84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_1458 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008312  Tery_1458  glycine betaine transporter periplasmic subunit  100 
 
 		 338 aa  695    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.104794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1459  glycine betaine transporter periplasmic subunit  76.04 
 
 		 336 aa  543  1e-153  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0408344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  53.12 
 
 		 662 aa  343  2.9999999999999997e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0863  glycine betaine transporter periplasmic subunit  49.32 
 
 		 332 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2666  glycine betaine transporter periplasmic subunit  48.22 
 
 		 348 aa  308  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00589435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1059  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.76 
 
 		 334 aa  306  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3534  glycine betaine transporter periplasmic subunit  47.29 
 
 		 326 aa  305  9.000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0200308 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1004  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  44.55 
 
 		 330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3478  glycine betaine transporter periplasmic subunit  45.32 
 
 		 335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688917  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3322  glycine betaine transporter periplasmic subunit  45.57 
 
 		 335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3923  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.55 
 
 		 330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.334646 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3200  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.55 
 
 		 330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2960  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.55 
 
 		 330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1027  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.55 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.23532 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02535  glycine betaine transporter subunit  44.55 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02499  hypothetical protein  44.55 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2815  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.55 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3736  glycine betaine transporter periplasmic subunit  47.96 
 
 		 333 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.201063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1113  glycine betaine transporter periplasmic subunit  49.83 
 
 		 334 aa  302  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2801  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.24 
 
 		 330 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.56693  normal  0.0222237 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003611  L-proline glycine betaine binding ABC transporter protein proX/osmotic adaptation  48.3 
 
 		 312 aa  299  5e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1495  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.26 
 
 		 347 aa  299  5e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0772797  normal  0.339425 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0895  glycine betaine transporter periplasmic subunit  45.03 
 
 		 331 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.598937  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2994  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.42 
 
 		 331 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.805  hitchhiker  0.00724532 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3159  glycine betaine transporter periplasmic subunit  43.33 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.138504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2959  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.42 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2928  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.42 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3011  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.08 
 
 		 331 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0614  glycine betaine transporter periplasmic subunit  43.75 
 
 		 335 aa  293  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0146965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3735  glycine betaine transporter periplasmic subunit  43.64 
 
 		 331 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3117  glycine betaine transporter periplasmic subunit  45.73 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.293613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3058  glycine betaine ABC transporter, periplasmic glycine betaine-binding protein  46.26 
 
 		 325 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2519  glycine betaine transporter periplasmic subunit  40.88 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2691  glycine betaine transporter periplasmic subunit  45.73 
 
 		 342 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208597  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3998  glycine betaine transporter periplasmic subunit  41.49 
 
 		 328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0979  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.94 
 
 		 359 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.84837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2477  glycine betaine transporter periplasmic subunit  41.07 
 
 		 343 aa  280  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1061  glycine betaine transporter periplasmic subunit  46.64 
 
 		 283 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.258222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6146  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  42.41 
 
 		 328 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.485636 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1820  glycine betaine transporter periplasmic subunit  37.06 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1819  glycine betaine transporter periplasmic subunit  36.18 
 
 		 344 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.350486  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2299  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.67 
 
 		 344 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2074  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.67 
 
 		 344 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.699526  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2312  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.09 
 
 		 344 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0202463  hitchhiker  0.00638475 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2026  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.55 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.259484  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4317  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.58 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134242  normal  0.156439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2531  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.69 
 
 		 342 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.694403  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4313  glycine betaine transporter periplasmic subunit  30.99 
 
 		 342 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172901  normal  0.290364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2295  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.13 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.144012  normal  0.472988 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1438  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.76 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0879571  normal  0.595095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2780  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.91 
 
 		 325 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2583  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.59 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2775  glycine betaine/L-proline ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  26.5 
 
 		 374 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.475032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2582  twin-arginine translocation pathway signal  22.48 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.887396  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1086  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.69 
 
 		 646 aa  56.6  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.809733  normal  0.592465 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5836  hypothetical protein  22.12 
 
 		 356 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2583  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.07 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0350261  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6171  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.08 
 
 		 318 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.367394 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67300  putative binding protein component of ABC transporter  23.48 
 
 		 322 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67400  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.12 
 
 		 340 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1901  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.41 
 
 		 294 aa  51.6  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.135733  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2216  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.49 
 
 		 338 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228946  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5271  histidine transporter, periplasmic histidine-binding protein  27.82 
 
 		 322 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3558  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.05 
 
 		 338 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4829  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.82 
 
 		 322 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.93299 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1790  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.77 
 
 		 295 aa  50.1  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0362  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  29 
 
 		 322 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.376501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0671  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.32 
 
 		 295 aa  50.1  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0054  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.71 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1285  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.21 
 
 		 334 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.435568  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3319  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.97 
 
 		 337 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0235  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.79 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00289978  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5830  ABC transporter periplasmic binding protein  25.47 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3406  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.53 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0802  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.48 
 
 		 321 aa  47.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0332812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2543  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  30.59 
 
 		 342 aa  47.4  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.221502  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2363  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.82 
 
 		 338 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3778  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.87 
 
 		 337 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.110017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1291  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.44 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.83 
 
 		 633 aa  44.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09180  ABC-type proline/glycine betaine transport system, periplasmic component  23.76 
 
 		 307 aa  43.5  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.195292  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4344  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  20.47 
 
 		 337 aa  43.5  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2308  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.64 
 
 		 298 aa  43.1  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00541806  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1472  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.5 
 
 		 280 aa  42.7  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.338312  hitchhiker  0.00631972 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>