More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0117 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0117  periplasmic binding protein  100 
 
 		 270 aa  547  1e-155  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.03 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  34 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  30.15 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.34 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  32.81 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  32.02 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  29.13 
 
 		 300 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.97 
 
 		 275 aa  109  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.24 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 287 aa  102  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.86 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 351 aa  101  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.8 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  27.67 
 
 		 276 aa  99.8  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  25.83 
 
 		 280 aa  99  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.64 
 
 		 280 aa  99  8e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.64 
 
 		 280 aa  98.6  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 307 aa  98.6  9e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  23.51 
 
 		 282 aa  98.6  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  28.52 
 
 		 275 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.69 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  32.06 
 
 		 321 aa  97.4  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 318 aa  97.4  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.69 
 
 		 310 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.69 
 
 		 310 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.69 
 
 		 332 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  31.71 
 
 		 318 aa  97.1  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.69 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.69 
 
 		 310 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.69 
 
 		 310 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  28.41 
 
 		 276 aa  96.3  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  26.35 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.97 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.97 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.97 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 291 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.97 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 354 aa  94  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.97 
 
 		 262 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27.57 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.14 
 
 		 275 aa  93.2  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  26.56 
 
 		 305 aa  92.8  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 300 aa  92.8  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  24.9 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  25.19 
 
 		 272 aa  92  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.54 
 
 		 339 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 274 aa  92  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  25.69 
 
 		 308 aa  92  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  29.03 
 
 		 363 aa  91.7  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  29.14 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  24.42 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  30.04 
 
 		 283 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  25.49 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  29.04 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  24.8 
 
 		 304 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.77 
 
 		 341 aa  89.7  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 274 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 311 aa  89.7  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  23.38 
 
 		 275 aa  89.4  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.26 
 
 		 265 aa  89.4  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 274 aa  89  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.81 
 
 		 254 aa  88.6  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 339 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1789  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein, putative  29.96 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 328 aa  87  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.78 
 
 		 266 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.78 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 331 aa  86.3  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  27.78 
 
 		 266 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.78 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.78 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.78 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.78 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 265 aa  86.3  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1604  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein, putative  28.03 
 
 		 268 aa  86.3  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  26.96 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>