254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3229 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 		 137 aa  276  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  94.89 
 
 		 137 aa  264  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  94.16 
 
 		 137 aa  263  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  91.97 
 
 		 137 aa  255  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  88.32 
 
 		 137 aa  251  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  82.48 
 
 		 137 aa  236  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  81.75 
 
 		 137 aa  235  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  82.48 
 
 		 137 aa  223  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  79.56 
 
 		 137 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.83 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  75.18 
 
 		 137 aa  207  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  71.11 
 
 		 137 aa  198  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  66.42 
 
 		 138 aa  182  9e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  64.23 
 
 		 138 aa  180  7e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.23 
 
 		 137 aa  178  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0890  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.18 
 
 		 138 aa  176  7e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.245575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.93 
 
 		 137 aa  173  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3412  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.19 
 
 		 146 aa  172  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.44659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  68.46 
 
 		 141 aa  172  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1089  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.19 
 
 		 146 aa  172  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.900586  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1036  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.19 
 
 		 146 aa  172  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.501059  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  68.46 
 
 		 141 aa  172  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  62.77 
 
 		 137 aa  171  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  62.88 
 
 		 137 aa  170  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  62.22 
 
 		 137 aa  169  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0838  class I peptide chain release factor  59.12 
 
 		 137 aa  168  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.329463 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3411  Class I peptide chain release factor  60.74 
 
 		 140 aa  167  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0203  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.74 
 
 		 140 aa  167  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0196  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.74 
 
 		 140 aa  166  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0185  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.74 
 
 		 140 aa  166  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0194  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.74 
 
 		 140 aa  166  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  58.39 
 
 		 137 aa  166  9e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00190  hypothetical protein  60.74 
 
 		 140 aa  166  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.40568  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00189  hypothetical protein  60.74 
 
 		 140 aa  166  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2742  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  69.11 
 
 		 134 aa  166  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1617  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  66.14 
 
 		 134 aa  166  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.599417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  61.31 
 
 		 137 aa  165  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 135 aa  165  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  63.5 
 
 		 137 aa  165  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  67.65 
 
 		 139 aa  165  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0173  class I peptide chain release factor  61.31 
 
 		 137 aa  164  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.221041  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3468  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60 
 
 		 140 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.437856 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0867  class I peptide chain release factor  58.39 
 
 		 137 aa  164  4e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.485704  normal  0.838908 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2835  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.35 
 
 		 134 aa  163  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.78 
 
 		 137 aa  162  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  66.67 
 
 		 135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1377  class I peptide chain release factor  57.66 
 
 		 138 aa  162  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189898 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  67.2 
 
 		 134 aa  161  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0202  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  59.4 
 
 		 136 aa  160  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.87 
 
 		 134 aa  160  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0736  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.87 
 
 		 134 aa  160  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.564723  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1217  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.87 
 
 		 134 aa  160  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29015  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.87 
 
 		 134 aa  160  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal  0.465318 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1386  class I peptide chain release factor  62.79 
 
 		 141 aa  159  9e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402498  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2836  class I peptide chain release factor  57.66 
 
 		 137 aa  159  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.87 
 
 		 134 aa  159  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.910918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  67.2 
 
 		 134 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4325  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.87 
 
 		 134 aa  159  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0375174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.08 
 
 		 133 aa  157  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  67.2 
 
 		 134 aa  157  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2216  Class I peptide chain release factor  57.04 
 
 		 136 aa  155  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0730  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  58.52 
 
 		 140 aa  155  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.460757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2409  class I peptide chain release factor  59.06 
 
 		 140 aa  154  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0842293  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2829  Class I peptide chain release factor  56.3 
 
 		 137 aa  152  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  54.41 
 
 		 137 aa  152  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.04 
 
 		 140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.232254  normal  0.925704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0278  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.04 
 
 		 140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292576  normal  0.437885 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0281  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.04 
 
 		 140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.04 
 
 		 140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.430585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0267  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.04 
 
 		 140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3193  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.74 
 
 		 137 aa  150  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1745  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.84 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.41354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2298  class I peptide chain release factor  58.59 
 
 		 146 aa  149  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2072  class I peptide chain release factor  64 
 
 		 138 aa  148  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0774225  normal  0.971682 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03821  hypothetical protein  55.88 
 
 		 138 aa  147  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.93 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3468  class I peptide chain release factor  54.07 
 
 		 138 aa  145  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2493  class I peptide chain release factor  63.64 
 
 		 132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201964  normal  0.890427 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  52.99 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1147  Class I peptide chain release factor  52.21 
 
 		 142 aa  144  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3557  hypothetical protein  61.21 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.74 
 
 		 139 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0128  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.99 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0536  class I peptide chain release factor  54.26 
 
 		 133 aa  142  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1609  class I peptide chain release factor  60.45 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2352  class I peptide chain release factor  51.91 
 
 		 138 aa  140  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 		 139 aa  140  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0215  Class I peptide chain release factor  55.74 
 
 		 132 aa  139  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  54.89 
 
 		 140 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.55 
 
 		 139 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0919  class I peptide chain release factor  60.32 
 
 		 136 aa  138  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3284  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.45 
 
 		 138 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0471  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.17 
 
 		 143 aa  137  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00322425  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3797  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.17 
 
 		 143 aa  137  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0177584  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>