More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0417 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0417  pseudouridine synthase  100 
 
 		 243 aa  476  1e-133  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0032  pseudouridine synthase  66.96 
 
 		 265 aa  309  2.9999999999999997e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.604772  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  36.6 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  34.17 
 
 		 255 aa  142  7e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.29 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 309 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 250 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 242 aa  138  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  35.96 
 
 		 426 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.92 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  35.62 
 
 		 375 aa  135  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  38.16 
 
 		 251 aa  135  5e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  35.32 
 
 		 621 aa  135  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  38.71 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  34.17 
 
 		 245 aa  131  7.999999999999999e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.7 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.61 
 
 		 269 aa  129  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.2 
 
 		 240 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.47 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.15 
 
 		 252 aa  128  9.000000000000001e-29  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  37.32 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  35.68 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  34.68 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 694 aa  126  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.66 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.27 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  35.27 
 
 		 242 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  33.89 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.27 
 
 		 242 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.27 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  35.27 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 253 aa  125  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.27 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.27 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  37.96 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 324 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 329 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  33.33 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  37.3 
 
 		 369 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.76 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  32.77 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  37.89 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 249 aa  122  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.19 
 
 		 255 aa  122  7e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  31.31 
 
 		 252 aa  121  9e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.99 
 
 		 249 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 252 aa  120  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.58 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.76 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  30.93 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 241 aa  120  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.88 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  36.57 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 237 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 239 aa  119  6e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  32.02 
 
 		 263 aa  117  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1194  RNA-binding S4 domain protein  33.18 
 
 		 381 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  33.65 
 
 		 555 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0349  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 220 aa  116  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.710879  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  31.58 
 
 		 680 aa  116  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  33.94 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  29.58 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  30.25 
 
 		 554 aa  115  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  30.25 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 245 aa  115  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.74 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  33.05 
 
 		 406 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 274 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 240 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  33.75 
 
 		 239 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  31.86 
 
 		 252 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  31.86 
 
 		 252 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  33.02 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  30.63 
 
 		 262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 553 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  30.71 
 
 		 268 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  33.49 
 
 		 318 aa  112  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 280 aa  112  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  33.82 
 
 		 638 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 567 aa  111  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  32.43 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  30.38 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.86 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>