More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3962 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3962  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
158 aa  327  6e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1141  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  77.22 
 
 
174 aa  260  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.935538  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0774  hypothetical protein  69.48 
 
 
166 aa  229  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00906515  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.42 
 
 
170 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.598256  normal  0.775972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2635  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.42 
 
 
180 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.824071 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4186  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.09 
 
 
180 aa  201  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1491  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  59.87 
 
 
180 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0201643  normal  0.443288 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0842  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  59.74 
 
 
178 aa  199  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1094  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.24 
 
 
166 aa  198  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1094  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  76.47 
 
 
119 aa  193  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2431  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.13 
 
 
194 aa  193  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0944  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.34 
 
 
160 aa  158  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.91853  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5084  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.98 
 
 
163 aa  155  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.326252  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.02 
 
 
158 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2065  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50.33 
 
 
240 aa  141  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448828  normal  0.178855 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.01 
 
 
169 aa  136  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0971976  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2730  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  49.34 
 
 
169 aa  136  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2127  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.68 
 
 
168 aa  134  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0797  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.67 
 
 
158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.67 
 
 
157 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1083  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.65 
 
 
169 aa  102  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1137  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.87 
 
 
171 aa  101  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1723  hypothetical protein  39.38 
 
 
163 aa  93.6  9e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4125  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  40 
 
 
159 aa  89  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2118  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.85 
 
 
174 aa  87.4  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154407  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1211  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  36.6 
 
 
153 aa  85.9  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.728122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1995  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.33 
 
 
158 aa  85.5  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3970  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.71 
 
 
176 aa  84.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.440685  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3453  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  33.12 
 
 
157 aa  75.5  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3332  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.93 
 
 
163 aa  74.3  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.760354  normal  0.0291564 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04155  putative cytosine/adenosine deaminase  40 
 
 
149 aa  74.3  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.411988  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4222  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.42 
 
 
157 aa  73.9  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2797  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.19 
 
 
159 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.129572  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2770  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  34.19 
 
 
159 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.168453  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1158  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.84 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.325867  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2814  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.19 
 
 
159 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2031  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46 
 
 
195 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1065  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.28 
 
 
146 aa  70.1  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1525  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.29 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2050  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.24 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.932057  normal  0.385935 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00510  cytosine/adenosine deaminase  33.33 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2012  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.4 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168679  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  34.67 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.541533  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1482  cytosine/adenosine deaminase  38.98 
 
 
149 aa  68.2  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1728  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  42.11 
 
 
150 aa  67.8  0.00000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0645  tRNA-adenosine deaminase  42.11 
 
 
167 aa  67.8  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.954109  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4568  cytosine/adenosine deaminase  37.17 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0674269 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  41.41 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.65 
 
 
146 aa  67.4  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  46.99 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.79 
 
 
150 aa  67  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3057  dCMP deaminase  39.6 
 
 
157 aa  67  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.876762  normal  0.403626 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1340  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region  32.43 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.296989 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_49924  predicted protein  30.67 
 
 
564 aa  65.9  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4330  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  34.23 
 
 
163 aa  65.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.278025  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4719  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.38 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.267474  normal  0.468215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3058  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  31.25 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.315568 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0109  cytosine/adenosine deaminase  37.37 
 
 
148 aa  65.1  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36.84 
 
 
176 aa  64.7  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  41.67 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1535  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  30.34 
 
 
159 aa  63.9  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346938  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  45 
 
 
152 aa  64.3  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11560  cytosine/adenosine deaminase  30.91 
 
 
163 aa  63.9  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.40278  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  45.36 
 
 
193 aa  62.4  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  44.33 
 
 
164 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.33 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.906022  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0518  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.21 
 
 
158 aa  62.8  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.63405  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0471  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  46.07 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  35.88 
 
 
159 aa  62.4  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  43.3 
 
 
182 aa  62.4  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.75 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4089  tRNA-adenosine deaminase  37.62 
 
 
156 aa  62  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0226545 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.37 
 
 
154 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  39.8 
 
 
151 aa  61.6  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.37 
 
 
154 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1657  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35 
 
 
144 aa  61.2  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3346  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.85 
 
 
143 aa  61.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.706534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5394  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37.23 
 
 
144 aa  61.2  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2902  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.27 
 
 
157 aa  60.8  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000164713  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4048  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  45.78 
 
 
144 aa  60.8  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.21 
 
 
178 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0027  tRNA-adenosine deaminase  40.82 
 
 
150 aa  60.5  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1216  tRNA-adenosine deaminase  37.06 
 
 
151 aa  60.1  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3540  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  32.48 
 
 
162 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00955446 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1450  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.08 
 
 
163 aa  60.1  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.875484  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.36 
 
 
155 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552121  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.42 
 
 
155 aa  60.1  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.37 
 
 
189 aa  60.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0576  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.66 
 
 
161 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  41.49 
 
 
157 aa  58.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0483  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  41.11 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.705581 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  38.14 
 
 
146 aa  58.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0498  cytosine deaminase, putative  36.26 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.490204 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2805  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37 
 
 
158 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.21 
 
 
161 aa  59.7  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0991  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.39 
 
 
539 aa  59.3  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0298578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.22 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.1 
 
 
166 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.1 
 
 
166 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.736614  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1166  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  34.78 
 
 
190 aa  58.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>