More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2035 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
231 aa  470  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1748  tRNA-adenosine deaminase  72.44 
 
 
205 aa  239  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00208224  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  59.12 
 
 
177 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.62 
 
 
182 aa  194  9e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.62 
 
 
182 aa  194  9e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60 
 
 
152 aa  191  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.33 
 
 
152 aa  190  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  59.12 
 
 
183 aa  187  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.71 
 
 
164 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.55 
 
 
154 aa  186  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.87 
 
 
175 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.76 
 
 
175 aa  185  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.41 
 
 
174 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.15 
 
 
175 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  64.29 
 
 
461 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  60.26 
 
 
189 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  53.94 
 
 
200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.78 
 
 
363 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  53.94 
 
 
200 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  53.05 
 
 
222 aa  178  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  53.94 
 
 
187 aa  177  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.33 
 
 
361 aa  176  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.33 
 
 
361 aa  176  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.24 
 
 
187 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1956  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.09 
 
 
193 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  55.56 
 
 
168 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.66 
 
 
164 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  61.22 
 
 
196 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.97 
 
 
159 aa  174  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.76 
 
 
411 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.1 
 
 
170 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2538  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  60.12 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287066  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1285  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  60.12 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2013  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  60.12 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2437  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  60.12 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142608  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2394  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  60.12 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3297  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  60.12 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62763  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1992  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.68 
 
 
159 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5283  tRNA-adenosine deaminase  62.68 
 
 
159 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6109  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.68 
 
 
159 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1968  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.68 
 
 
159 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.53 
 
 
177 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1514  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  61.07 
 
 
162 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.37 
 
 
162 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
178 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  52.67 
 
 
146 aa  169  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2062  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  59.28 
 
 
194 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.96 
 
 
484 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1236  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.12 
 
 
252 aa  168  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.469544  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.63 
 
 
190 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.34 
 
 
169 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  53.29 
 
 
163 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1307  tRNA-adenosine deaminase  52.73 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.35104  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  50 
 
 
165 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.42 
 
 
475 aa  165  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.3 
 
 
159 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.88 
 
 
168 aa  164  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3291  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  51.46 
 
 
194 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  51.9 
 
 
177 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.67 
 
 
189 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2620  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.7 
 
 
482 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  53.64 
 
 
155 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.69 
 
 
167 aa  161  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  49.69 
 
 
167 aa  161  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  56.95 
 
 
154 aa  161  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  49.69 
 
 
178 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01393  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.7 
 
 
223 aa  161  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.331355  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  49.69 
 
 
178 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3044  tRNA-specific adenosine deaminase  49.69 
 
 
169 aa  160  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.0227305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  49.07 
 
 
167 aa  160  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  49.69 
 
 
178 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  51.5 
 
 
182 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  49.69 
 
 
178 aa  160  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  49.69 
 
 
178 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  49.12 
 
 
172 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1221  tRNA-specific adenosine deaminase  49.38 
 
 
168 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  50.61 
 
 
172 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  50.67 
 
 
158 aa  159  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2730  tRNA-specific adenosine deaminase  48.54 
 
 
172 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635658  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  49.07 
 
 
167 aa  159  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2946  tRNA-specific adenosine deaminase  48.54 
 
 
172 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2811  tRNA-specific adenosine deaminase  47.95 
 
 
172 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221212  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  51.3 
 
 
165 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1216  tRNA-adenosine deaminase  54.41 
 
 
151 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2796  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.28 
 
 
369 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.7 
 
 
176 aa  155  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2334  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.29 
 
 
171 aa  154  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.55905 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  49.02 
 
 
152 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52 
 
 
158 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.83 
 
 
168 aa  153  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  49.01 
 
 
159 aa  153  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.98 
 
 
158 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  46.79 
 
 
160 aa  153  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  47.09 
 
 
193 aa  152  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  48.78 
 
 
164 aa  152  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  51.33 
 
 
151 aa  152  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.3 
 
 
151 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3893  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.31 
 
 
161 aa  151  8e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39680  Cytidine/deoxycytidylate deaminase-like protein  49.67 
 
 
158 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774336  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1315  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.3 
 
 
163 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.847285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>