128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3286 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  100 
 
 		 210 aa  417  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  44.81 
 
 		 182 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  49.21 
 
 		 181 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  43.72 
 
 		 187 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  41.24 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  41.24 
 
 		 198 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  40.93 
 
 		 198 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  41.15 
 
 		 198 aa  158  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  43.78 
 
 		 195 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  44.56 
 
 		 192 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  43.81 
 
 		 195 aa  148  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  40.57 
 
 		 218 aa  148  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  44.98 
 
 		 190 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  46.84 
 
 		 190 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  42.27 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  42.27 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  42.27 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  42.27 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  47.62 
 
 		 203 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  38.28 
 
 		 214 aa  144  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1491  cytochrome B561  49.19 
 
 		 182 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.268011 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2807  putative cytochrome b  49.73 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  45.41 
 
 		 222 aa  141  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  43.01 
 
 		 243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1811  cytochrome B561  43.68 
 
 		 184 aa  136  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  41.75 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  40.53 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  38.38 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  41.75 
 
 		 242 aa  129  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  39.57 
 
 		 387 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  42.63 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  40.2 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  40.59 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  36.02 
 
 		 202 aa  115  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  39.46 
 
 		 245 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  36.11 
 
 		 175 aa  114  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  41.09 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2354  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  40.98 
 
 		 175 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  38.54 
 
 		 199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  38.54 
 
 		 199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  35.29 
 
 		 202 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  36.65 
 
 		 184 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  36.41 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  39.38 
 
 		 349 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  34.22 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5695  putative cytochrome b561 family protein  40.64 
 
 		 193 aa  108  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101845  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0316  cytochrome B561  37.84 
 
 		 191 aa  107  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  35 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2814  cytochrome B561  36.17 
 
 		 201 aa  105  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  34.9 
 
 		 219 aa  104  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  32.45 
 
 		 226 aa  101  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  40.21 
 
 		 221 aa  101  9e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  29.35 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  36.61 
 
 		 177 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  30.98 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1304  putative cytochrome b561 family protein  34.76 
 
 		 255 aa  97.8  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  30.16 
 
 		 181 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  39.36 
 
 		 363 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  39.36 
 
 		 363 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  31.05 
 
 		 226 aa  97.4  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  38.02 
 
 		 193 aa  95.1  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  37.17 
 
 		 198 aa  94.7  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  36.9 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  35.71 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  29.74 
 
 		 231 aa  92.4  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10120  cytochrome b561 family protein  34.95 
 
 		 175 aa  92  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220125  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  35.5 
 
 		 200 aa  92.4  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  30.73 
 
 		 222 aa  92.4  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  32.07 
 
 		 265 aa  90.5  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1933  cytochrome B561  35.94 
 
 		 185 aa  91.3  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  32.97 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4627  cytochrome B561  33.7 
 
 		 172 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.176901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  32.46 
 
 		 221 aa  88.6  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0655  hypothetical protein  35.33 
 
 		 178 aa  88.6  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  37.1 
 
 		 241 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  31.55 
 
 		 230 aa  88.2  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  32.8 
 
 		 230 aa  87.8  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  33.33 
 
 		 230 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  33.33 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  33.33 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  30.27 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  35.75 
 
 		 226 aa  85.1  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  36.7 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  32.82 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03472  Cytochrome b561 family protein  27.94 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3421  b-type cytochrome, putative  39.29 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  31.37 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2692  cytochrome B561  27.8 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000585757  normal  0.182683 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  29.03 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  32.98 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  37.01 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1133  cytochrome B561  37.5 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000490304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1134  cytochrome B561  37.5 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  25.42 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  32.43 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1204  cytochrome B561  36.61 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000144641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  30.11 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  27.37 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  33.93 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2558  cytochrome B561  32.98 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.952608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>