More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5309 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4699  Iron-containing alcohol dehydrogenase  89.95 
 
 
380 aa  680    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4409  iron-containing alcohol dehydrogenase  89.95 
 
 
417 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.417322  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5309  iron-containing alcohol dehydrogenase  100 
 
 
379 aa  763    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2455  iron-containing alcohol dehydrogenase  46.09 
 
 
392 aa  329  5.0000000000000004e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5141  putative alcohol dehydrogenase  45.14 
 
 
386 aa  317  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237581  normal  0.0395804 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05234  Fe-containing alcohol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06800)  41.85 
 
 
414 aa  262  8e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.868028  normal  0.105972 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1051  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.76 
 
 
340 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4129  Iron-containing alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
357 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.323723  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5623  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.04 
 
 
355 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4611  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.92 
 
 
353 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557195  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3908  maleylacetate reductase  33.77 
 
 
355 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0837  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.58 
 
 
356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5063  maleylacetate reductase  32.07 
 
 
355 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0529248  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3335  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.66 
 
 
358 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330592  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3908  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.52 
 
 
362 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0347674 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6463  Iron-containing alcohol dehydrogenase  28.85 
 
 
354 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2506  alcohol dehydrogenase, class IV  31.62 
 
 
387 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.75007e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2742  Iron-containing alcohol dehydrogenase  30.88 
 
 
384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0794554  normal  0.0588178 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3432  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.13 
 
 
355 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1233  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.05 
 
 
387 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1071  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.91 
 
 
358 aa  139  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6132  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.06 
 
 
355 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.980292  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1589  Iron-containing alcohol dehydrogenase  28.18 
 
 
355 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4694  Iron-containing alcohol dehydrogenase  30.16 
 
 
352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4484  Iron-containing alcohol dehydrogenase  30.51 
 
 
355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6426  Iron-containing alcohol dehydrogenase  35.14 
 
 
376 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4085  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.61 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0871083  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4549  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.56 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0521  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.99 
 
 
383 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000118982 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5309  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.03 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.203818  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0681  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.9 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5476  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.68 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.377553  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7440  maleylacetate reductase  29.72 
 
 
357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6071  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.71 
 
 
355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2957  methanol dehydrogenase, NAD-dependent  30.7 
 
 
384 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0476972  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2398  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.8 
 
 
391 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.645692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2737  Iron-containing alcohol dehydrogenase  30.77 
 
 
355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413551  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5540  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.44 
 
 
352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0827042  hitchhiker  0.0000079765 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05178  maleylacetate reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07090)  27.53 
 
 
357 aa  133  5e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.516162  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  35.05 
 
 
397 aa  133  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0115621 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1325  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.23 
 
 
355 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.397668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2063  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.73 
 
 
352 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00184979  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1126  maleylacetate reductase  28.73 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499369  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1418  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.78 
 
 
351 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.93105 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4348  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.92 
 
 
385 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.159902  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2836  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.9 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2654  ethanolamine utilization protein EutG  32.31 
 
 
395 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0517138  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2721  ethanolamine utilization protein EutG  32.31 
 
 
395 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.295885 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2828  ethanolamine utilization protein EutG  32.31 
 
 
395 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2695  ethanolamine utilization protein EutG  32.31 
 
 
395 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2606  ethanolamine utilization protein EutG  32.31 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0991  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.68 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6061  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.38 
 
 
352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2470  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.07 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.5015 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0767  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.53 
 
 
406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1612  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.14 
 
 
381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2317  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.41 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.735115  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2290  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.52 
 
 
394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000188362  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4574  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.57 
 
 
354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.807648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0779  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.17 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2599  ethanolamine utilization protein EutG  30.29 
 
 
395 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4891  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.4 
 
 
356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.592699  normal  0.0411098 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0990  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.25 
 
 
386 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.71484 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2394  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.03 
 
 
389 aa  126  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.219268  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2344  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.95 
 
 
432 aa  125  9e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02344  predicted alcohol dehydrogenase in ethanolamine utilization  30.58 
 
 
395 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3674  ethanolamine utilization protein EutG  30.58 
 
 
395 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1217  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.58 
 
 
395 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02306  hypothetical protein  30.58 
 
 
395 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2582  ethanolamine utilization protein EutG  30.58 
 
 
395 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1224  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.58 
 
 
395 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2864  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.08 
 
 
378 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2510  1,3-propanediol dehydrogenase  28.61 
 
 
383 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.4448e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3377  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.71 
 
 
355 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1465  NADPH-dependent butanol dehydrogenase  27.09 
 
 
388 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0442  alcohol dehydrogenase 2  26.86 
 
 
382 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.156258  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5215  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.97 
 
 
355 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2128  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.54 
 
 
381 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.705476  normal  0.429829 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0678  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.04 
 
 
389 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.469552 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5062  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.41 
 
 
352 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1756  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.12 
 
 
377 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0953887  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2819  ethanolamine utilization protein EutG  30.58 
 
 
395 aa  123  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0885  alcohol dehydrogenase, iron-containing  25.07 
 
 
376 aa  123  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1786  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.22 
 
 
388 aa  123  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0451  alcohol dehydrogenase, iron-containing  26.57 
 
 
382 aa  122  7e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1868  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.51 
 
 
394 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4285  alcohol dehydrogenase II  29.51 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3987  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.8 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1395  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.71 
 
 
407 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2650  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.99 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.691454  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2157  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.46 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0164  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.85 
 
 
383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1279  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.76 
 
 
384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00932196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2730  ethanolamine utilization protein EutG  30.24 
 
 
395 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1868  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.13 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.50517  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1788  alcohol dehydrogenase 2  26.54 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3210  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.18 
 
 
393 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1265  NADPH-dependent butanol dehydrogenase  26.89 
 
 
388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00856884  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5727  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.08 
 
 
352 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2781  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.09 
 
 
398 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>