136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1074 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  100 
 
 		 231 aa  462  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  57.64 
 
 		 230 aa  275  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  61.95 
 
 		 230 aa  274  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  60.7 
 
 		 230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  61.5 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  59.73 
 
 		 222 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  61.5 
 
 		 230 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  63.47 
 
 		 222 aa  271  6e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1133  cytochrome B561  58.77 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000490304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1134  cytochrome B561  58.77 
 
 		 229 aa  269  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  56.33 
 
 		 230 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1204  cytochrome B561  57.89 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000144641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  56.42 
 
 		 221 aa  254  9e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3421  b-type cytochrome, putative  58.08 
 
 		 230 aa  250  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  57.01 
 
 		 222 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2745  cytochrome B561  55.71 
 
 		 231 aa  228  6e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  41.15 
 
 		 213 aa  169  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  44.92 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  38.1 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  41.01 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  41.99 
 
 		 236 aa  151  8.999999999999999e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  38.39 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  36.02 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  40.5 
 
 		 241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  38.71 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  38.8 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  42.31 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  35.81 
 
 		 265 aa  132  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  39.25 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  40.21 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  40.43 
 
 		 249 aa  124  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  39.07 
 
 		 227 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3536  cytochrome B561  38.32 
 
 		 219 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  45.34 
 
 		 221 aa  121  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0285  cytochrome B561  39.23 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0260456  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  37.3 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0290  cytochrome B561  38.67 
 
 		 222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000341868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  36.87 
 
 		 199 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  36.87 
 
 		 199 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0403  cytochrome B561  39.8 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  32.99 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2558  cytochrome B561  38.59 
 
 		 224 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.952608  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  38.04 
 
 		 200 aa  114  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0590  cytochrome B561  40.11 
 
 		 266 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1276  cytochrome B561  40 
 
 		 225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  36.87 
 
 		 198 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  38.62 
 
 		 219 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  40.53 
 
 		 192 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49100  Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  38.86 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627972  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  35 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  34.76 
 
 		 198 aa  99  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  37.23 
 
 		 198 aa  99  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  31.89 
 
 		 212 aa  98.6  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  36.9 
 
 		 198 aa  98.6  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  36.9 
 
 		 198 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  35 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  35.75 
 
 		 245 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  37.5 
 
 		 195 aa  96.7  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  33.52 
 
 		 195 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  36.51 
 
 		 195 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  36.51 
 
 		 195 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  36.51 
 
 		 195 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  36.51 
 
 		 195 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  32.43 
 
 		 387 aa  94.4  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  32.2 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  37.04 
 
 		 193 aa  91.3  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  37.69 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  32.6 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  32.82 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  30.54 
 
 		 202 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  32.47 
 
 		 190 aa  88.6  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  34.81 
 
 		 363 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  32.69 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  32.52 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  34.81 
 
 		 363 aa  86.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2510  cytochrome B561  29.2 
 
 		 248 aa  85.5  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  32.09 
 
 		 349 aa  85.1  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  34.72 
 
 		 214 aa  85.1  8e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  33.5 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06855  cytochrome b  35.64 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  32.12 
 
 		 184 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  34.07 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  30.53 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  33.07 
 
 		 236 aa  81.6  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2807  putative cytochrome b  37.23 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1491  cytochrome B561  38.25 
 
 		 182 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.268011 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  29.35 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  32.09 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2317  cytochrome B561  29.66 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0816161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2387  cytochrome B561  29.66 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.549561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2726  cytochrome b, putative  28.94 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  30.73 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  32.09 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  33.15 
 
 		 177 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1811  cytochrome B561  31.32 
 
 		 184 aa  77.4  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  31.41 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  27.64 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1831  cytochrome B561  32.14 
 
 		 248 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.436226 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2491  cytochrome B561  32.74 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1787  cytochrome B561  32.74 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>