More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4409 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5309  iron-containing alcohol dehydrogenase  89.95 
 
 
379 aa  686    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4699  Iron-containing alcohol dehydrogenase  88.42 
 
 
380 aa  668    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4409  iron-containing alcohol dehydrogenase  100 
 
 
417 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.417322  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2455  iron-containing alcohol dehydrogenase  46.41 
 
 
392 aa  337  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5141  putative alcohol dehydrogenase  46.34 
 
 
386 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237581  normal  0.0395804 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05234  Fe-containing alcohol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06800)  41.35 
 
 
414 aa  256  4e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.868028  normal  0.105972 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1051  iron-containing alcohol dehydrogenase  38.7 
 
 
340 aa  196  5.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4129  Iron-containing alcohol dehydrogenase  33.9 
 
 
357 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.323723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4611  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.01 
 
 
353 aa  162  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557195  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0837  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.85 
 
 
356 aa  154  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2742  Iron-containing alcohol dehydrogenase  32.86 
 
 
384 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0794554  normal  0.0588178 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3335  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.79 
 
 
358 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330592  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3908  maleylacetate reductase  32.53 
 
 
355 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6463  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.69 
 
 
354 aa  150  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1589  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29 
 
 
355 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2506  alcohol dehydrogenase, class IV  32.22 
 
 
387 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.75007e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5623  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.27 
 
 
355 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3908  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.05 
 
 
362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0347674 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5063  maleylacetate reductase  31.52 
 
 
355 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0529248  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7440  maleylacetate reductase  30.81 
 
 
357 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6132  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.34 
 
 
355 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.980292  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3432  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.34 
 
 
355 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2063  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.18 
 
 
352 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00184979  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2510  1,3-propanediol dehydrogenase  30.25 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.4448e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1071  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.14 
 
 
358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5309  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.29 
 
 
353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.203818  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  35.05 
 
 
397 aa  140  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0115621 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4484  Iron-containing alcohol dehydrogenase  30.51 
 
 
355 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4694  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.89 
 
 
352 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1325  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.46 
 
 
355 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.397668 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4085  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.82 
 
 
355 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0871083  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1126  maleylacetate reductase  29.49 
 
 
352 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499369  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4348  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.62 
 
 
385 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.159902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2398  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.81 
 
 
391 aa  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.645692 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05178  maleylacetate reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07090)  27.53 
 
 
357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.516162  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5476  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.41 
 
 
402 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.377553  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2606  ethanolamine utilization protein EutG  31.96 
 
 
395 aa  136  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6061  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.37 
 
 
352 aa  136  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2721  ethanolamine utilization protein EutG  31.96 
 
 
395 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.295885 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2654  ethanolamine utilization protein EutG  31.96 
 
 
395 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0517138  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2828  ethanolamine utilization protein EutG  31.96 
 
 
395 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2695  ethanolamine utilization protein EutG  31.96 
 
 
395 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2836  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.97 
 
 
380 aa  136  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6071  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.91 
 
 
355 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2957  methanol dehydrogenase, NAD-dependent  31.3 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0476972  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2737  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.97 
 
 
355 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413551  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1233  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.19 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4891  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.86 
 
 
356 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.592699  normal  0.0411098 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1786  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.49 
 
 
388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0767  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.42 
 
 
406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5540  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.17 
 
 
352 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0827042  hitchhiker  0.0000079765 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4574  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.38 
 
 
354 aa  134  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.807648 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02644  L-1,2-propanediol oxidoreductase  29.55 
 
 
383 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02606  hypothetical protein  29.55 
 
 
383 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2939  L-1,2-propanediol oxidoreductase  29.55 
 
 
383 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.284503  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0889  lactaldehyde reductase  29.55 
 
 
382 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3104  L-1,2-propanediol oxidoreductase  29.55 
 
 
382 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.189679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4063  L-1,2-propanediol oxidoreductase  29.55 
 
 
383 aa  132  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2430  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.23 
 
 
384 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.528301  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5062  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.96 
 
 
352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0681  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.92 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2943  L-1,2-propanediol oxidoreductase  29.29 
 
 
382 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1180  1,3-propanediol dehydrogenase  30.79 
 
 
385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.440796  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1011  1,3-propanediol dehydrogenase  30.79 
 
 
385 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000128902  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2082  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.48 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.769914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0779  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.23 
 
 
392 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1418  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.85 
 
 
351 aa  131  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.93105 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0990  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.37 
 
 
386 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.71484 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0885  alcohol dehydrogenase, iron-containing  24.93 
 
 
376 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4160  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.11 
 
 
383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0913  L-1,2-propanediol oxidoreductase  29.29 
 
 
383 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0442  alcohol dehydrogenase 2  26.63 
 
 
382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.156258  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2781  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.1 
 
 
398 aa  129  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0521  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.37 
 
 
383 aa  129  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000118982 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0451  alcohol dehydrogenase, iron-containing  26.63 
 
 
382 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1465  NADPH-dependent butanol dehydrogenase  27.27 
 
 
388 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3210  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.87 
 
 
393 aa  129  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02344  predicted alcohol dehydrogenase in ethanolamine utilization  30.29 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1224  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.29 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1217  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.29 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02306  hypothetical protein  30.29 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0678  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.64 
 
 
389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.469552 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2128  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.06 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.705476  normal  0.429829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2582  ethanolamine utilization protein EutG  30.29 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4549  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.75 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02110  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  27.72 
 
 
887 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1868  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.72 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.50517  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3674  ethanolamine utilization protein EutG  30.58 
 
 
395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3987  Iron-containing alcohol dehydrogenase  31.13 
 
 
382 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5121  Iron-containing alcohol dehydrogenase  28.12 
 
 
382 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.493266  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3377  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.65 
 
 
355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4285  alcohol dehydrogenase II  30.72 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2317  Iron-containing alcohol dehydrogenase  29.32 
 
 
381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.735115  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1612  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.32 
 
 
381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5215  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.91 
 
 
355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2599  ethanolamine utilization protein EutG  29.64 
 
 
395 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0991  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.59 
 
 
381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2631  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.07 
 
 
383 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2819  ethanolamine utilization protein EutG  30.29 
 
 
395 aa  126  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0030  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.49 
 
 
390 aa  126  7e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000706289  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>