132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0173 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0173  cytochrome B561  100 
 
 
248 aa  504  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.551563  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2058  cytochrome B561  94.82 
 
 
251 aa  479  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2429  [Ni/Fe] hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  91.63 
 
 
251 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.943103  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3330  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.05 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0543  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.66 
 
 
218 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0121  nickel-iron hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.72 
 
 
222 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.347229  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2054  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.96 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0874  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.67 
 
 
222 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1708  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  31.58 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.33968  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1649  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  31.58 
 
 
247 aa  72  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1634  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  31.58 
 
 
247 aa  72  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1799  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  31.58 
 
 
247 aa  72  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384885  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2341  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  72  0.000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.334235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00977  hydrogenase 1, b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112521  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2670  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0583865  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00984  hypothetical protein  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.143558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1210  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1082  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1089  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0131135  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2622  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  hitchhiker  0.00890552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50570  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit, HoxZ  29.49 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00896899  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1972  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.94 
 
 
246 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.184335  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0336  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.65 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00129504  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1641  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  31.58 
 
 
224 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3146  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.92 
 
 
258 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0114554  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2143  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  28.97 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.187945  normal  0.482264 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2321  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.39 
 
 
258 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0139  cytochrome b, putative  30.84 
 
 
218 aa  67.4  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.734232 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2317  cytochrome B561  26.75 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0816161  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2387  cytochrome B561  26.75 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.549561  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2027  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.85 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1998  Ni/Fe-hydrogenase, 1 b-type cytochrome subunit  26.03 
 
 
247 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130131  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3987  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.17 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2726  cytochrome b, putative  25.65 
 
 
248 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.98 
 
 
250 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1831  cytochrome B561  26.96 
 
 
248 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.436226 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7263  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.78 
 
 
236 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73881  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2510  cytochrome B561  25.88 
 
 
248 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1295  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  25.91 
 
 
243 aa  62.4  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00118042  normal  0.526274 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1860  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.36 
 
 
227 aa  62.4  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  26.72 
 
 
226 aa  62.4  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  30 
 
 
219 aa  62  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1941  cytochrome b561 family protein  23.93 
 
 
239 aa  61.6  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00760577  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2491  cytochrome B561  27.39 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114996  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1795  cytochrome B561  27.39 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1787  cytochrome B561  27.39 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1163  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  28.41 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  24.09 
 
 
244 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  27.27 
 
 
229 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3908  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.96 
 
 
253 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  26.84 
 
 
247 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2824  HupC protein  30.09 
 
 
244 aa  60.1  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.603712  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3369  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.76 
 
 
240 aa  60.1  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00901378  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1930  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  27.35 
 
 
243 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1530  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  27.35 
 
 
243 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.927879  normal  0.28016 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1926  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  27.35 
 
 
243 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.953972  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  28.04 
 
 
175 aa  59.3  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1346  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  27.23 
 
 
243 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1986  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  27.23 
 
 
243 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  28.04 
 
 
195 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.18 
 
 
242 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1152  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.59 
 
 
254 aa  56.2  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.955059  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  25.53 
 
 
182 aa  56.2  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2692  cytochrome B561  25.51 
 
 
261 aa  56.2  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000585757  normal  0.182683 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  28.5 
 
 
199 aa  55.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  28.5 
 
 
199 aa  55.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  28.57 
 
 
184 aa  55.8  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2388  cytochrome b561  25.83 
 
 
255 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.18 
 
 
242 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1367  cytochrome B561  24.52 
 
 
390 aa  54.7  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  25.37 
 
 
231 aa  53.9  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  28.95 
 
 
187 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2729  cytochrome B561  30.66 
 
 
246 aa  53.9  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3100  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.37 
 
 
248 aa  53.5  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  29.08 
 
 
202 aa  52.4  0.000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  29.32 
 
 
218 aa  52.4  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  29.17 
 
 
241 aa  52.4  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  29.63 
 
 
204 aa  52  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2130  cytochrome B561  22.71 
 
 
390 aa  52  0.000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.578698  normal  0.698297 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2916  cytochrome B561  24.52 
 
 
390 aa  51.2  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.494489 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  29.85 
 
 
200 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  25.75 
 
 
214 aa  52  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  27.36 
 
 
228 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0052  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.71 
 
 
231 aa  51.6  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.036623  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  27.18 
 
 
193 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  30 
 
 
198 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0835  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.48 
 
 
234 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  26.7 
 
 
181 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  27.14 
 
 
192 aa  49.3  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3373  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  23.5 
 
 
263 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.262475  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  28.28 
 
 
202 aa  48.5  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0863  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  23.08 
 
 
221 aa  48.5  0.00009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.627078  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  27 
 
 
181 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  25.57 
 
 
181 aa  48.5  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2149  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.42 
 
 
261 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0320701  normal  0.217874 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  28.64 
 
 
229 aa  48.5  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  25.49 
 
 
222 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  24.87 
 
 
241 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  24.53 
 
 
228 aa  47.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1301  Diheme cytochrome c  26.62 
 
 
387 aa  47.4  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>