More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3001 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
145 aa  292  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2029  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  38.41 
 
 
141 aa  107  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.61 
 
 
158 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.93 
 
 
159 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  41.38 
 
 
150 aa  99  2e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  40.54 
 
 
165 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  49 
 
 
159 aa  97.1  8e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39680  Cytidine/deoxycytidylate deaminase-like protein  40.94 
 
 
158 aa  95.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774336  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  41.01 
 
 
193 aa  93.6  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1093  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.72 
 
 
181 aa  92  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00512356  hitchhiker  0.0000000000228725 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4222  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.6 
 
 
157 aa  91.7  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1457  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.26 
 
 
169 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81189  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1525  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.12 
 
 
147 aa  90.9  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0612  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  46.15 
 
 
153 aa  91.3  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  40.97 
 
 
154 aa  90.9  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.54 
 
 
160 aa  90.9  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.45 
 
 
166 aa  90.5  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2805  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  45.54 
 
 
158 aa  90.5  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0109  cytosine/adenosine deaminase  43.4 
 
 
148 aa  90.1  8e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.97 
 
 
164 aa  90.1  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  52.44 
 
 
137 aa  89.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0014  tRNA-adenosine deaminase  41.88 
 
 
158 aa  89.7  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574394  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1267  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  39.16 
 
 
169 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4793  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.94 
 
 
160 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.758133  normal  0.45937 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  43.17 
 
 
151 aa  88.6  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.66 
 
 
152 aa  89  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0103  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.17 
 
 
161 aa  89  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  38.19 
 
 
151 aa  89  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0019  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  43.81 
 
 
166 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0510921  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
175 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1349  hypothetical protein  39.86 
 
 
182 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.556036  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
175 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.58 
 
 
524 aa  88.6  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.24 
 
 
160 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0024  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  43.81 
 
 
166 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000145543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  38.19 
 
 
165 aa  87.8  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.96 
 
 
156 aa  87.8  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.93 
 
 
155 aa  87.8  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552121  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  41.26 
 
 
165 aa  88.2  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  44.55 
 
 
158 aa  87.8  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  51.09 
 
 
161 aa  87.8  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5084  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.58 
 
 
163 aa  87.8  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.326252  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0215  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  39.85 
 
 
159 aa  87.8  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.86 
 
 
157 aa  87.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1221  tRNA-specific adenosine deaminase  40.82 
 
 
168 aa  87  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45 
 
 
164 aa  87  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.387948  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  42.86 
 
 
166 aa  87  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00130  tRNA-adenosine deaminase  47.47 
 
 
172 aa  87  8e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.23 
 
 
189 aa  87  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5296  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  45 
 
 
166 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000172102  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1065  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.06 
 
 
146 aa  86.3  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3629  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.43 
 
 
166 aa  86.7  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
174 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15680  hypothetical protein  38.46 
 
 
182 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0652995  hitchhiker  0.000000000000295358 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
175 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1744  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.71 
 
 
186 aa  86.3  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  42.57 
 
 
168 aa  85.5  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0020  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  43.27 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.27 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.27 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.736614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1712  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.3 
 
 
167 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.344098  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.38 
 
 
484 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0231  hypothetical protein  42.06 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1229  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.42 
 
 
156 aa  85.5  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  43.27 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0327  putative deaminase  42.96 
 
 
159 aa  85.5  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.69995e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  43.27 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.125537  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  39.42 
 
 
182 aa  85.9  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.1 
 
 
361 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0738  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  46.32 
 
 
153 aa  85.9  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000176793  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2923  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.52 
 
 
163 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.57 
 
 
148 aa  85.9  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  38.62 
 
 
151 aa  85.9  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1017  tRNA-adenosine deaminase  48.11 
 
 
164 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.251058  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  40.46 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.88 
 
 
181 aa  85.5  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000142338  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0120  cytosine/adenosine deaminase-like  39.39 
 
 
161 aa  85.1  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.585423  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.1 
 
 
361 aa  85.1  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2515  guanine deaminase  41.35 
 
 
154 aa  84.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0479995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43 
 
 
164 aa  84.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0616301  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.57 
 
 
161 aa  85.1  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  48.96 
 
 
158 aa  85.1  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2297  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  43.93 
 
 
155 aa  84.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000194857  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1657  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47 
 
 
144 aa  84.7  4e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4602  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; guanine deaminase  44.32 
 
 
153 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  37.23 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  37.23 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43 
 
 
177 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.3 
 
 
148 aa  84.3  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6871  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  40.8 
 
 
147 aa  84  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.385283 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.19 
 
 
176 aa  84.3  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  38.57 
 
 
177 aa  84  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45 
 
 
156 aa  84  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45 
 
 
156 aa  84  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  45 
 
 
168 aa  84  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  33.58 
 
 
152 aa  84  7e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45 
 
 
178 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  33.33 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  44.12 
 
 
163 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3970  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.45 
 
 
176 aa  82.4  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.440685  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>