88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2295 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2295  glycine betaine transporter periplasmic subunit  100 
 
 		 337 aa  695    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.144012  normal  0.472988 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4313  glycine betaine transporter periplasmic subunit  63.22 
 
 		 342 aa  441  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172901  normal  0.290364 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4317  glycine betaine transporter periplasmic subunit  63.29 
 
 		 342 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134242  normal  0.156439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2531  glycine betaine transporter periplasmic subunit  53.98 
 
 		 342 aa  404  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.694403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1004  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  35.91 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2960  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.91 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3923  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.91 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.334646 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3200  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.91 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02499  hypothetical protein  35.91 
 
 		 330 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1027  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.91 
 
 		 330 aa  196  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.23532 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02535  glycine betaine transporter subunit  35.91 
 
 		 330 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2815  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.91 
 
 		 330 aa  196  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0863  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.1 
 
 		 332 aa  196  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2994  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.72 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.805  hitchhiker  0.00724532 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2801  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.61 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.56693  normal  0.0222237 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2959  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.72 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2928  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.72 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3011  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.42 
 
 		 331 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3117  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.72 
 
 		 331 aa  192  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.293613 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0614  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.8 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0146965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0895  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.42 
 
 		 331 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.598937  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3159  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.72 
 
 		 331 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.138504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3735  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.83 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3736  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.14 
 
 		 333 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.201063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1495  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.28 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0772797  normal  0.339425 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003611  L-proline glycine betaine binding ABC transporter protein proX/osmotic adaptation  33.96 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1059  glycine betaine transporter periplasmic subunit  33.84 
 
 		 334 aa  179  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3534  glycine betaine transporter periplasmic subunit  33.84 
 
 		 326 aa  179  8e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0200308 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1458  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.13 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.104794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1113  glycine betaine transporter periplasmic subunit  33.54 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3322  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.94 
 
 		 335 aa  176  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3478  glycine betaine transporter periplasmic subunit  33.24 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688917  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1459  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.04 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0408344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  31.52 
 
 		 662 aa  168  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6146  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  30.79 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.485636 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2666  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.8 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00589435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2691  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.17 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208597  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0979  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.4 
 
 		 359 aa  159  8e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.84837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2477  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.38 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1819  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.66 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.350486  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1820  glycine betaine transporter periplasmic subunit  30.52 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117351  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1061  glycine betaine transporter periplasmic subunit  33.22 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.258222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2519  glycine betaine transporter periplasmic subunit  31.29 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3058  glycine betaine ABC transporter, periplasmic glycine betaine-binding protein  33.45 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2312  glycine betaine transporter periplasmic subunit  31.5 
 
 		 344 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0202463  hitchhiker  0.00638475 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2074  glycine betaine transporter periplasmic subunit  31.5 
 
 		 344 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.699526  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2299  glycine betaine transporter periplasmic subunit  31.5 
 
 		 344 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3998  glycine betaine transporter periplasmic subunit  30.63 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2026  glycine betaine transporter periplasmic subunit  32.26 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.259484  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2583  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.43 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0473  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.05 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2543  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.93 
 
 		 342 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.221502  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2775  glycine betaine/L-proline ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  26.2 
 
 		 374 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.475032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2583  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.22 
 
 		 301 aa  53.5  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0350261  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67400  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.92 
 
 		 340 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5836  hypothetical protein  27.33 
 
 		 356 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1794  ABC-type proline/glycine betaine transport systems periplasmic components-like protein  25.3 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2780  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.21 
 
 		 325 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5830  ABC transporter periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 322 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2592  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.03 
 
 		 285 aa  47.4  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3778  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.38 
 
 		 337 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.110017 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2308  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.42 
 
 		 298 aa  46.2  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00541806  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4217  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.22 
 
 		 319 aa  46.2  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2886  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  20.86 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.664803  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2823  choline ABC transporter, periplasmic binding protein  19.59 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0802  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.1 
 
 		 321 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0332812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0537  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.96 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4344  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.64 
 
 		 337 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0671  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  19.26 
 
 		 295 aa  45.1  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3406  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  20.14 
 
 		 278 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3887  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.34 
 
 		 288 aa  44.3  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.326958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2839  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, glycine betaine/L-proline-binding protein  21.69 
 
 		 285 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00244909  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5013  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.15 
 
 		 287 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2216  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.88 
 
 		 338 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228946  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3558  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.88 
 
 		 338 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2598  glycine betaine/L-proline ABC transporter glycine betaine/L-proline-binding protein  21.36 
 
 		 285 aa  43.9  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.968236  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2550  glycine betaine-binding protein  21.36 
 
 		 285 aa  43.9  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0193266  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2787  glycine betaine/L-proline ABC transporter glycine betaine/L-proline-binding protein  21.36 
 
 		 285 aa  43.9  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2582  twin-arginine translocation pathway signal  23.34 
 
 		 297 aa  43.9  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.887396  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2517  glycine betaine-binding protein  21.36 
 
 		 285 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.352464  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4488  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.77 
 
 		 287 aa  43.1  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.515487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0362  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.19 
 
 		 322 aa  43.1  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.376501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5271  histidine transporter, periplasmic histidine-binding protein  23 
 
 		 322 aa  43.1  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67300  putative binding protein component of ABC transporter  25.56 
 
 		 322 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4829  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23 
 
 		 322 aa  42.7  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.93299 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1589  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  19.08 
 
 		 322 aa  42.7  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, periplasmic component  18.77 
 
 		 301 aa  42.7  0.009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1738  ABC transporter substrate-binding protein  26.17 
 
 		 340 aa  42.7  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0735907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>