More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5084 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5084  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
163 aa  343  8e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.326252  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.13 
 
 
158 aa  219  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2065  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  61.33 
 
 
240 aa  198  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448828  normal  0.178855 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0944  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.68 
 
 
160 aa  167  4e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.91853  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0842  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.6 
 
 
178 aa  156  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3962  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.98 
 
 
158 aa  155  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1141  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.19 
 
 
174 aa  154  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.935538  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2730  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  49.33 
 
 
169 aa  153  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2635  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.74 
 
 
180 aa  152  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.824071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.32 
 
 
170 aa  150  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.598256  normal  0.775972 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1491  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  56.03 
 
 
180 aa  149  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0201643  normal  0.443288 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4186  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.9 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.35 
 
 
169 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0971976  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1094  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.01 
 
 
166 aa  145  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2127  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.5 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0774  hypothetical protein  52.41 
 
 
166 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00906515  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1137  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44 
 
 
171 aa  136  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.81 
 
 
157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2431  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.39 
 
 
194 aa  134  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0797  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.16 
 
 
158 aa  134  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1083  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44 
 
 
169 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3970  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42 
 
 
176 aa  124  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.440685  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1094  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.59 
 
 
119 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1995  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  38.67 
 
 
158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4568  cytosine/adenosine deaminase  40.43 
 
 
141 aa  100  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0674269 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2118  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.6 
 
 
174 aa  96.7  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154407  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4330  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.13 
 
 
163 aa  93.2  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.278025  n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_49924  predicted protein  34.34 
 
 
564 aa  89.4  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.58 
 
 
145 aa  87.8  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1211  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  39.19 
 
 
153 aa  85.9  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.728122  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2050  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.45 
 
 
165 aa  85.1  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.932057  normal  0.385935 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0231  hypothetical protein  28.97 
 
 
155 aa  84  8e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4222  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.81 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1723  hypothetical protein  38.51 
 
 
163 aa  83.6  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0518  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.45 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.63405  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5394  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.89 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3540  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.97 
 
 
162 aa  82.8  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00955446 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3346  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.08 
 
 
143 aa  82  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.706534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1525  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36.67 
 
 
147 aa  81.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  31.58 
 
 
156 aa  81.6  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.174881  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  41.67 
 
 
152 aa  81.6  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04155  putative cytosine/adenosine deaminase  36.79 
 
 
149 aa  81.3  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.411988  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3058  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36.08 
 
 
159 aa  81.3  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.315568 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3332  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.62 
 
 
163 aa  81.3  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.760354  normal  0.0291564 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4125  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  38.36 
 
 
159 aa  80.5  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0498  cytosine deaminase, putative  37.61 
 
 
153 aa  80.9  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.490204 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.65 
 
 
154 aa  80.5  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.466878  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3057  dCMP deaminase  37.27 
 
 
157 aa  79.7  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.876762  normal  0.403626 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.46 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1093  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.1 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00512356  hitchhiker  0.0000000000228725 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3453  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37.16 
 
 
157 aa  79.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0777  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.78 
 
 
155 aa  78.6  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1158  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.5 
 
 
164 aa  78.2  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.325867  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2142  tRNA-adenosine deaminase  31.72 
 
 
147 aa  78.6  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0645  tRNA-adenosine deaminase  40.71 
 
 
167 aa  77.4  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.954109  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  35.71 
 
 
150 aa  77.4  0.00000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.19 
 
 
158 aa  77  0.00000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0668  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.94 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0190  cytosine deaminase, putative  32.52 
 
 
153 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.559355  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04619  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region  33.56 
 
 
186 aa  77  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2778  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  32.56 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1065  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.54 
 
 
146 aa  76.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
154 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38 
 
 
150 aa  75.9  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.906022  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0483  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.21 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.705581 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0624  tRNA-adenosine deaminase  28.21 
 
 
153 aa  76.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
154 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  39.8 
 
 
165 aa  75.5  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  30.72 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  41.28 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1317  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.46 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  29.87 
 
 
160 aa  75.1  0.0000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  32.26 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  37.5 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0608  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  28.57 
 
 
154 aa  74.7  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.740984  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11560  cytosine/adenosine deaminase  35.57 
 
 
163 aa  74.7  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.40278  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00510  cytosine/adenosine deaminase  33.94 
 
 
163 aa  74.7  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.5 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.617159  normal  0.0212463 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  41 
 
 
151 aa  73.9  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0109  cytosine/adenosine deaminase  38.61 
 
 
148 aa  73.9  0.0000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  35.92 
 
 
168 aa  73.9  0.0000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4089  tRNA-adenosine deaminase  36.54 
 
 
156 aa  73.9  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0226545 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  38.89 
 
 
165 aa  73.6  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.87 
 
 
170 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  40 
 
 
158 aa  73.6  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  40.82 
 
 
154 aa  73.2  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.54 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1728  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.95 
 
 
150 aa  72.8  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  32.26 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2427  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.33 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.777873  normal  0.277053 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1942  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.33 
 
 
152 aa  73.2  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.14 
 
 
156 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2030  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38 
 
 
146 aa  72.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000721347  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.27 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.14 
 
 
156 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1731  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  37.96 
 
 
157 aa  72  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.120946  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2029  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  28.86 
 
 
141 aa  72.4  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  38.78 
 
 
193 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0534  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.38 
 
 
159 aa  72  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.53 
 
 
461 aa  72  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.683334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>