141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4627 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4627  cytochrome B561  100 
 
 		 172 aa  344  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.176901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  66.67 
 
 		 181 aa  236  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  66.07 
 
 		 181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10120  cytochrome b561 family protein  63.31 
 
 		 175 aa  194  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220125  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  46.75 
 
 		 177 aa  144  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  44.38 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2354  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  44.97 
 
 		 175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  42.2 
 
 		 202 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  38.79 
 
 		 175 aa  134  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  42.26 
 
 		 202 aa  133  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  39.52 
 
 		 179 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  43.53 
 
 		 178 aa  125  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  38.69 
 
 		 195 aa  120  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  37.87 
 
 		 187 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2807  putative cytochrome b  45.51 
 
 		 212 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1491  cytochrome B561  45.29 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.268011 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  44.97 
 
 		 207 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  42.86 
 
 		 204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  41.76 
 
 		 243 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  35.09 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  31.15 
 
 		 198 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  31.32 
 
 		 198 aa  102  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  30.94 
 
 		 198 aa  101  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  31.32 
 
 		 198 aa  100  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0655  hypothetical protein  35.12 
 
 		 178 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  38.73 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  36.31 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1933  cytochrome B561  42.94 
 
 		 185 aa  99.8  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  32.97 
 
 		 195 aa  99.4  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  32.37 
 
 		 218 aa  99  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  31.87 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  31.87 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  31.87 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  31.87 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  40.12 
 
 		 190 aa  95.1  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  36.96 
 
 		 203 aa  95.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  31.87 
 
 		 192 aa  94  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  40.12 
 
 		 190 aa  93.6  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  33.33 
 
 		 237 aa  93.2  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  33.7 
 
 		 210 aa  93.2  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  34.27 
 
 		 387 aa  90.9  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  37.87 
 
 		 245 aa  89.4  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  33.92 
 
 		 212 aa  88.2  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  34.73 
 
 		 239 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  31.54 
 
 		 241 aa  86.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  30.77 
 
 		 226 aa  85.5  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03472  Cytochrome b561 family protein  28.49 
 
 		 189 aa  84.7  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  38.01 
 
 		 236 aa  84.3  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  35.68 
 
 		 193 aa  84.3  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  38.24 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  30.98 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  39.05 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  30.98 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2814  cytochrome B561  35.09 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  37.5 
 
 		 363 aa  82  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  37.5 
 
 		 363 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  28.96 
 
 		 228 aa  80.9  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  39.05 
 
 		 349 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  25.71 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  31.22 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  32.6 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1534  cytochrome B561  31.61 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1811  cytochrome B561  33.93 
 
 		 184 aa  77.4  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  27.67 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  30.43 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  26.23 
 
 		 229 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  28.42 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  25.82 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  34.05 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1304  putative cytochrome b561 family protein  29.76 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  25.97 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  31.35 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  33.15 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  30.11 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  26.37 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  29.75 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  31.11 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  30.51 
 
 		 231 aa  64.7  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  28.57 
 
 		 221 aa  64.3  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  26.74 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  26.63 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0285  cytochrome B561  37.1 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0260456  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  29.12 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0290  cytochrome B561  37.1 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000341868 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0316  cytochrome B561  28.57 
 
 		 191 aa  62  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3449  hypothetical protein  43.04 
 
 		 165 aa  61.6  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.46023  normal  0.279957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2558  cytochrome B561  29.05 
 
 		 224 aa  61.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.952608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1276  cytochrome B561  36.51 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5695  putative cytochrome b561 family protein  28.14 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101845  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  31.49 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  27.22 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0590  cytochrome B561  31.46 
 
 		 266 aa  58.5  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  26.67 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  26.67 
 
 		 230 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  26.67 
 
 		 230 aa  57.4  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  31.45 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49100  Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  30.05 
 
 		 232 aa  57  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  29.66 
 
 		 231 aa  57  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  30.65 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  23.73 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>