137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6037 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  100 
 
 		 181 aa  359  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  54.12 
 
 		 195 aa  186  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  50.6 
 
 		 187 aa  177  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  48.24 
 
 		 182 aa  176  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  50.28 
 
 		 190 aa  176  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  49.72 
 
 		 190 aa  175  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  49.47 
 
 		 210 aa  160  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  47.19 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1811  cytochrome B561  46.59 
 
 		 184 aa  154  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1491  cytochrome B561  51.81 
 
 		 182 aa  147  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.268011 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2807  putative cytochrome b  51.81 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  46.24 
 
 		 243 aa  144  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  44.13 
 
 		 207 aa  140  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  44.94 
 
 		 237 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  42.01 
 
 		 177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  43.41 
 
 		 192 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  40.86 
 
 		 198 aa  132  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  42.68 
 
 		 179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  40.86 
 
 		 198 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  40.76 
 
 		 198 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  38.71 
 
 		 198 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5695  putative cytochrome b561 family protein  44.64 
 
 		 193 aa  127  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101845  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  42.25 
 
 		 195 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  43.35 
 
 		 242 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  41.71 
 
 		 195 aa  124  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  41.71 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  41.71 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  41.71 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  38.64 
 
 		 212 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  39.13 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  39.29 
 
 		 184 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  39.13 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  39.36 
 
 		 203 aa  122  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  43.43 
 
 		 178 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  39.66 
 
 		 239 aa  121  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2354  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  39.64 
 
 		 175 aa  121  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  38.92 
 
 		 202 aa  121  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  43.58 
 
 		 236 aa  121  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1304  putative cytochrome b561 family protein  38.29 
 
 		 255 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  37.43 
 
 		 202 aa  117  7e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2814  cytochrome B561  38.82 
 
 		 201 aa  117  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  35.91 
 
 		 387 aa  115  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  41.38 
 
 		 245 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  37.1 
 
 		 229 aa  112  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  34.12 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  34.29 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1933  cytochrome B561  43.27 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  35.33 
 
 		 228 aa  108  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  35.07 
 
 		 222 aa  108  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  37.7 
 
 		 198 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  40.91 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  33.14 
 
 		 181 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  41.95 
 
 		 245 aa  106  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  41.07 
 
 		 349 aa  105  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  32.35 
 
 		 175 aa  104  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4627  cytochrome B561  36.31 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.176901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  33.8 
 
 		 214 aa  101  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0316  cytochrome B561  38.38 
 
 		 191 aa  99  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  33.7 
 
 		 231 aa  99.4  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  37.7 
 
 		 236 aa  97.8  8e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  31.35 
 
 		 226 aa  97.1  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  39.25 
 
 		 221 aa  96.7  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  34.03 
 
 		 241 aa  96.7  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10120  cytochrome b561 family protein  35.26 
 
 		 175 aa  94.7  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220125  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  35.29 
 
 		 219 aa  94  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  39.06 
 
 		 363 aa  94  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  32.4 
 
 		 265 aa  93.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  38.54 
 
 		 363 aa  92.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  30.57 
 
 		 222 aa  92.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  32.97 
 
 		 230 aa  92.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  32.78 
 
 		 230 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  35.14 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0655  hypothetical protein  32.75 
 
 		 178 aa  90.5  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1133  cytochrome B561  38.33 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000490304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1204  cytochrome B561  38.33 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000144641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1134  cytochrome B561  38.33 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  32.78 
 
 		 230 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  37.57 
 
 		 241 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  32.78 
 
 		 230 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  32.78 
 
 		 230 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  30.6 
 
 		 230 aa  89.4  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  29.57 
 
 		 222 aa  88.6  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  28.32 
 
 		 247 aa  88.2  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  37.5 
 
 		 231 aa  87  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  31.89 
 
 		 221 aa  86.3  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3421  b-type cytochrome, putative  37.5 
 
 		 230 aa  85.9  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2388  cytochrome b561  29.65 
 
 		 255 aa  85.1  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  35.98 
 
 		 227 aa  84.7  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  33.15 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  29.57 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  34.43 
 
 		 226 aa  81.3  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  33.51 
 
 		 219 aa  80.9  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  35.16 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2317  cytochrome B561  27.19 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0816161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2387  cytochrome B561  27.19 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.549561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2510  cytochrome B561  26.32 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2692  cytochrome B561  28.83 
 
 		 261 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000585757  normal  0.182683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  30.6 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49100  Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.84 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03472  Cytochrome b561 family protein  27.07 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>