230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2737 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2737  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 
169 aa  335  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3102  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  96.15 
 
 
144 aa  245  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02765  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  73.85 
 
 
143 aa  191  6e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.489905  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  75.2 
 
 
143 aa  187  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2541  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  59.35 
 
 
140 aa  134  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  63.11 
 
 
140 aa  134  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  63.11 
 
 
140 aa  134  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  52.76 
 
 
140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  53.38 
 
 
141 aa  132  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  53.6 
 
 
141 aa  131  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  52.63 
 
 
137 aa  130  7.999999999999999e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  62.4 
 
 
141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  61.48 
 
 
141 aa  128  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.56 
 
 
137 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  53.38 
 
 
140 aa  127  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  51.22 
 
 
137 aa  127  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.76 
 
 
137 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.8 
 
 
137 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.76 
 
 
137 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.76 
 
 
137 aa  125  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  52.46 
 
 
138 aa  124  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  58.54 
 
 
141 aa  124  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0535  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.4 
 
 
140 aa  123  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000252738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2072  class I peptide chain release factor  53.78 
 
 
138 aa  123  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0774225  normal  0.971682 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3284  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.4 
 
 
138 aa  123  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.97 
 
 
137 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.4 
 
 
141 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  51.2 
 
 
140 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52 
 
 
137 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.4 
 
 
141 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.1 
 
 
141 aa  120  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0512  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.6 
 
 
137 aa  120  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3519  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.6 
 
 
137 aa  120  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0512  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.6 
 
 
137 aa  120  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3362  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.4 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03821  hypothetical protein  48.39 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.2 
 
 
137 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.2 
 
 
140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  51.64 
 
 
137 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  51.18 
 
 
138 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0128  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.46 
 
 
139 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.79 
 
 
137 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3557  hypothetical protein  60 
 
 
136 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
137 aa  117  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0245  class I peptide chain release factor  48.87 
 
 
140 aa  117  7e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.84131  normal  0.608303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.3 
 
 
133 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.8 
 
 
139 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  47.06 
 
 
137 aa  117  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.85 
 
 
137 aa  116  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0513  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.8 
 
 
137 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.2 
 
 
137 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3853  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.8 
 
 
143 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1147  Class I peptide chain release factor  49.61 
 
 
142 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3797  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.8 
 
 
143 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0177584  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  60.19 
 
 
134 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.8 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0471  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.8 
 
 
143 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00322425  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  48.53 
 
 
136 aa  116  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.4 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0536  class I peptide chain release factor  49.61 
 
 
133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  48.53 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2836  class I peptide chain release factor  48.76 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1617  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.03 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.599417 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.77 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3347  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.8 
 
 
143 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  47.62 
 
 
137 aa  115  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.2 
 
 
137 aa  115  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1377  class I peptide chain release factor  48 
 
 
138 aa  115  3e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189898 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2666  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.6 
 
 
139 aa  115  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0026  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.92 
 
 
139 aa  115  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2216  Class I peptide chain release factor  47.01 
 
 
136 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3979  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48 
 
 
143 aa  114  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.2 
 
 
139 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.72 
 
 
137 aa  114  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.2 
 
 
137 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 
135 aa  114  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0736  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.81 
 
 
134 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.564723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.81 
 
 
134 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal  0.465318 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1217  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.81 
 
 
134 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29015  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.81 
 
 
134 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.910918  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4325  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.81 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0375174  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
135 aa  113  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3412  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.36 
 
 
146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.44659  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2352  class I peptide chain release factor  48.39 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1036  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.36 
 
 
146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.501059  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1089  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.36 
 
 
146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.900586  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.94 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0838  class I peptide chain release factor  48.78 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.329463 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0867  class I peptide chain release factor  47.15 
 
 
137 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.485704  normal  0.838908 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.1 
 
 
134 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  53.12 
 
 
139 aa  112  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0730  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.12 
 
 
140 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.460757  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.6 
 
 
143 aa  111  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  51.59 
 
 
141 aa  111  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>