More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3054 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  100 
 
 		 165 aa  342  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1221  tRNA-specific adenosine deaminase  92.73 
 
 		 168 aa  320  5e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  81.13 
 
 		 170 aa  275  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  80.38 
 
 		 164 aa  273  7e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  78.75 
 
 		 200 aa  265  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  78.75 
 
 		 200 aa  264  5e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  78.75 
 
 		 187 aa  263  8e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  75.62 
 
 		 168 aa  259  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3044  tRNA-specific adenosine deaminase  73.75 
 
 		 169 aa  257  6e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.0227305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  74.52 
 
 		 178 aa  254  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  74.52 
 
 		 167 aa  254  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  74.52 
 
 		 167 aa  254  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  74.52 
 
 		 178 aa  254  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  74.52 
 
 		 178 aa  254  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  74.52 
 
 		 178 aa  254  4e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  74.52 
 
 		 178 aa  254  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  73.89 
 
 		 167 aa  253  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  73.89 
 
 		 167 aa  251  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  72.78 
 
 		 172 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2946  tRNA-specific adenosine deaminase  72.78 
 
 		 172 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  72.78 
 
 		 172 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2730  tRNA-specific adenosine deaminase  72.78 
 
 		 172 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2811  tRNA-specific adenosine deaminase  72.78 
 
 		 172 aa  249  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.78 
 
 		 164 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.76 
 
 		 175 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.62 
 
 		 174 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.15 
 
 		 175 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.51 
 
 		 175 aa  216  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  59.87 
 
 		 222 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.39 
 
 		 177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.26 
 
 		 178 aa  208  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.88 
 
 		 169 aa  208  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.97 
 
 		 162 aa  207  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  64.19 
 
 		 189 aa  206  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1236  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.51 
 
 		 252 aa  204  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.469544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1307  tRNA-adenosine deaminase  59.87 
 
 		 222 aa  204  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.35104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  57.69 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1315  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.49 
 
 		 163 aa  201  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.847285  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  61.39 
 
 		 190 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01393  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  59.31 
 
 		 223 aa  198  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.331355  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.95 
 
 		 176 aa  197  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  57.06 
 
 		 193 aa  196  7.999999999999999e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3291  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  59.87 
 
 		 194 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  57.32 
 
 		 182 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1614  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  57.79 
 
 		 166 aa  192  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0790384  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  63.95 
 
 		 158 aa  192  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  58.82 
 
 		 164 aa  192  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.77 
 
 		 182 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.77 
 
 		 182 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  60.54 
 
 		 155 aa  185  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  56.49 
 
 		 168 aa  181  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  57.53 
 
 		 148 aa  181  4.0000000000000006e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  57.53 
 
 		 148 aa  181  4.0000000000000006e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2427  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.06 
 
 		 174 aa  180  8.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.777873  normal  0.277053 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  55.56 
 
 		 183 aa  178  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3669  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  58.45 
 
 		 182 aa  177  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408377  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0748  tRNA-specific adenosine deaminase  56.43 
 
 		 177 aa  177  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.11 
 
 		 152 aa  177  5.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.82 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  57.53 
 
 		 146 aa  175  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60 
 
 		 361 aa  175  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60 
 
 		 361 aa  175  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.14 
 
 		 484 aa  174  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.42 
 
 		 152 aa  174  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  55.78 
 
 		 152 aa  172  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.56 
 
 		 475 aa  172  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39680  Cytidine/deoxycytidylate deaminase-like protein  54.05 
 
 		 158 aa  167  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774336  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1037  tRNA-specific adenosine deaminase  62.16 
 
 		 162 aa  167  9e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.7 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  59.56 
 
 		 137 aa  166  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1216  tRNA-adenosine deaminase  56.92 
 
 		 151 aa  166  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  53.69 
 
 		 163 aa  165  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.25 
 
 		 159 aa  164  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1317  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.78 
 
 		 175 aa  164  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1956  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.56 
 
 		 193 aa  164  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1685  hypothetical protein  55.1 
 
 		 149 aa  164  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  53.79 
 
 		 196 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.45 
 
 		 142 aa  163  8e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1686  hypothetical protein  55.56 
 
 		 149 aa  163  8e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  49.07 
 
 		 177 aa  163  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0300  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.25 
 
 		 165 aa  163  8e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.018226  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0328  cytosine deaminase  54.25 
 
 		 165 aa  163  8e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775757  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.33 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15680  hypothetical protein  54.19 
 
 		 182 aa  161  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0652995  hitchhiker  0.000000000000295358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  52 
 
 		 165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00919  tRNA-specific adenosine deaminase  53.38 
 
 		 170 aa  161  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0773913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.17 
 
 		 187 aa  159  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1992  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.02 
 
 		 159 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5283  tRNA-adenosine deaminase  59.02 
 
 		 159 aa  159  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1748  tRNA-adenosine deaminase  53.06 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00208224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4002  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.38 
 
 		 162 aa  159  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.789776 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6109  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.02 
 
 		 159 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1968  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.02 
 
 		 159 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.7 
 
 		 166 aa  158  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.01 
 
 		 154 aa  158  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1349  hypothetical protein  53.55 
 
 		 182 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.556036  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0003  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.42 
 
 		 158 aa  157  9e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.63 
 
 		 461 aa  156  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1675  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.3 
 
 		 197 aa  156  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000564994  normal  0.585232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>