More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1139 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  100 
 
 		 189 aa  394  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  70 
 
 		 177 aa  249  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  68 
 
 		 178 aa  248  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  75.32 
 
 		 164 aa  248  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  71.43 
 
 		 174 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  72.61 
 
 		 175 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  67.63 
 
 		 222 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  72.61 
 
 		 175 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  72.61 
 
 		 175 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.79 
 
 		 169 aa  237  9e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1307  tRNA-adenosine deaminase  67.63 
 
 		 222 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.35104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1236  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  70.81 
 
 		 252 aa  232  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.469544  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3291  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  69.46 
 
 		 194 aa  226  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.24 
 
 		 177 aa  225  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60 
 
 		 176 aa  215  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  56.35 
 
 		 200 aa  213  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  56.35 
 
 		 200 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  56.9 
 
 		 187 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.29 
 
 		 170 aa  212  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  62.03 
 
 		 165 aa  211  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  62.73 
 
 		 190 aa  209  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1221  tRNA-specific adenosine deaminase  62.75 
 
 		 168 aa  207  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1315  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  67.39 
 
 		 163 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.847285  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  61.45 
 
 		 193 aa  206  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.94 
 
 		 164 aa  205  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  64.05 
 
 		 164 aa  201  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.04 
 
 		 162 aa  199  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  62.42 
 
 		 182 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  62.75 
 
 		 172 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  62.75 
 
 		 172 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  60.13 
 
 		 167 aa  195  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2811  tRNA-specific adenosine deaminase  62.09 
 
 		 172 aa  195  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2730  tRNA-specific adenosine deaminase  62.09 
 
 		 172 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635658  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2946  tRNA-specific adenosine deaminase  62.09 
 
 		 172 aa  194  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3044  tRNA-specific adenosine deaminase  61.84 
 
 		 169 aa  194  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.0227305 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.67 
 
 		 168 aa  194  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  59.48 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  59.48 
 
 		 167 aa  194  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  59.48 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  59.48 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  59.48 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  59.48 
 
 		 167 aa  194  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  59.48 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01393  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  58.22 
 
 		 223 aa  192  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.331355  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  58.82 
 
 		 167 aa  191  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1614  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  60.54 
 
 		 166 aa  188  4e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0790384  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  60 
 
 		 158 aa  188  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.9 
 
 		 484 aa  184  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3669  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  53.76 
 
 		 182 aa  182  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408377  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.67 
 
 		 152 aa  181  8.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  56.52 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  54.66 
 
 		 168 aa  179  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.91 
 
 		 475 aa  174  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.84 
 
 		 361 aa  174  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  57.53 
 
 		 155 aa  173  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.84 
 
 		 361 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.94 
 
 		 182 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.94 
 
 		 182 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54 
 
 		 152 aa  170  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.09 
 
 		 231 aa  169  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  52.6 
 
 		 163 aa  167  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0748  tRNA-specific adenosine deaminase  58.06 
 
 		 177 aa  166  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  51.63 
 
 		 183 aa  164  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.6 
 
 		 160 aa  164  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2427  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.6 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.777873  normal  0.277053 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1037  tRNA-specific adenosine deaminase  57.05 
 
 		 162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.67 
 
 		 165 aa  161  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.63 
 
 		 159 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.79 
 
 		 154 aa  161  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  51.01 
 
 		 152 aa  161  7e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.87 
 
 		 159 aa  160  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56 
 
 		 363 aa  160  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1017  tRNA-adenosine deaminase  59.26 
 
 		 164 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.251058  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1685  hypothetical protein  53.38 
 
 		 149 aa  159  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  54.93 
 
 		 189 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.67 
 
 		 461 aa  158  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1956  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.42 
 
 		 193 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  55.63 
 
 		 196 aa  158  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5283  tRNA-adenosine deaminase  61.59 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1992  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.59 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6109  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.59 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1968  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.59 
 
 		 159 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1686  hypothetical protein  53.38 
 
 		 149 aa  157  9e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  50.33 
 
 		 165 aa  157  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  51.37 
 
 		 148 aa  157  9e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  51.37 
 
 		 148 aa  157  9e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.42 
 
 		 151 aa  157  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.41 
 
 		 156 aa  156  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1476  tRNA-adenosine deaminase  53.85 
 
 		 176 aa  156  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.65 
 
 		 166 aa  156  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50.99 
 
 		 168 aa  155  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0741  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  50.65 
 
 		 177 aa  155  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.7 
 
 		 154 aa  155  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0888  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.65 
 
 		 177 aa  155  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.64 
 
 		 187 aa  155  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1748  tRNA-adenosine deaminase  53.5 
 
 		 205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00208224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00919  tRNA-specific adenosine deaminase  50.66 
 
 		 170 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0773913  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  52.74 
 
 		 146 aa  153  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.32 
 
 		 156 aa  153  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.32 
 
 		 156 aa  153  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>