More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2286 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  100 
 
 		 363 aa  739    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60 
 
 		 461 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.48 
 
 		 484 aa  386  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2620  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.67 
 
 		 482 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.91 
 
 		 411 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.97 
 
 		 361 aa  332  5e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.65 
 
 		 361 aa  332  6e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.7 
 
 		 475 aa  319  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2796  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.08 
 
 		 369 aa  319  6e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.07 
 
 		 152 aa  199  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.38 
 
 		 152 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1748  tRNA-adenosine deaminase  67.81 
 
 		 205 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00208224  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  60.37 
 
 		 183 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.78 
 
 		 231 aa  190  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62 
 
 		 182 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.26 
 
 		 154 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62 
 
 		 182 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  60.39 
 
 		 168 aa  186  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  60.96 
 
 		 177 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  59.59 
 
 		 146 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  61.64 
 
 		 189 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.67 
 
 		 175 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.67 
 
 		 175 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56 
 
 		 164 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56 
 
 		 174 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.22 
 
 		 159 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56 
 
 		 175 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  66.94 
 
 		 196 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0612  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  57.33 
 
 		 153 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  55.19 
 
 		 155 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5283  tRNA-adenosine deaminase  67.21 
 
 		 159 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6109  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.21 
 
 		 159 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1992  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  67.21 
 
 		 159 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1968  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.21 
 
 		 159 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1956  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.59 
 
 		 193 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  51.25 
 
 		 163 aa  169  9e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  55.33 
 
 		 222 aa  169  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.76 
 
 		 189 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.73 
 
 		 187 aa  168  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2437  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1285  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26979  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2538  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3297  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62763  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2394  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.03 
 
 		 162 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2013  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  49.09 
 
 		 193 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1514  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  65.62 
 
 		 162 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  56.08 
 
 		 151 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 190 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3291  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  51.83 
 
 		 194 aa  162  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1216  tRNA-adenosine deaminase  57.69 
 
 		 151 aa  162  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.63 
 
 		 168 aa  162  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.97 
 
 		 177 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1236  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.67 
 
 		 252 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.469544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1307  tRNA-adenosine deaminase  54.97 
 
 		 222 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.35104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.42 
 
 		 177 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.86 
 
 		 168 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  52.67 
 
 		 152 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.45 
 
 		 142 aa  160  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00130  tRNA-adenosine deaminase  49.09 
 
 		 172 aa  159  9e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  50.97 
 
 		 200 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1614  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  49.68 
 
 		 166 aa  158  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0790384  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2062  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  61.64 
 
 		 194 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  47.98 
 
 		 200 aa  158  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  50.97 
 
 		 187 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.37 
 
 		 176 aa  156  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.97 
 
 		 178 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.19 
 
 		 170 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  50.34 
 
 		 159 aa  155  8e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.35 
 
 		 151 aa  155  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  51.61 
 
 		 178 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.61 
 
 		 167 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  51.61 
 
 		 178 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  51.61 
 
 		 167 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.72 
 
 		 169 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1037  tRNA-specific adenosine deaminase  59.35 
 
 		 162 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  51.61 
 
 		 178 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  51.61 
 
 		 178 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  51.61 
 
 		 178 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.38 
 
 		 155 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.79 
 
 		 154 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  54.17 
 
 		 164 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  50.97 
 
 		 167 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  51.63 
 
 		 182 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  52.03 
 
 		 148 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  52.03 
 
 		 148 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  56.82 
 
 		 137 aa  153  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01393  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.08 
 
 		 223 aa  153  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.331355  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 		 164 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  54.86 
 
 		 144 aa  152  7e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1093  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.35 
 
 		 181 aa  152  8e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00512356  hitchhiker  0.0000000000228725 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  50.97 
 
 		 167 aa  152  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0888  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.93 
 
 		 177 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0741  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  50.93 
 
 		 177 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  49.67 
 
 		 165 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  49.67 
 
 		 160 aa  151  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.96 
 
 		 158 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  52.78 
 
 		 172 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.7 
 
 		 158 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>