More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0726 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_4471  primosomal protein N'  70.98 
 
 		 763 aa  958    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00895191  normal  0.043274 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3862  primosomal protein N'  69.71 
 
 		 739 aa  941    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.80234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3135  primosomal protein N'  69.99 
 
 		 724 aa  945    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.504051  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0362  primosomal protein N'  65.57 
 
 		 709 aa  901    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.265583  normal  0.361884 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3523  primosomal protein N'  62.59 
 
 		 705 aa  819    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.019159 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0011  primosomal protein N'  69.34 
 
 		 712 aa  914    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0133  replication restart DNA helicase PriA  61.63 
 
 		 715 aa  785    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.365373 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0822  primosomal protein N'  67.75 
 
 		 733 aa  936    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000167881  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4265  primosomal protein N'  63.23 
 
 		 739 aa  884    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0726  primosomal protein N'  100 
 
 		 700 aa  1406    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0565  primosomal protein N'  63.89 
 
 		 762 aa  895    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3303  primosome assembly protein PriA  48.89 
 
 		 764 aa  610  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2943  primosome assembly protein PriA  48.72 
 
 		 753 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0112  primosome assembly protein PriA  48.72 
 
 		 753 aa  588  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146301  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0127  primosome assembly protein PriA  48.72 
 
 		 753 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0113  primosome assembly protein PriA  56.45 
 
 		 757 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.373406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3293  primosome assembly protein PriA  49.42 
 
 		 753 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.259169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0102  primosome assembly protein PriA  49.49 
 
 		 753 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0111  primosome assembly protein PriA  56.43 
 
 		 753 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3022  primosome assembly protein PriA  55.44 
 
 		 752 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3889  primosome assembly protein PriA  55.26 
 
 		 748 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3173  primosome assembly protein PriA  54.46 
 
 		 765 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3348  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2963  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687092  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3497  primosome assembly protein PriA  53.75 
 
 		 765 aa  561  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.631062 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3023  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0169  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1579  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0045  primosome assembly protein PriA  54.91 
 
 		 747 aa  561  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.493665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4035  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3961  primosome assembly protein PriA  56.81 
 
 		 755 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3490  primosome assembly protein PriA  54.05 
 
 		 764 aa  551  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000105942  normal  0.279843 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3302  primosome assembly protein PriA  54.83 
 
 		 768 aa  548  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.304002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0033  replication restart DNA helicase PriA  45.76 
 
 		 666 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.101123  normal  0.886692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3341  primosome assembly protein PriA  53.18 
 
 		 761 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000327838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4079  primosomal protein N'  50 
 
 		 724 aa  502  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2672  replication restart DNA helicase PriA  48.71 
 
 		 738 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.868647 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2781  replication restart DNA helicase PriA  50.81 
 
 		 719 aa  475  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2327  primosomal protein N'  46.37 
 
 		 734 aa  474  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0753846  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0025  primosomal protein N'  39.66 
 
 		 708 aa  475  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.46357  hitchhiker  0.000104497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0400  primosome assembly protein PriA  46.82 
 
 		 744 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0536  primosome assembly protein PriA  47.33 
 
 		 743 aa  464  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  47.15 
 
 		 739 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  47.08 
 
 		 739 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  39.94 
 
 		 662 aa  463  1e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  47.44 
 
 		 739 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  39.8 
 
 		 662 aa  460  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  46.8 
 
 		 739 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  47.25 
 
 		 739 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5787  primosome assembly protein PriA  47.7 
 
 		 739 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66720  primosome assembly protein PriA  47.34 
 
 		 739 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0029  primosomal protein N'  38.93 
 
 		 709 aa  459  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  46.44 
 
 		 746 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  49.29 
 
 		 739 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2496  primosome assembly protein PriA  47.59 
 
 		 738 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.733405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3794  primosome assembly protein PriA  44.46 
 
 		 731 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  36.13 
 
 		 733 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  38.13 
 
 		 720 aa  436  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04038  primosome assembly protein PriA  44.87 
 
 		 740 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0116  primosome assembly protein PriA  43.14 
 
 		 732 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  38.13 
 
 		 720 aa  436  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4099  primosome assembly protein PriA  43.14 
 
 		 732 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2869  primosomal protein N'  36.55 
 
 		 753 aa  434  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4789  primosome assembly protein PriA  43.49 
 
 		 731 aa  435  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  43.85 
 
 		 732 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5393  primosome assembly protein PriA  39.75 
 
 		 732 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.670889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0169  primosome assembly protein PriA  43.57 
 
 		 732 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  46.68 
 
 		 732 aa  431  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4377  primosome assembly protein PriA  40.03 
 
 		 732 aa  430  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679343 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2267  primosome assembly protein PriA  46.87 
 
 		 745 aa  430  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4471  primosome assembly protein PriA  40.03 
 
 		 732 aa  431  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0183  primosome assembly protein PriA  44.11 
 
 		 732 aa  431  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3812  primosome assembly protein PriA  42.96 
 
 		 732 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03820  primosome assembly protein PriA  40.11 
 
 		 732 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.846253  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4050  primosomal protein N'  40.11 
 
 		 732 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03769  hypothetical protein  40.11 
 
 		 732 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880403  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4311  primosome assembly protein PriA  39.61 
 
 		 732 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4427  primosome assembly protein PriA  39.75 
 
 		 732 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4425  primosome assembly protein PriA  39.75 
 
 		 732 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.981494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4083  primosome assembly protein PriA  40.11 
 
 		 732 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4495  primosome assembly protein PriA  39.61 
 
 		 732 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4341  primosome assembly protein PriA  39.75 
 
 		 732 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.849244  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4167  primosome assembly protein PriA  40.11 
 
 		 732 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2149  primosome assembly protein PriA  39.32 
 
 		 733 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4418  primosome assembly protein PriA  39.19 
 
 		 732 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4038  primosome assembly protein PriA  39.1 
 
 		 731 aa  425  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2743  primosome assembly protein PriA  35.91 
 
 		 733 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  38.64 
 
 		 733 aa  420  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0028  primosome assembly protein PriA  41.92 
 
 		 736 aa  420  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  41.49 
 
 		 733 aa  422  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0603  primosome assembly protein PriA  40.71 
 
 		 740 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4366  primosomal protein N'  42.21 
 
 		 736 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0822  primosomal protein N'  43.89 
 
 		 723 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102519  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  35.25 
 
 		 774 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3356  primosomal protein N'  37.5 
 
 		 734 aa  416  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  41.54 
 
 		 734 aa  412  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  36.12 
 
 		 725 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  36.26 
 
 		 725 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0166  primosome assembly protein PriA  35.78 
 
 		 704 aa  407  1.0000000000000001e-112  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.331124  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3761  primosomal protein N'  41.13 
 
 		 731 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>