More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1122 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1122  glutamate racemase  100 
 
 		 269 aa  551  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.742297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1760  glutamate racemase  78.81 
 
 		 273 aa  438  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2947  glutamate racemase  76.67 
 
 		 270 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22865  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0897  glutamate racemase  77.04 
 
 		 270 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0195405 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1593  glutamate racemase  76.67 
 
 		 270 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0287859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2338  glutamate racemase  77.61 
 
 		 270 aa  426  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3973  glutamate racemase  74.07 
 
 		 270 aa  409  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0705  glutamate racemase  39.13 
 
 		 274 aa  198  7.999999999999999e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000505847 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4875  glutamate racemase  38.87 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4218  glutamate racemase  37.05 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.574186  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2377  glutamate racemase  38.75 
 
 		 280 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.65613 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0989  glutamate racemase  38.06 
 
 		 279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.84456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6531  glutamate racemase  37.82 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.17724  normal  0.161273 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1386  glutamate racemase  34.19 
 
 		 272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1600  glutamate racemase  31.14 
 
 		 264 aa  125  9e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129686  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3460  glutamate racemase  30.37 
 
 		 269 aa  123  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0361413 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2202  glutamate racemase  30.32 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1214  glutamate racemase  28.46 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  34.32 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  29.29 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  31.97 
 
 		 258 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1554  glutamate racemase  32.49 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00221253  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1403  glutamate racemase  30.14 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.011176  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  35.84 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  30 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  33.45 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  30 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  32.32 
 
 		 270 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0638  glutamate racemase  30.56 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  30 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2013  glutamate racemase  32.07 
 
 		 247 aa  116  5e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2743  glutamate racemase  30.69 
 
 		 285 aa  115  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.677331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0260  glutamate racemase  33.33 
 
 		 278 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00172375 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0429  glutamate racemase  29.81 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.13208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1296  glutamate racemase  31.06 
 
 		 259 aa  115  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1937  glutamate racemase  28.57 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512985  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4379  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4236  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  29.8 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1276  glutamate racemase  33.33 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  29.63 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000252581  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1602  glutamate racemase  32 
 
 		 281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151201  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  32.69 
 
 		 272 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  30.93 
 
 		 260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1797  glutamate racemase  31.98 
 
 		 269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.850127  normal  0.2795 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  31.02 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0538  glutamate racemase  29.41 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000109629  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1508  glutamate racemase  31.29 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  32.54 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  31.22 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0302  glutamate racemase  27.21 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0079  glutamate racemase  32.6 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  33.33 
 
 		 254 aa  113  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29140  glutamate racemase  35.44 
 
 		 265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.818975 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  34.47 
 
 		 280 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2810  glutamate racemase  29.6 
 
 		 308 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2509  glutamate racemase  30.74 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.194908 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  32.58 
 
 		 285 aa  112  4.0000000000000004e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0885  glutamate racemase  31.85 
 
 		 268 aa  112  5e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  29.56 
 
 		 282 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0088  glutamate racemase  31.17 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3010  glutamate racemase  30.87 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.067434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3052  glutamate racemase  30.87 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.580902 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1323  glutamate racemase  31.72 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.123332  hitchhiker  0.00249811 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0275  glutamate racemase  31.66 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147503  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3204  glutamate racemase  29.26 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.685477  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1824  glutamate racemase  31.65 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  28.81 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2624  glutamate racemase  30.57 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1643  glutamate racemase  31.65 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  29.48 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  30.66 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1797  glutamate racemase  28.84 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0699  glutamate racemase  32.34 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  31.27 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  34.19 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1321  glutamate racemase  32.58 
 
 		 262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0698  glutamate racemase  32.34 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06821  putative aspartate and glutamate racemases:glutamate racemase  26.87 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.876328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0848  glutamate racemase  30.74 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  31.65 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  28.81 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  30.17 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  27.63 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  35.48 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  30.3 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1865  glutamate racemase  30.86 
 
 		 283 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0131897  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0860  glutamate racemase  31.84 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000213664  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  28.89 
 
 		 267 aa  109  5e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  30.67 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25070  glutamate racemase  30.71 
 
 		 268 aa  108  8.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  29.78 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06431  putative aspartate and glutamate racemases:glutamate racemase  26.32 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0527  glutamate racemase  26.87 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2229  hypothetical protein  26.67 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0664  glutamate racemase  31.09 
 
 		 259 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>