.02 
 
 
355 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2063  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.13 
 
 
352 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00184979  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1418  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.4 
 
 
351 aa  90.5  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.93105 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4611  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.71 
 
 
353 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557195  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3908  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.9 
 
 
362 aa  89.4  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0347674 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4891  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.89 
 
 
356 aa  89  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.592699  normal  0.0411098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0837  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.61 
 
 
356 aa  88.2  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6061  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.78 
 
 
352 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2737  Iron-containing alcohol dehydrogenase  28.03 
 
 
355 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413551  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0834  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.62 
 
 
380 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.161806 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3335  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.09 
 
 
358 aa  86.3  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330592  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0330  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.82 
 
 
380 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.397984 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5215  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.84 
 
 
355 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5727  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.02 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1325  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.09 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.397668 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5141  putative alcohol dehydrogenase  28.48 
 
 
386 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237581  normal  0.0395804 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5063  maleylacetate reductase  29.91 
 
 
355 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0529248  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3377  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.9 
 
 
355 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7440  maleylacetate reductase  28.04 
 
 
357 aa  81.3  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1164  alcohol dehydrogenase, iron-containing  25.16 
 
 
388 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4565  iron-containing alcohol dehydrogenase  30 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.573153 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1965  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.55 
 
 
419 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.549318  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1936  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.57 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3267  alcetaldehyde dehydrogenase or NADPH-dependent butanol dehydrogenase  24.68 
 
 
369 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05178  maleylacetate reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07090)  27.56 
 
 
357 aa  77  0.0000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.516162  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4672  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.86 
 
 
363 aa  76.6  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6132  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.95 
 
 
355 aa  76.3  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.980292  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1409  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.96 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802441  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5540  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.9 
 
 
352 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0827042  hitchhiker  0.0000079765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2049  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.11 
 
 
387 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0117689  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2847  alcohol dehydrogenase, class IV  27.94 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5623  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.71 
 
 
355 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3279  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.28 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4574  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.2 
 
 
354 aa  74.7  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.807648 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05234  Fe-containing alcohol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06800)  25.83 
 
 
414 aa  74.3  0.000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.868028  normal  0.105972 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2344  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.37 
 
 
432 aa  74.7  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2334  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.98 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0717342  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5062  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.62 
 
 
352 aa  74.7  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1353  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.66 
 
 
387 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.959336  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3325  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.51 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.961495  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0202  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.46 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4592  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.92 
 
 
354 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2222  alcohol dehydrogenase  27.98 
 
 
392 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1518  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.27 
 
 
863 aa  73.6  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000499783  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2250  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.98 
 
 
400 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32939e-26 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2066  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.98 
 
 
400 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.904837  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2006  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.98 
 
 
400 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.857021  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2005  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.98 
 
 
400 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000571381  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2932  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.33 
 
 
387 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2802  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.61 
 
 
395 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0389  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  26.3 
 
 
869 aa  72.8  0.000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02110  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  27.46 
 
 
887 aa  72.8  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2252  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.98 
 
 
400 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.366861  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6471  Iron-containing alcohol dehydrogenase  32.24 
 
 
359 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.312726  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3692  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.81 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0139  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  27.27 
 
 
869 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.880882  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0134  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  27.27 
 
 
869 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1369  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.13 
 
 
368 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2506  alcohol dehydrogenase, class IV  27.6 
 
 
387 aa  71.2  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.75007e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0927  L-1,2-propanediol oxidoreductase  23.99 
 
 
382 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0355578  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1960  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.37 
 
 
355 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.929327  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0853  iron-containing alcohol dehydrogenase  23.14 
 
 
387 aa  70.5  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.346156 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3534  alcohol dehydrogenase, iron-containing  24.76 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4405  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.91 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162053  normal  0.536437 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0441  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.8 
 
 
399 aa  70.1  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.25 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0115621 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2836  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.65 
 
 
380 aa  70.1  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02531  hypothetical protein  24.27 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1756  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.58 
 
 
377 aa  69.3  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0953887  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0554  iron-containing alcohol dehydrogenase  23.68 
 
 
387 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1709  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  26.57 
 
 
867 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1693  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  26.16 
 
 
867 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0842725 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6773  Iron-containing alcohol dehydrogenase  26.54 
 
 
388 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1628  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.35 
 
 
398 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.197511  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1046  L-1,2-propanediol oxidoreductase  23.81 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.968246  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1426  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.91 
 
 
396 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3574  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.61 
 
 
387 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.882397  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0888  alcohol dehydrogenase, iron-containing  31.34 
 
 
402 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.867893  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0885  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.8 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0990  iron-containing alcohol dehydrogenase  23.95 
 
 
386 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.71484 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0904  Iron-containing alcohol dehydrogenase  27.34 
 
 
386 aa  67  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.445883  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>