222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_37860 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_37860  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 		 141 aa  273  5e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.259651 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0828  class I peptide chain release factor  62.6 
 
 		 143 aa  154  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.084227  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0598  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.93 
 
 		 147 aa  149  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104756  normal  0.0423062 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6400  Class I peptide chain release factor  56.43 
 
 		 140 aa  147  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3224  hypothetical protein  64 
 
 		 139 aa  146  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6855  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.91 
 
 		 137 aa  138  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000218203  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0582  Class I peptide chain release factor  61.76 
 
 		 143 aa  137  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1139  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  69.83 
 
 		 135 aa  134  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.668699  hitchhiker  0.0000255513 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1249  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68.14 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.459871 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22660  protein chain release factor B  58.46 
 
 		 146 aa  122  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29401  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 		 143 aa  121  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2589  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.15 
 
 		 143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.139809 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2137  Class I peptide chain release factor  58.52 
 
 		 145 aa  117  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.157094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0357  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.86 
 
 		 142 aa  116  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.197907  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1977  hypothetical protein  52.63 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3059  Class I peptide chain release factor  62.79 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0504323  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0672  Class I peptide chain release factor  56.15 
 
 		 164 aa  115  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15800  hypothetical protein  53.96 
 
 		 151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.25035  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_13231  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.36 
 
 		 140 aa  114  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.107731 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.56 
 
 		 142 aa  114  6e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0102787  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0960  Class I peptide chain release factor  51.2 
 
 		 145 aa  113  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3102  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.95 
 
 		 144 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2426  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.12 
 
 		 138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28300  protein chain release factor B  57.55 
 
 		 146 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2471  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.12 
 
 		 138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.496568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  50.37 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  48.51 
 
 		 140 aa  110  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 		 143 aa  108  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1368  Class I peptide chain release factor  45.26 
 
 		 151 aa  108  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.422423  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02765  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.26 
 
 		 143 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.489905  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0556  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.61 
 
 		 140 aa  107  6e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.908284  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  50 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  47.76 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03851  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  39.1 
 
 		 145 aa  105  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.472509  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2737  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.83 
 
 		 169 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14580  protein chain release factor B  56.06 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.024949  normal  0.100234 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  48.51 
 
 		 143 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1387  class I peptide chain release factor  60.16 
 
 		 150 aa  102  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.443355  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2228  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.51 
 
 		 146 aa  101  4e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03851  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  37.4 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.78098  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03841  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.28 
 
 		 142 aa  100  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.300299  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1373  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.04 
 
 		 140 aa  99  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.62 
 
 		 140 aa  97.1  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  52.59 
 
 		 140 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  52.59 
 
 		 140 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1147  Class I peptide chain release factor  46.88 
 
 		 142 aa  97.1  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14431  aminoacyl-tRNA hydrolase  43.18 
 
 		 142 aa  96.7  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.06 
 
 		 137 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  52.48 
 
 		 141 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  95.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.61 
 
 		 137 aa  94.7  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.31 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  46.4 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.56 
 
 		 143 aa  94.4  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.96 
 
 		 135 aa  94  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.51 
 
 		 137 aa  94  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.53 
 
 		 134 aa  93.6  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.51 
 
 		 137 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.33 
 
 		 141 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.74 
 
 		 137 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  47.01 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0149  Class I peptide chain release factor  45.77 
 
 		 146 aa  91.3  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.85 
 
 		 137 aa  90.9  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0203  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.19 
 
 		 140 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  47.69 
 
 		 141 aa  90.5  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.74 
 
 		 137 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  47.69 
 
 		 141 aa  90.5  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  41.61 
 
 		 136 aa  90.1  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3342  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.85 
 
 		 140 aa  90.1  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00190  hypothetical protein  44.19 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.40568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3411  Class I peptide chain release factor  44.19 
 
 		 140 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0194  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.94 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0185  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.94 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0026  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.75 
 
 		 139 aa  89.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0196  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.94 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2666  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.04 
 
 		 139 aa  89.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3592  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  36.57 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00189  hypothetical protein  44.19 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3468  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.19 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.437856 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  42.03 
 
 		 137 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0202  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.94 
 
 		 136 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  44.26 
 
 		 138 aa  88.6  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  52.59 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  43.48 
 
 		 140 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2298  class I peptide chain release factor  44.88 
 
 		 146 aa  89  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  37.31 
 
 		 137 aa  88.2  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.96 
 
 		 137 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.53 
 
 		 137 aa  87.8  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  45.04 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.8 
 
 		 141 aa  87.8  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.73 
 
 		 139 aa  87.8  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0512  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  38.06 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3519  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  38.06 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.8 
 
 		 141 aa  87.8  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0919  class I peptide chain release factor  45.24 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>