97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_0863 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_0863  glycine betaine transporter periplasmic subunit  100 
 
 
332 aa  688    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0895  glycine betaine transporter periplasmic subunit  80.12 
 
 
331 aa  569  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.598937  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3736  glycine betaine transporter periplasmic subunit  75 
 
 
333 aa  540  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.201063 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3322  glycine betaine transporter periplasmic subunit  75.45 
 
 
335 aa  529  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2994  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.89 
 
 
331 aa  527  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.805  hitchhiker  0.00724532 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3478  glycine betaine transporter periplasmic subunit  74.55 
 
 
335 aa  525  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3011  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.29 
 
 
331 aa  524  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00437042 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2959  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.59 
 
 
331 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2928  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.59 
 
 
331 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2801  glycine betaine transporter periplasmic subunit  73.49 
 
 
330 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.56693  normal  0.0222237 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02535  glycine betaine transporter subunit  73.49 
 
 
330 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2815  glycine betaine transporter periplasmic subunit  73.49 
 
 
330 aa  523  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1027  glycine betaine transporter periplasmic subunit  73.49 
 
 
330 aa  523  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.23532 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3117  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.59 
 
 
331 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.293613 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02499  hypothetical protein  73.49 
 
 
330 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3923  glycine betaine transporter periplasmic subunit  73.19 
 
 
330 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.334646 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1004  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  73.19 
 
 
330 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3159  glycine betaine transporter periplasmic subunit  71.39 
 
 
331 aa  518  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.138504  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2960  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.89 
 
 
330 aa  518  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3200  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.89 
 
 
330 aa  518  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1059  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.81 
 
 
334 aa  504  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3534  glycine betaine transporter periplasmic subunit  73.68 
 
 
326 aa  500  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0200308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1113  glycine betaine transporter periplasmic subunit  72.21 
 
 
334 aa  497  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3735  glycine betaine transporter periplasmic subunit  67.77 
 
 
331 aa  482  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.214034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003611  L-proline glycine betaine binding ABC transporter protein proX/osmotic adaptation  68.39 
 
 
312 aa  462  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0614  glycine betaine transporter periplasmic subunit  62.42 
 
 
335 aa  448  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0146965  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1495  glycine betaine transporter periplasmic subunit  66.67 
 
 
347 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0772797  normal  0.339425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2666  glycine betaine transporter periplasmic subunit  63.75 
 
 
348 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00589435  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2477  glycine betaine transporter periplasmic subunit  61.89 
 
 
343 aa  417  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0979  glycine betaine transporter periplasmic subunit  66.23 
 
 
359 aa  418  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.84837  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2519  glycine betaine transporter periplasmic subunit  61.32 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1061  glycine betaine transporter periplasmic subunit  66.31 
 
 
283 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.258222  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2691  glycine betaine transporter periplasmic subunit  50.97 
 
 
342 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208597  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3058  glycine betaine ABC transporter, periplasmic glycine betaine-binding protein  48.62 
 
 
325 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302341  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3998  glycine betaine transporter periplasmic subunit  48.49 
 
 
328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1459  glycine betaine transporter periplasmic subunit  44.98 
 
 
336 aa  317  1e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0408344  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6146  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  45.71 
 
 
328 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485636 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1458  glycine betaine transporter periplasmic subunit  49.32 
 
 
338 aa  310  2.9999999999999997e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.104794  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  42.02 
 
 
662 aa  291  1e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1820  glycine betaine transporter periplasmic subunit  39.83 
 
 
344 aa  255  6e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2299  glycine betaine transporter periplasmic subunit  41.49 
 
 
344 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2312  glycine betaine transporter periplasmic subunit  40.9 
 
 
344 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0202463  hitchhiker  0.00638475 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2074  glycine betaine transporter periplasmic subunit  41.19 
 
 
344 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.699526  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1819  glycine betaine transporter periplasmic subunit  41.32 
 
 
344 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.350486  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2026  glycine betaine transporter periplasmic subunit  40.79 
 
 
334 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.259484  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2531  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.4 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.694403  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4317  glycine betaine transporter periplasmic subunit  35.11 
 
 
342 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134242  normal  0.156439 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4313  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.23 
 
 
342 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172901  normal  0.290364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2295  glycine betaine transporter periplasmic subunit  34.98 
 
 
337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.144012  normal  0.472988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5836  hypothetical protein  25.44 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, periplasmic component  22.3 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0738  glycine betaine/L-proline ABC transporter, periplasmic glycine betaine-binding protein, putative  23.55 
 
 
288 aa  67  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2583  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.26 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67400  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.43 
 
 
340 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0537  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.81 
 
 
312 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2543  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.35 
 
 
342 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.221502  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1285  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.08 
 
 
334 aa  62  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.435568  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0235  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.87 
 
 
286 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00289978  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1086  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.92 
 
 
646 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.809733  normal  0.592465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3887  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.7 
 
 
288 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.326958  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4837  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.73 
 
 
283 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180074  normal  0.0229779 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2780  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.83 
 
 
325 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3319  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.18 
 
 
337 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1901  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.87 
 
 
294 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.135733  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67300  putative binding protein component of ABC transporter  22.17 
 
 
322 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1438  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.79 
 
 
321 aa  53.1  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0879571  normal  0.595095 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2582  twin-arginine translocation pathway signal  21.4 
 
 
297 aa  52.8  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.887396  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6868  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.36 
 
 
293 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5281  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.22 
 
 
283 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.190952 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5271  histidine transporter, periplasmic histidine-binding protein  24.79 
 
 
322 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7255  ABC transporter substrate binding protein (glycine-betaine)  22.89 
 
 
283 aa  50.4  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3406  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.77 
 
 
278 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0362  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.89 
 
 
322 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.376501  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5760  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  20.75 
 
 
293 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5830  ABC transporter periplasmic binding protein  20.87 
 
 
322 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2775  glycine betaine/L-proline ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  21.65 
 
 
374 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.475032  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4829  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.95 
 
 
322 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.93299 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  29.63 
 
 
633 aa  48.1  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2216  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.52 
 
 
338 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228946  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4344  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.4 
 
 
337 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3558  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.52 
 
 
338 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2583  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  19.42 
 
 
301 aa  46.6  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0350261  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1738  ABC transporter substrate-binding protein  30.23 
 
 
340 aa  46.6  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0735907  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0822  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.55 
 
 
287 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2490  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.86 
 
 
278 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4051  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.71 
 
 
301 aa  45.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.205744 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1062  hypothetical protein  24.52 
 
 
298 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1794  ABC-type proline/glycine betaine transport systems periplasmic components-like protein  28.57 
 
 
330 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2363  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.75 
 
 
338 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0503  ABC glycine betaine/L-proline transporter, substrate-binding subunit  23.17 
 
 
290 aa  44.3  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.123581  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4749  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.32 
 
 
283 aa  43.9  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3778  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.61 
 
 
337 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.110017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0802  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.13 
 
 
321 aa  43.5  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0332812  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0473  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.69 
 
 
284 aa  43.1  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5464  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.08 
 
 
312 aa  42.7  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.102731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3733  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.79 
 
 
278 aa  42.4  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.409518 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1608  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  22.7 
 
 
287 aa  42.4  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000264698  unclonable  2.6584800000000003e-23 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>