More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0822 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_4471  primosomal protein N'  65.49 
 
 		 763 aa  918    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00895191  normal  0.043274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0565  primosomal protein N'  60.5 
 
 		 762 aa  869    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0362  primosomal protein N'  66.89 
 
 		 709 aa  952    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.265583  normal  0.361884 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3523  primosomal protein N'  59.05 
 
 		 705 aa  783    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.019159 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0133  replication restart DNA helicase PriA  57.62 
 
 		 715 aa  769    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.365373 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3135  primosomal protein N'  65.76 
 
 		 724 aa  918    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.504051  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3862  primosomal protein N'  65.76 
 
 		 739 aa  918    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.80234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0011  primosomal protein N'  64.82 
 
 		 712 aa  889    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0822  primosomal protein N'  100 
 
 		 733 aa  1494    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000167881  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0726  primosomal protein N'  67.75 
 
 		 700 aa  960    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4265  primosomal protein N'  66.01 
 
 		 739 aa  950    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0111  primosome assembly protein PriA  47.31 
 
 		 753 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0127  primosome assembly protein PriA  47.83 
 
 		 753 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0102  primosome assembly protein PriA  47.31 
 
 		 753 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0112  primosome assembly protein PriA  47.57 
 
 		 753 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146301  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0113  primosome assembly protein PriA  53.34 
 
 		 757 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.373406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3341  primosome assembly protein PriA  43.94 
 
 		 761 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000327838  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3022  primosome assembly protein PriA  52 
 
 		 752 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3303  primosome assembly protein PriA  51.69 
 
 		 764 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3889  primosome assembly protein PriA  52.56 
 
 		 748 aa  560  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2943  primosome assembly protein PriA  53.34 
 
 		 753 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3293  primosome assembly protein PriA  53.18 
 
 		 753 aa  558  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.259169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0045  primosome assembly protein PriA  52.33 
 
 		 747 aa  554  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.493665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1579  primosome assembly protein PriA  51.53 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2963  primosome assembly protein PriA  51.53 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687092  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0169  primosome assembly protein PriA  51.53 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3348  primosome assembly protein PriA  51.53 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3961  primosome assembly protein PriA  51.69 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4035  primosome assembly protein PriA  51.53 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3023  primosome assembly protein PriA  51.53 
 
 		 755 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3497  primosome assembly protein PriA  49.77 
 
 		 765 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.631062 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0033  replication restart DNA helicase PriA  44.54 
 
 		 666 aa  545  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.101123  normal  0.886692 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3173  primosome assembly protein PriA  51.29 
 
 		 765 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3490  primosome assembly protein PriA  42.88 
 
 		 764 aa  532  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000105942  normal  0.279843 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3302  primosome assembly protein PriA  51.04 
 
 		 768 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.304002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4079  primosomal protein N'  42.24 
 
 		 724 aa  502  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2672  replication restart DNA helicase PriA  39.25 
 
 		 738 aa  463  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.868647 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2327  primosomal protein N'  44.31 
 
 		 734 aa  462  9.999999999999999e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0753846  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  38.68 
 
 		 739 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2781  replication restart DNA helicase PriA  46.61 
 
 		 719 aa  449  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0025  primosomal protein N'  36.33 
 
 		 708 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.46357  hitchhiker  0.000104497 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  38.67 
 
 		 739 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0029  primosomal protein N'  37.52 
 
 		 709 aa  446  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  37.7 
 
 		 662 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0400  primosome assembly protein PriA  44.23 
 
 		 744 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  37.55 
 
 		 662 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  44.25 
 
 		 739 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  45.36 
 
 		 739 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  42.11 
 
 		 746 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0536  primosome assembly protein PriA  42.14 
 
 		 743 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  43.18 
 
 		 739 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  43.18 
 
 		 739 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5787  primosome assembly protein PriA  43.48 
 
 		 739 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0822  primosomal protein N'  36.77 
 
 		 723 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66720  primosome assembly protein PriA  43.14 
 
 		 739 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2869  primosomal protein N'  35.95 
 
 		 753 aa  414  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4099  primosome assembly protein PriA  36.21 
 
 		 732 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  34.47 
 
 		 774 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04038  primosome assembly protein PriA  37.79 
 
 		 740 aa  412  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0116  primosome assembly protein PriA  36.21 
 
 		 732 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2743  primosome assembly protein PriA  36.09 
 
 		 733 aa  413  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3812  primosome assembly protein PriA  35.99 
 
 		 732 aa  412  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  38.65 
 
 		 732 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2267  primosome assembly protein PriA  43.46 
 
 		 745 aa  405  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3794  primosome assembly protein PriA  36.04 
 
 		 731 aa  403  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2496  primosome assembly protein PriA  39.51 
 
 		 738 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.733405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  35.04 
 
 		 733 aa  405  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  36.8 
 
 		 732 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  35.19 
 
 		 733 aa  404  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4038  primosome assembly protein PriA  36.03 
 
 		 731 aa  402  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  35.47 
 
 		 734 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0603  primosome assembly protein PriA  37.32 
 
 		 740 aa  396  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2149  primosome assembly protein PriA  36.31 
 
 		 733 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0183  primosome assembly protein PriA  39.77 
 
 		 732 aa  393  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0169  primosome assembly protein PriA  35.08 
 
 		 732 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  35.8 
 
 		 733 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03820  primosome assembly protein PriA  39.46 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.846253  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4050  primosomal protein N'  39.46 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4495  primosome assembly protein PriA  35.6 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4366  primosomal protein N'  39.17 
 
 		 736 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03769  hypothetical protein  39.46 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880403  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4789  primosome assembly protein PriA  38.87 
 
 		 731 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4341  primosome assembly protein PriA  35.73 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.849244  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4418  primosome assembly protein PriA  38.8 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5393  primosome assembly protein PriA  39.46 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.670889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4377  primosome assembly protein PriA  39.46 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679343 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4083  primosome assembly protein PriA  39.46 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4425  primosome assembly protein PriA  35.73 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.981494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4167  primosome assembly protein PriA  39.46 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1123  primosome assembly protein PriA  37.79 
 
 		 730 aa  390  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0274294  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4311  primosome assembly protein PriA  35.73 
 
 		 732 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4427  primosome assembly protein PriA  35.73 
 
 		 732 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4471  primosome assembly protein PriA  39.3 
 
 		 732 aa  392  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2594  primosomal protein N`  39.93 
 
 		 733 aa  386  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0028  primosome assembly protein PriA  39.24 
 
 		 736 aa  388  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  40.64 
 
 		 720 aa  389  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  40.64 
 
 		 720 aa  389  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  37.35 
 
 		 725 aa  380  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  33.16 
 
 		 725 aa  382  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0166  primosome assembly protein PriA  33.92 
 
 		 704 aa  373  1e-102  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.331124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>