159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0139 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0139  cytochrome b, putative  100 
 
 		 218 aa  436  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.734232 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  32.68 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  32.68 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0173  cytochrome B561  30.84 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.551563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2058  cytochrome B561  30.84 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2429  [Ni/Fe] hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  29.91 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.943103  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  32.2 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  29.1 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  32.12 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  26.77 
 
 		 182 aa  67.8  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  32.9 
 
 		 203 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  28.64 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  31.47 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  29.47 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  29.65 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  32.98 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  27.18 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  30.53 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  29.65 
 
 		 192 aa  64.7  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  32.82 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2745  cytochrome B561  27.96 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3369  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.48 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00901378  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  27.64 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  29.56 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  32.82 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  29.56 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  29.56 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  29.56 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  30.53 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  24.63 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  31.61 
 
 		 200 aa  62  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  28.87 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  28.36 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  24.63 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  28.85 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  28.21 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3908  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.42 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  24.14 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  24.14 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  27.59 
 
 		 387 aa  59.7  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10120  cytochrome b561 family protein  30.93 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  26.2 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  29.56 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  24.63 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  32.39 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3100  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.07 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  24 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1972  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.19 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.184335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  28.36 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3405  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.3 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.788903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  24.75 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  28.22 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  24.75 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1295  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.83 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00118042  normal  0.526274 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0974  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.15 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000584739  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3987  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.52 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  26.83 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  26.63 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0835  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.48 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4627  cytochrome B561  31.94 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.176901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  27.04 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  24.02 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3146  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.91 
 
 		 258 aa  55.1  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  28.1 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1534  cytochrome B561  28.5 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1448  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  25.23 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0615119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3536  cytochrome B561  32 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50570  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit, HoxZ  33.56 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00896899  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0121  nickel-iron hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.38 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.347229  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  24.38 
 
 		 229 aa  53.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1998  Ni/Fe-hydrogenase, 1 b-type cytochrome subunit  26.73 
 
 		 247 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1860  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.85 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1708  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.06 
 
 		 247 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.33968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1649  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.06 
 
 		 247 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  24.47 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1799  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.06 
 
 		 247 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  25.25 
 
 		 228 aa  52.4  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1634  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.06 
 
 		 247 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1641  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.06 
 
 		 224 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  24.34 
 
 		 230 aa  52  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  28.57 
 
 		 178 aa  52  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2027  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 		 240 aa  51.6  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1920  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.01 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1941  cytochrome b561 family protein  22.08 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00760577  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2406  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.56 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0991035  hitchhiker  0.000275557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0403  cytochrome B561  28.22 
 
 		 252 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0490  cytochrome B561  30.11 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.370053  hitchhiker  0.00220712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1887  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.01 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  27.6 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1913  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.01 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.400664  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.36 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  21.61 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1281  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  24.19 
 
 		 238 aa  50.8  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00387154  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0460  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  24.19 
 
 		 238 aa  50.1  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000119026  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1163  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  25 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1901  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  24.29 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  23.67 
 
 		 231 aa  49.3  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1401  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  23.72 
 
 		 238 aa  48.9  0.00005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2097  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, cytochrome b subunit  25.11 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1591  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.81 
 
 		 229 aa  48.9  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>