283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3167 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 
139 aa  271  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2547  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  89.21 
 
 
139 aa  246  7e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1390  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  79.29 
 
 
140 aa  227  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  73.38 
 
 
139 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  71.22 
 
 
139 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1709  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  75.54 
 
 
139 aa  196  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68.35 
 
 
139 aa  193  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  70.49 
 
 
141 aa  161  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  66.91 
 
 
140 aa  158  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  66.18 
 
 
140 aa  156  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  59.4 
 
 
140 aa  151  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  61.19 
 
 
141 aa  138  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  53.38 
 
 
141 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  58.09 
 
 
143 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  53.33 
 
 
141 aa  137  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.57 
 
 
140 aa  135  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  55.64 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.86 
 
 
141 aa  133  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  62.2 
 
 
141 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.36 
 
 
137 aa  131  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2541  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.57 
 
 
140 aa  131  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0830  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.83 
 
 
157 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.367677  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  130  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 
137 aa  130  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.43 
 
 
141 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.43 
 
 
141 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  51.49 
 
 
140 aa  130  9e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.16 
 
 
135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2742  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 
134 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.17 
 
 
135 aa  128  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.75 
 
 
143 aa  128  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 
137 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 
137 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1242  class I peptide chain release factor  51.09 
 
 
139 aa  127  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357715 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1386  class I peptide chain release factor  54.84 
 
 
141 aa  126  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402498  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.97 
 
 
137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_004310  BR2088  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.68 
 
 
178 aa  124  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.273821  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2666  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.75 
 
 
139 aa  124  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 
137 aa  124  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  51.85 
 
 
140 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.89 
 
 
134 aa  123  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.72 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.72 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.72 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.72 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  54.03 
 
 
141 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.72 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  54.03 
 
 
141 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2829  Class I peptide chain release factor  48.12 
 
 
137 aa  122  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.72 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.38 
 
 
133 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2008  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.96 
 
 
178 aa  122  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0938485  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  49.23 
 
 
134 aa  121  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.37 
 
 
137 aa  121  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  49.62 
 
 
137 aa  121  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3468  class I peptide chain release factor  48.87 
 
 
138 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.89 
 
 
134 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 
134 aa  120  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4325  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0375174  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal  0.465318 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0736  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.564723  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0245  class I peptide chain release factor  50.41 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.84131  normal  0.608303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.910918  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1217  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29015  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3557  hypothetical protein  57.76 
 
 
136 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  45.26 
 
 
137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  49.24 
 
 
137 aa  118  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  45.65 
 
 
138 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2835  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
134 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2864  Class I peptide chain release factor  52.63 
 
 
137 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.10878  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3342  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.48 
 
 
140 aa  116  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.26 
 
 
137 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
143 aa  115  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2352  class I peptide chain release factor  47.66 
 
 
138 aa  116  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0281  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.26 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0278  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292576  normal  0.437885 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0267  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.430585  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3713  Class I peptide chain release factor  52.42 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116579 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2298  class I peptide chain release factor  47.58 
 
 
146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.232254  normal  0.925704 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  45.11 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3411  Class I peptide chain release factor  45.86 
 
 
140 aa  115  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1617  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.39 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.599417 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0026  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.48 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2836  class I peptide chain release factor  43.07 
 
 
137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2072  class I peptide chain release factor  52.5 
 
 
138 aa  114  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0774225  normal  0.971682 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  48.09 
 
 
136 aa  114  5e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0203  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  114  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0730  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.11 
 
 
140 aa  114  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.460757  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  51.13 
 
 
139 aa  113  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1373  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.03 
 
 
140 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0194  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.11 
 
 
140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>